计算化学公社

标题: 求助，用x2top生成top文件时出错 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-9-30 10:57
标题: 求助，用x2top生成top文件时出错
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这是我的.gro文件 atomtypen2t文件还有错误提示
请问各位老师，这是哪里出错了？我用的charmm力场

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-1 11:07
n2t文件定义问题。提示写明了，对形成0个键的HO-6原子在n2t文件里没给出相关的定义
我不知道你算的是什么东西，如果不强求非得用CHARMM力场，用sobtop创建itp，看http://sobereva.com/soft/Sobtop，孤立体系和周期性体系都适合，对于后者比x2top更强大也更好用

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-10-4 21:51

sobereva 发表于 2022-10-1 11:07
n2t文件定义问题。提示写明了，对形成0个键的HO-6原子在n2t文件里没给出相关的定义
我不知道你算的是什么 ...

谢谢老师，我算的是硫酸钙体系偏生物，力场用charrm更好一点

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-10-4 21:52

小柏桐发表于 2022-10-4 21:51
谢谢老师，我算的是硫酸钙体系偏生物，力场用charrm更好一点

我在n2t文件里边定义那个HO-6原子了

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-10-4 21:54

sobereva 发表于 2022-10-1 11:07
n2t文件定义问题。提示写明了，对形成0个键的HO-6原子在n2t文件里没给出相关的定义
我不知道你算的是什么 ...

谢谢老师，我做的磷酸钙溶液体系，偏生物一点，用charmm力场更让好一点，我看我在n2t文件里边定义H0-6原子了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-5 18:13

小柏桐发表于 2022-10-4 21:51
谢谢老师，我算的是硫酸钙体系偏生物，力场用charrm更好一点

明明可以用AMBER结合GAFF
CHARMM相较之下没有任何明显突出的地方

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-10-10 15:47

sobereva 发表于 2022-10-5 18:13
明明可以用AMBER结合GAFF
CHARMM相较之下没有任何明显突出的地方

好的

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