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标题: 求助：关于Amber中参数restraint_wt的设置 [打印本页]

作者
Author: 阿志 时间: 2022-9-29 10:53
标题: 求助：关于Amber中参数restraint_wt的设置
本帖最后由阿志于 2022-9-29 14:37 编辑

各位老师好，我对于参数restraint_wt的设置，有些不太懂，因为有些博文显示设置的只有2、3、4很小的值，有些博文显示上百，所以我不懂这个参数设置的标准是什么？我看到有个博文说是根据prmtop文件里的%FLAG BOND_FORCE_CONSTANT这部分数据来设置，我找到了，然后不知道如何设置，请各位老师教我一下，谢谢

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-9-29 12:29
这个设置可以让某些原子固定在参考位置不动，因为化学键的长度在模拟中一般是不会变的，并且键长的能量形式和位置限制相似，所以设置和键长差不多大的力常数就可以让原子几乎不动。如果只想加弱约束，就应该设置更小的力常数。

作者
Author: 阿志 时间: 2022-9-29 14:39

Frozen-Penguin 发表于 2022-9-29 12:29
这个设置可以让某些原子固定在参考位置不动，因为化学键的长度在模拟中一般是不会变的，并且键长的能量形式 ...

我在问题里补充了一张图，麻烦您看一下，这种情况我应该设置为多少呢？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-9-30 17:56

阿志发表于 2022-9-29 14:39
我在问题里补充了一张图，麻烦您看一下，这种情况我应该设置为多少呢？

想要强约束就写几百，不想要强约束就写小一点，先弄清楚约束的目的再决定应该加强约束还是弱约束。

作者
Author: 阿志 时间: 2022-9-30 19:54

Frozen-Penguin 发表于 2022-9-30 17:56
想要强约束就写几百，不想要强约束就写小一点，先弄清楚约束的目的再决定应该加强约束还是弱约束。

好的，谢谢老师的回答

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