计算化学公社

标题: 求教：计算含有锕系元素U的体系时基组的写法 [打印本页]

作者
Author: ljc050512 时间: 2022-10-1 07:49
标题: 求教：计算含有锕系元素U的体系时基组的写法
诸位老师，最近在计算U的水合离子，但是不会写混合基组，尝试了以下三种写法，都是出现报错"Error: Number of NGauss expected in AddNewGTOs"
请问应该怎么写这个输入文件呢？

第一种：
! BLYP D3 def2-SVP noautostart miniprint nopop
%maxcore  1000
%pal nprocs 8 end
* xyz 4 3
O    2.68970000 14.30170000 3.17640000
H    3.50030000 14.13200000 3.70390000
H    2.75180000 13.69360000 2.40780000
O    0.91050000 15.25100000 1.22950000
...
H    1.41710000 13.36510000 5.39680000
U    0.91080000 15.92710000 3.60690000 NewGTO "cc-pVDZ-PP" end NewAuxJKGTO U autoaux end
*

第二种：
! BLYP D3 noautostart miniprint nopop
%basis
NewGTO H "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO H "def2/J" end
NewGTO O "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO O "def2/J" end
NewGTO U "cc-pVDZ-PP" end
NewAuxJKGTO U autoaux end
end
%maxcore  1000
%pal nprocs 8 end
* xyz 4 3
O    2.68970000 14.30170000 3.17640000
H    3.50030000 14.13200000 3.70390000
H    2.75180000 13.69360000 2.40780000
O    0.91050000 15.25100000 1.22950000
...
H    1.41710000 13.36510000 5.39680000
U    0.91080000 15.92710000 3.60690000
*

第三种：
! BLYP D3 noautostart miniprint nopop
%basis
NewGTO H "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO H autoaux end
NewGTO O "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO O autoaux end
NewGTO U "cc-pVDZ-PP" end
NewAuxJKGTO U autoaux end
end
%maxcore  1000
%pal nprocs 8 end
* xyz 4 3
O    2.68970000 14.30170000 3.17640000
H    3.50030000 14.13200000 3.70390000
H    2.75180000 13.69360000 2.40780000
O    0.91050000 15.25100000 1.22950000
...
H    1.41710000 13.36510000 5.39680000
U    0.91080000 15.92710000 3.60690000
*

作者
Author: chands 时间: 2022-10-1 13:53
本帖最后由 chands 于 2022-10-1 13:56 编辑

def2-SVP没有定义U的基组。
另外，如果不是在第一行定义基组，而是在%basis里定义，要同时定义赝势（第二第三个对U要写cc基组的赝势）。

作者
Author: ljc050512 时间: 2022-10-1 15:01

chands 发表于 2022-10-1 13:53
def2-SVP没有定义U的基组。
另外，如果不是在第一行定义基组，而是在%basis里定义，要同时定义赝势（第二 ...

非常感谢！我再去尝试写写看。

作者
Author: ljc050512 时间: 2022-10-1 16:05
本帖最后由 ljc050512 于 2022-10-1 16:07 编辑

chands 发表于 2022-10-1 13:53
def2-SVP没有定义U的基组。
另外，如果不是在第一行定义基组，而是在%basis里定义，要同时定义赝势（第二 ...

您好，我尝试了以下三种写法，还是报错，麻烦您再指导以下：
第一种
! BLYP D3 noautostart miniprint nopop
%basis
NewGTO H "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO H autoaux end
NewECP H "def2-ECP" end
NewGTO O "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO O autoaux end
NewECP O "def2-ECP" end
NewGTO U "cc-pVDZ-PP" end
NewAuxJKGTO U autoaux end
NewECP U "SK-MCDHF-RSC" end
end
%maxcore  1000
%pal nprocs 8 end

第二种
! BLYP D3 noautostart miniprint nopop
%basis
NewGTO H "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO H autoaux end
ECP H "def2-ECP" end
NewGTO O "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO O autoaux end
ECP O "def2-ECP" end
NewGTO U "cc-pVDZ-PP" end
NewAuxJKGTO U autoaux end
ECP U "SK-MCDHF-RSC" end
end
%maxcore  1000
%pal nprocs 8 end

第三种
! BLYP D3 noautostart miniprint nopop
%basis
NewGTO H "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO H autoaux end
NewGTO O "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO O autoaux end
NewGTO U "cc-pVDZ-PP" end
NewAuxJKGTO U autoaux end
ECP "def2-ECP
NewECP U "SK-MCDHF-RSC" end
end
%maxcore  1000
%pal nprocs 8 end

作者
Author: chands 时间: 2022-10-1 16:08
本帖最后由 chands 于 2022-10-1 16:12 编辑

ljc050512 发表于 2022-10-1 16:05
您好，我尝试了以下三种写法，还是报错，麻烦您再指导以下：
第一种
! BLYP D3 noautostart miniprint ...

H、O不用写赝势，这么小，都是全电子基组。谈谈赝势基组的选用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

还有那个U的赝势注意点，有些赝势把f电子赝进去了，这时算自旋多重度就不用考虑f轨道了。
使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

作者
Author: ljc050512 时间: 2022-10-1 16:12

chands 发表于 2022-10-1 13:53
def2-SVP没有定义U的基组。
另外，如果不是在第一行定义基组，而是在%basis里定义，要同时定义赝势（第二 ...

此外，我在http://www.cosmologic-services.de/basis-sets/basissets.php查到U的def-SVP的基组和赝势如下（TURBOMOLE形式的）
def-SVP Basis set for U in TURBOMOLE-format
$basis
*
u def-SVP
*
3  s
  12098.082000    0.10200000000E-03
  1833.7573000    0.77100000000E-03
  351.68632000    0.29690000000E-02
1  s
  104.31426000    1.0000000000
3  s
  60.905822000    0.49868000000E-01
  35.515086000    -0.24531300000
  20.891227000    0.72384700000
1  s
  10.184647000    1.0000000000
1  s
  2.8518510000    1.0000000000
1  s
  1.5316160000    1.0000000000
1  s
0.61620300000    1.0000000000
1  s
0.27949400000    1.0000000000
1  s
0.57253000000E-01 1.0000000000
1  s
0.23443000000E-01 1.0000000000
5  p
  2906.8451000    0.88000000000E-04
  694.40053000    0.73200000000E-03
  224.63479000    0.34140000000E-02
  80.520526000    0.11099000000E-01
  24.080211000    0.25216000000E-01
1  p
  14.077580000    1.0000000000
1  p
  8.2658460000    1.0000000000
1  p
  3.4236070000    1.0000000000
1  p
  1.7084170000    1.0000000000
1  p
0.65504600000    1.0000000000
1  p
0.28375500000    1.0000000000
1  p
0.10181400000    1.0000000000
1  p
0.30535000000E-01 1.0000000000
6  d
  449.01953000    0.50000000000E-04
  156.35695000    0.32200000000E-03
  60.242439000    0.17770000000E-02
  17.772317000    0.25385000000E-01
  10.454304000    -0.89378000000E-01
  3.5834330000    0.44479900000
1  d
  1.7637240000    1.0000000000
1  d
0.78403000000    1.0000000000
1  d
0.27612700000    1.0000000000
1  d
0.86980000000E-01 1.0000000000
5  f
  105.28793000    0.22800000000E-03
  35.101181000    0.23080000000E-02
  14.564138000    0.92530000000E-02
  4.6518850000    0.13694900000
  2.2559730000    0.33980100000
1  f
  1.0102740000    1.0000000000
1  f
0.41168000000    1.0000000000
1  f
0.14412000000    1.0000000000
1  g
  0.37             1.0000000000
*
# K. Eichkorn, F. Weigend, O. Treutler, R. Ahlrichs; Theor. Chem. Acc. 97, 119 (1997).
$ecp
*
u def-ecp
*
  ncore = 60          lmax =    5
h
         0.0000000 2          1.0000000
s-h
      536.5166278 2       16.4140387
p-h
      169.5449247 2          9.0605561
d-h
      142.6155984 2          8.8318320
f-h
      60.3930760 2          7.0185163
g-h
      -60.1299896 2       12.8040884
*
# W. Kuechle, M. Dolg, H. Stoll, H. Preuss; J. Chem. Phys. 100, 7535 (1994).
# X. Cao, M. Dolg, H. Stoll; J. Chem. Phys. 118, 487 (2003).
$end
我参考手册，把基组格式改为：
%basis
NewGTO U
S  3
1  12098.082000    0.10200000000E-03
2  1833.7573000    0.77100000000E-03
3  351.68632000    0.29690000000E-02
S  1
1  104.31426000    1.0000000000
S  3
1  60.905822000    0.49868000000E-01
2  35.515086000    -0.24531300000
3  20.891227000    0.72384700000
S  1
1  10.184647000    1.0000000000
S  1
1  2.8518510000    1.0000000000
S  1
1  1.5316160000    1.0000000000
S  1
1 0.61620300000    1.0000000000
S  1
1 0.27949400000    1.0000000000
S  1
1 0.57253000000E-01 1.0000000000
S  1
1 0.23443000000E-01 1.0000000000
P  5
1  2906.8451000    0.88000000000E-04
2  694.40053000    0.73200000000E-03
3  224.63479000    0.34140000000E-02
4  80.520526000    0.11099000000E-01
5  24.080211000    0.25216000000E-01
P  1
1  14.077580000    1.0000000000
P  1
1  8.2658460000    1.0000000000
P  1
1  3.4236070000    1.0000000000
P  1
1  1.7084170000    1.0000000000
P  1
1 0.65504600000    1.0000000000
P  1
1 0.28375500000    1.0000000000
P  1
1 0.10181400000    1.0000000000
P  1
1 0.30535000000E-01 1.0000000000
D  6
1  449.01953000    0.50000000000E-04
2  156.35695000    0.32200000000E-03
3  60.242439000    0.17770000000E-02
4  17.772317000    0.25385000000E-01
5  10.454304000    -0.89378000000E-01
6  3.5834330000    0.44479900000
D  1
1  1.7637240000    1.0000000000
D  1
1 0.78403000000    1.0000000000
D  1
1 0.27612700000    1.0000000000
D  1
1 0.86980000000E-01 1.0000000000
F  5
1  105.28793000    0.22800000000E-03
2  35.101181000    0.23080000000E-02
3  14.564138000    0.92530000000E-02
4  4.6518850000    0.13694900000
5  2.2559730000    0.33980100000
F  1
1  1.0102740000    1.0000000000
F  1
1 0.41168000000    1.0000000000
F  1
1 0.14412000000    1.0000000000
G  1
1  0.37             1.0000000000
但是实在没明白赝势部分怎么改成orca能用的，您能指点以下这方面的内容吗？

作者
Author: ljc050512 时间: 2022-10-1 16:21

chands 发表于 2022-10-1 16:08
H、O不用写赝势，这么小，都是全电子基组。谈谈赝势基组的选用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟 ...

按照您写的意思，我删掉了对H和O的赝势输入，改为以下内容，
依旧报错“Error: Number of NGauss expected in AddNewGTOs”

! BLYP D3 noautostart miniprint nopop
%basis
NewGTO H "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO H autoaux end
NewGTO O "def2-SVP" end
NewAuxJKGTO O autoaux end
NewGTO U "cc-pVDZ-PP" end
NewAuxJKGTO U autoaux end
NewECP U "SK-MCDHF-RSC" end
end
%maxcore 1000
%pal nprocs 8 end

作者
Author: neocc 时间: 2022-10-2 13:56
本帖最后由 neocc 于 2022-10-2 14:01 编辑

这是我的molclus的ORCA模板，查一下最新的ORCA503手册9.3和9.4章，基组和辅助基组的适用元素写的清清楚楚

! b3lyp LANL2DZ D3 autoaux opt tightSCF noautostart nopop PrintBasis
%SCF MaxIter 500 END
%maxcore 1000
%pal nprocs 8 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end
* xyz 2 1
[GEOMETRY]
*

作者
Author: ljc050512 时间: 2022-10-2 15:52

neocc 发表于 2022-10-2 13:56
这是我的molclus的ORCA模板，查一下最新的ORCA503手册9.3和9.4章，基组和辅助基组的适用元素写的清清楚楚
...

太感谢了！！！

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