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标题: 求助：显式溶剂模型普适立场UFF优化出现I101报错 [打印本页]

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Author: yucci_1111 时间: 2022-9-30 11:32
标题: 求助：显式溶剂模型普适立场UFF优化出现I101报错
各位老师好，我最近根据卢老师的《构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法》一文构建我的显示溶剂模型，但是在进行UFF优化时总是出现报错，输入文件及输出文件如下，报错信息为：
------------------
Built with Packmol
------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
Error parsing atomic flags:
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
PDBNAME=C,RESNAME=,RESNUM=1
               '
Last state= "Res5"
TCursr=    1316 LCursr=       18
Error termination via Lnk1e in /dssg/apps/lico/ohpc_pub/apps/gaussian16/g16/l101.exe at Fri Sep 30 11:09:12 2022.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes 31.6 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 256 Int=    0 D2E=    0 Chk=    32 Scr=    32

想请各位老师帮我看看是哪里出了问题

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Author: chands 时间: 2022-9-30 11:36
删除所有“(PDBName=C,ResName=,ResNum=1) ”

作者
Author: yucci_1111 时间: 2022-9-30 16:09
本帖最后由 yucci_1111 于 2022-9-30 16:12 编辑

chands 发表于 2022-9-30 11:36
删除所有“(PDBName=C,ResName=,ResNum=1) ”

老师，我按照您说的做法修改后重新投入计算可是出现了报错，下面的Li全部显示"Warning! Atom 464Li Charge 2.131 is outside valence range of -1 to 1."这是怎么回事呢？

作者
Author: chands 时间: 2022-9-30 21:59

yucci_1111 发表于 2022-9-30 16:09
老师，我按照您说的做法修改后重新投入计算可是出现了报错，下面的Li全部显示"Warning! Atom 464Li Cha ...

我不知道你要模拟什么体系，一个酰胺分子周围加了好几层LiOH分子。是LiOH晶体吗，LiOH晶体不是这样滴。

作者
Author: yucci_1111 时间: 2022-9-30 22:29

chands 发表于 2022-9-30 21:59
我不知道你要模拟什么体系，一个酰胺分子周围加了好几层LiOH分子。是LiOH晶体吗，LiOH晶体不是这样滴。

老师，我想要探究lioh这个催化剂作为碱对这个反应物的质子化反应的机理，之前有老师建议我做显性溶剂模型去做，然后我根据卢老师发的那个做显性溶剂模型包裹分子去做，做到UFF优化这一步，就卡在了这里
http://bbs.keinsci.com/thread-32400-1-1.html#pid218788这是我之前发的帖子的求助

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Author: chands 时间: 2022-9-30 22:50

yucci_1111 发表于 2022-9-30 22:29
老师，我想要探究lioh这个催化剂作为碱对这个反应物的质子化反应的机理，之前有老师建议我做显性溶剂模型 ...

显式溶剂模型不是这个意思。首先考虑LiOH在溶剂中是否以（溶剂化）的离子形式存在（多半是），如果是，则考虑OH-、溶剂分子加上底物PhC(O)NH2体系，不是LiOH分子加PhC(O)NH2的体系。

论坛首页搜“显式溶剂模型”看看。

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Author: yucci_1111 时间: 2022-10-1 12:03

chands 发表于 2022-9-30 22:50
显式溶剂模型不是这个意思。首先考虑LiOH在溶剂中是否以（溶剂化）的离子形式存在（多半是），如果是，则 ...

好的老师，我再去学习一下

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Author: 星星到齐了吗 时间: 2023-11-28 11:18

chands 发表于 2022-9-30 11:36
删除所有“(PDBName=C,ResName=,ResNum=1) ”

可以问一下老师这个删除的是什么意思吗，我的也有然后我删除之后报错就没了

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