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标题: 求助：在哪里可以找到已经平衡好的溶剂盒子，用packmol构建盒子出现问题 [打印本页]

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-9-28 19:12
标题: 求助：在哪里可以找到已经平衡好的溶剂盒子，用packmol构建盒子出现问题
本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2022-10-1 10:43 编辑

1、想问一下，在哪里可以找到已经平衡好的溶剂盒子，有没有什么相关网站，想找预平衡好的二氯甲烷盒子，求分享
2、用pacmol构建溶剂盒子，生成pdb文件无法转成mol2文件

作者
Author: 含光君 时间: 2022-9-28 20:34
本帖最后由含光君于 2022-9-28 20:36 编辑

用Packmol或者gmx里的solvate命令自己生成一个再做个能量极小化呀

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-9-28 21:55

含光君发表于 2022-9-28 20:34
用Packmol或者gmx里的solvate命令自己生成一个再做个能量极小化呀

本来想先网上找找看有没有预平衡好的盒子，找不到就只能自己构建一个溶剂盒子再拿去平衡一下了，谢谢哟

作者
Author: 含光君 时间: 2022-9-28 22:16

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-9-28 21:55
本来想先网上找找看有没有预平衡好的盒子，找不到就只能自己构建一个溶剂盒子再拿去平衡一下了，谢谢哟

哈哈哈不客气，自己整不费事的

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-9-30 20:09

含光君发表于 2022-9-28 22:16
哈哈哈不客气，自己整不费事的

你好，我遇到了一个问题，就是构建完盒子，生成的pdb文件，然后利用antechamber -i DCM-box1.pdb -fi pdb -o DCM-box1.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 0，一直出现错误：
This molecule may have more than one unit.
   antechamber can only handle one unit.  If the input is a single unit
   then the connectivity is wrong and the geometry may be bad.
   Please convert your molecule to a mol2 file via:
   antechamber -j 5 -at sybyl -dr no
   And then check your molecule with a visualization program;
   manually add missing bonds or delete unwanted bonds as appropriate.
这个应该怎么解决？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-30 21:05
读一下这一段

This molecule may have more than one unit.
antechamber can only handle one unit.

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-9-30 21:14

牧生发表于 2022-9-30 21:05
读一下这一段

This molecule may have more than one unit.

可是我就是多个二氯甲烷分子组合的溶剂盒子，怎么把它设置成一个单元呢

作者
Author: wuyufei 时间: 2022-9-30 23:11
virtualchemistry.org
没学会咋用

作者
Author: 牧生 时间: 2022-10-1 07:47

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-9-30 21:14
可是我就是多个二氯甲烷分子组合的溶剂盒子，怎么把它设置成一个单元呢

GV画一个溶剂的分子，然后用sobtop生成top文件，然后建立含有多个溶剂分子的盒子，并适当建立.top文件，数量就填写溶剂分子的数量，进行能量最小化，跑一下npt就成了。

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-1 10:49

牧生发表于 2022-10-1 07:47
GV画一个溶剂的分子，然后用sobtop生成top文件，然后建立含有多个溶剂分子的盒子，并适当建立.top文件， ...

我去查了资料，您说的这个我没接触过，我想请教一下，能不能就直接用amber的基本流程操作下来生成最终平衡好的盒子呢，这个错误：This molecule may have more than one unit.可以通过改pdb文件或者结构还是其他的操作，让它是one unit呢

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-1 22:35
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-1 22:40 编辑

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-10-1 10:49
我去查了资料，您说的这个我没接触过，我想请教一下，能不能就直接用amber的基本流程操作下来生成最终平 ...

amber的流程也差不多，先产生单个溶剂分子的mol2文件，然后用antechamber得到含有电荷信息的mol2文件，加载进tleap然后保存.lib文件，然后在tleap里面载入gaff力场以及lib和多个溶剂的pdb文件就可以模拟溶剂体系了

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-2 20:27

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-1 22:35
amber的流程也差不多，先产生单个溶剂分子的mol2文件，然后用antechamber得到含有电荷信息的mol2文件，加 ...

好的好的，谢谢指导

作者
Author: 含光君 时间: 2022-10-2 20:57
用VMD转格式

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-22 10:11

含光君发表于 2022-10-2 20:57
用VMD转格式

老师，您好！您说的用VMD转格式，是转成data文件，还是什么，老师，您可以说的具体一点嘛，运行的时候溶剂盒子pdb文件一直说是more than one unit

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-22 10:17
本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2022-10-22 10:30 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-1 22:35
amber的流程也差不多，先产生单个溶剂分子的mol2文件，然后用antechamber得到含有电荷信息的mol2文件，加 ...

老师，您好，我按照您说的，重新加载了单个溶剂分子的lib文件，和多个分子的pdb文件但是一直出现警告和报错，老师，我大概了解到是pdb文件有误，多个溶剂分子的pdb文件是多个unit，在这一步骤中有什么小细节需要注意的嘛，希望老师看到有空可以指导我一下，感谢老师！
/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
Unknown residue: MOL number: 1 type: Terminal/last
..relaxing end constraints to try for a dbase match

FATAL: Atom .R<MOL 1>.A<C1 1> does not have a type.以下是pdb文件部分内容，老师，不知道为什么报错说特定残基中的C1,H1,H2...等不能被识别，pdb文件内容是符合标准的pdb文件格式的
TER
HETATM 1 C1 MOL    1    10.324 7.553  11.629                      C
HETATM 2 H1 MOL    1    9.240 7.501  11.709                      H
HETATM 3 H2 MOL    1    10.732 6.718  11.064                      H
HETATM 4  Cl1 MOL    1    10.747 9.070  10.766                   Cl
HETATM 5  Cl2 MOL    1    11.008 7.490  13.288                   Cl
TER
HETATM 6 C1 MOL    2    2.646 7.144 4.891                      C
HETATM 7 H1 MOL    2    3.034 7.439 3.919                      H
HETATM 8 H2 MOL    2    3.169 7.638 5.707                      H
HETATM 9  Cl1 MOL    2    0.916 7.621 4.968                   Cl
HETATM 10  Cl2 MOL    2    2.880 5.372 5.071                   Cl
TER
HETATM 11 C1 MOL    3    8.704 9.716  13.999                      C
HETATM 12 H1 MOL    3    8.394 9.415  13.000                      H
HETATM 13 H2 MOL    3    7.970  10.359  14.478                      H
HETATM 14  Cl1 MOL    3    8.884 8.233  14.997                   Cl
HETATM 15  Cl2 MOL    3    10.239  10.637  13.851                   Cl

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-22 18:54

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-10-22 10:17
老师，您好，我按照您说的，重新加载了单个溶剂分子的lib文件，和多个分子的pdb文件但是一直出现警告和报 ...

需要先载入单个溶剂分子的力场参数，在产生单个溶剂分子的参数时可以将其保存为.lib文件，然后需要载入的时候用loadoff ...lib载入

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-22 19:09

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-22 18:54
需要先载入单个溶剂分子的力场参数，在产生单个溶剂分子的参数时可以将其保存为.lib文件，然后需要载入的 ...

谢谢老师，我刚刚试成功了

作者
Author: yolo-bike 时间: 2024-3-12 15:25

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-10-22 10:17
老师，您好，我按照您说的，重新加载了单个溶剂分子的lib文件，和多个分子的pdb文件但是一直出现警告和报 ...

你好，请问一下我是用packmol生成的盒子，装的是azurin天青蛋白、水和NaCl，在进行模拟的时候出现错误：unknown residue type MOL，请问如何处理？

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