计算化学公社

标题: 求助：npt模拟中初始压力波动极大，是否合理？ [打印本页]

作者
Author: zypshine 时间: 2022-10-1 12:15
标题: 求助：npt模拟中初始压力波动极大，是否合理？
本帖最后由 zypshine 于 2022-10-1 12:14 编辑

大家好，我刚开始做分子动力学模拟，体系是乙醇溶液中的生物质低聚物，温度为473K，压力为2MPa。先做了NVT，用的是V-scale，温度波动正常。然后做了NPT，用了Berendsen，发现初始压力波动极大，平均压力为31.25bar。想请教下，
（1）这种极大的初始波动是否合理？由此计算出的平均压力是否可接受？
（2）为什么会产生这么大的波动？

Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Pressure                   31.2474       15 280.019 -86.3648  (bar)

npt.mdp设置如下：
; Run parameters
integrator  = md
nsteps    = 500000
dt       = 0.002
; Output control
nstxout    = 500
nstvout    = 500
nstenergy = 500
nstlog    = 500
; Bond parameters
continuation          = yes
constraint_algorithm = lincs
constraints          = h-bonds
lincs_iter             = 1
lincs_order          = 4
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid
nstlist       = 10
rcoulomb       = 1.0
rvdw          = 1.0
; Electrostatics
coulombtype    = PME
pme_order    = 4
fourierspacing  = 0.16
; Temperature coupling is on
tcoupl    = V-rescale
tc-grps    = system
tau_t    = 0.1
ref_t    = 473
; Pressure coupling is on
pcoupl             = Berendsen
pcoupltype       = isotropic
tau_p             = 2.0
ref_p             = 20.0
compressibility    = 4.5e-5
refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc    = xyz    ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel    = no

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-10-1 16:23
若问的是0ps左右的压强尖峰
（1）算平均压强应该舍弃这个尖峰，因为还没有平衡
（2）因为还没有平衡

作者
Author: zypshine 时间: 2022-10-1 20:13

bobosiji 发表于 2022-10-1 16:23
若问的是0ps左右的压强尖峰
（1）算平均压强应该舍弃这个尖峰，因为还没有平衡
（2）因为还没有平衡

好的，谢谢

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