计算化学公社

标题: gview打开cif文件的问题？ [打印本页]

作者
Author: zhyho00824 时间: 2016-5-11 21:33
标题: gview打开cif文件的问题？
从CCDC下载的数据是cif格式，但用gview打开后，分子都成了片段，如图11所示。 (, 下载次数 Times of downloads: 39)
后来用MS打开并按照网上所说的重构晶体，这样就可以得到正确的晶体结构了，如图22和33所示。
(, 下载次数 Times of downloads: 41) (, 下载次数 Times of downloads: 41)
然而这样的晶体结构并入高斯进行计算是不行的，然后用MS输出文件mol2格式，用gview打开后，就只有几个原子了，如图44所示。

(, 下载次数 Times of downloads: 56)
求解？求解？

作者
Author: 北纬18° 时间: 2016-5-11 21:42
用CCDC专门的软件Mercury打开。
https://www.ccdc.cam.ac.uk/solut ... components/mercury/

作者
Author: zhyho00824 时间: 2016-5-11 21:47
Mercury我也用过，但后面怎么生成高斯可用的文件那？

作者
Author: zhyho00824 时间: 2016-5-11 21:50
不好意思，Mercury我没有用过，我用的时diamond，我先下载来研究下

作者
Author: zhyho00824 时间: 2016-5-11 21:55
百度看Mercury的介绍，这个软件能输出高斯可用的晶体结构文件吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-11 22:04
11没啥问题，只是in-cell的显示模式而已，反正体系是周期性的。三维周期体系的gjf原子坐标最后三行是“Tv”，这个就是晶格基矢信息。

mol、mol2等在周期性边界条件（晶格基矢）是不被保存的。

作者
Author: wxy 时间: 2016-5-11 22:56
用Mercury打开cif文件，另存为mol2。Gview能打开mol2文件。

作者
Author: juanshenghuang 时间: 2016-5-11 23:12
用Chemoffice打开另存为你需要的格式就行了。如高斯为 .gif

作者
Author: zhyho00824 时间: 2016-5-12 09:19
已经安装mercury，顺利保存为mol2类型的文件了，谢谢大家。

作者
Author: jiliu482 时间: 2016-5-13 09:53
用gview打开cif文件后，直接另存为gjf格式就可以的。mol2格式是没有周期性的。

作者
Author: 晓来雨过 时间: 2016-5-14 10:00
但是，有没有人发现，用mercury转存mol2后，再用gv打开，经常出现键都是乱联的状态

作者
Author: zhyho00824 时间: 2016-5-15 15:04
这个问题，目前我还没发现过

作者
Author: 红叶红叶 时间: 2016-9-15 21:01

晓来雨过发表于 2016-5-14 10:00
但是，有没有人发现，用mercury转存mol2后，再用gv打开，经常出现键都是乱联的状态

我的也出现了乱连的情况，请问还有什么其他方法提取cif的坐标呢？谢谢！

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2016-9-16 18:49
为啥用高斯算晶体结构，不是都说高斯算出来的结果不好吗

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-17 07:53

灰飞的旋律发表于 2016-9-16 18:49
为啥用高斯算晶体结构，不是都说高斯算出来的结果不好吗

不是结果不好，而是功能弱，三维时效率低。

作者
Author: caofan_success 时间: 2017-1-8 22:50
晶体结构在计算前也需要优化吗？看文献里面有整体优化的，有只优化氢的，对于金属配合物也有按照最高自旋态优化，然后其他自旋态能量都按照这个优化结果来计算。哪种方式比较合理，还是都要尝试？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-8 23:50

caofan_success 发表于 2017-1-8 22:50
晶体结构在计算前也需要优化吗？看文献里面有整体优化的，有只优化氢的，对于金属配合物也有按照最高自旋态 ...

氢必须优化，因为根本实验上没法测，晶体文件里的氢都是经验性地加上去的，根本不准。

看
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

作者
Author: caofan_success 时间: 2017-1-9 11:46

sobereva 发表于 2017-1-8 23:50
氢必须优化，因为根本实验上没法测，晶体文件里的氢都是经验性地加上去的，根本不准。

明白，晶体解析软件加氢大都是叫“理论加氢”，在计算的角度看应该是很粗糙的，除非非常精确的测试能直接定出H的位置。
那就是至少要优化氢，如果要求不高的话，主题框架可以用晶体测试得到的坐标来计算，这样理解对不对，sob老师？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-9 11:49

caofan_success 发表于 2017-1-9 11:46
明白，晶体解析软件加氢大都是叫“理论加氢”，在计算的角度看应该是很粗糙的，除非非常精确的测试能直接 ...

作者
Author: ch3r 时间: 2024-3-6 18:26
请问一下楼主，是如何用material studio修复的结构呢

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