公社群聊Q&A整理：2016.05.01 23 ~ 2016.05.05 19 Concate - 计算化学公社

2016.05.01 22:21:39
Q:
最近刚开始学Multiwfn,不过在使用的过程中，它会强制退出，就是突然界面就没了，不知道大家有没有遇到这种情况
A:
输入的命令错误
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2016.05.02 17:08:41
Q:
[图片]，加溶剂化向前后两个方向跑IRC之后，能量最低的两个点都是产物，但是相应的过渡态的振动模式是对的，请问老师这是怎么回事，应该如何解决呢？@Sobereva
A:
考虑溶剂模型后重新优化TS没有？
Q:
重新优化的
A:
过渡态定位不准
要么尝试加大IRC步长，要么用int=ultrafine结合tight标准或者calcfc/calcall更准确找过渡态结构后再走IRC
Q:
跑irc的时候用了一个更小一点的基组
A:
显然不行，必须和找TS时的级别严格一致
Q:
喔喔，那如果限制性优化的时候用一个更小点的基组，然后用大基组找过渡态呢可以吗
A:
可
Q:
请问老师，计算反应能垒时，一个结构加了int=ultrafine，是不是所有的结构都需要加上？@Sobereva
A:
是
Q:
请问老师对能量的影响大吗
A:
对于相互比较能量来说不可忽略
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2016.05.02 18:28:22
Q:
诚聘网络兼职
***************************
A:
已经私窗警告了，下次再发就踢了
Q:
其实sob老师您可以直接t了，这一般就是骗人的/害羞我们学校有人给骗过。
A:
之前这个人在群里正经讨论过问题，应当只是暂时中毒，所以再观察一下
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2016.05.02 18:44:03
Q:
终于搞定了
编译OpenMP并行版NAB和Cpptraj
./configure -openmp intel
make openmp
-------
可以改成./configure -openmp gnu 吗？
A:
可
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2016.05.02 20:05:22
Q:
如何删除amber14?
或者说，不需要删除，直接进入amber14目录，重新编译即可？
A:
想删就把安装目录删掉
要重新编译就先make distclean再编译
Q:
不卸载，能重新编译吗？（cuda版本改了）
A:
可。
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2016.05.02 22:19:19
Q:
群主，报名费交了，可以别人替么？
A:
可以
把详情发到keinsci@sina.com即可
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2016.05.03 04:59:26
Q:
[表情]
/惊恐
/流泪
请教各位一个问题，用oniom模型算蛋白，优化、扫描这些。蛋白是带电的，有12个负电荷。可以用NA离子中和。
是用NA离子中和好呢，还是就在分子说明部分写上-12 ？
质子不行，那会破坏残基的质子化状态。
Na就是amber添加上去的。
amber也没有极化呀
A:
amber缺的参数可以从其它地方搞来再读入高斯，amber自己也有产生金属配位中心参数的工具
没法说amber有极化或UFF没极化，如果极化是指电子嵌入来极化QM，什么力场都可以做。如果是指原子电荷本身是否考虑溶剂对溶质的极化，那么仅在于拟合原子电荷的时候是否等效地考虑这一点，UFF用amber的方式拟合原子电荷后也是一样可以考虑的
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2016.05.01 22:03:34
Q:
我建议会务组发一个u盘，统一刻录
A:
资料在网盘上下载
Q:
下不来
A:
用百度云管家绝对能下下来
下不下来是浏览器或者网络问题
Q:
好几天了
A:
Sobereva(190258442) 14:04:36
用百度云管家绝对能下下来
Q:
需要更新百度云吧，到最新版
电脑上按这些东西，基本都不用，又没发不安，电脑都要崩溃了
很多上课，交了很多钱，还强行要你用他们推荐的各种软件
我是为了下这个资料，刚下的百度云
其实，对我们的学习造成了很多困扰
A:
没有任何困扰
安装个百度云管家，两分钟的事
Q:
也给我们的电脑加载了很多不必要的软件软
A:
也没有任何捆绑软件，我们也不从百度拿任何好处
Q:
听说这个百度云还挺好用的，可以学着用
A:
没错
前两届培训也全都是用这种方式发布课程文件的
Q:
刚同学说他们的不少资料就是从网盘上获取的，看个人习惯吧
好了，我不说了，参加个学习而已，我不想吵架
下个百度云会对学习造成啥困扰[表情][表情]
发个U盘更省事
很多学习都这么做的
A:
百度网盘无疑是分享文件目前来说最佳方式
最近其它几个网盘都关了，百度网盘目前还没事，速度也相对较快，也比较稳定
和本次培训关系不直接的学术问题建议在计算化学公社论坛或公社群里讨论
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2016.05.03 19:23:48
Q:
电脑里首先需要装些什么计算软件吗？
讲座需要的
A:
Sobereva(190258442) 13:57:41
相关资料、要准备什么、具体日程，过些天发布的第二轮通知会统一说明
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2016.05.03 19:32:21
Q:
请问keinsci 是哪位老师啊？
有些报名手续上的问题想请咨询老师
就是群主。。。
好的多谢
A:
不是。是其它工作人员负责回复
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2016.05.03 23:07:28
Q:
vmd做静电势能面时我把所有极值点都留下了，能不能只把最大的极值标出来，其他的不标可以不
A:
可以
Multiwfn也可以直接删除指定的极值点
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2016.05.04 00:19:09
Q:
请问培训班还能报名么？
请问还能报名么，培训班
是不是晚了？[表情]
说报名满了，所以才问还能不能再报
A:
不能报名了，再报教室就坐着太挤了。有可能暑期再增加一次。
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2016.05.04 00:23:07
Q:
请问老师，小分子自由基进攻大分子的过程，有没有过渡态呢？有没有可能模拟出小分子自由基进攻大分子，然后把自旋电子转移给大分子的过程？
A:
有可能有也有可能没有
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2016.05.04 00:35:43
Q:
老师，我看到高斯例子中有td（full）这样的选项，请问这个full 指代了什么含义？对正常的td（无full选项）计算结果是否有影响？
A:
默认是用冻核近似，full代表不用冻核近似，结果会更精确一点，但耗时更多
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2016.05.04 00:37:55
Q:
老师：您好！请问拉普拉斯计算的三个指标λ1，λ2，λ3是怎样的得到的呢？[图片]。谢谢！
我的拉普拉斯电子密度是直接用Multiwfn计算电子密度输出的实空函数[图片]那得出来的，，，所以，，没找到·········
A:
就是电子密度极大点，但是不是在原子核位置上
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2016.05.04 01:44:42
Q:
请问，激发态发光计算中
振子强度大小反映了激发态的跃迁快慢
那跃迁偶极矩是反映了什么？
A:
看振子强度
[图片]
跃迁偶极矩是更底层的东西
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2016.05.04 02:10:50
Q:
SOB
谢谢sob老师，那删除极值点后，在导出来的后是不是就没有删除的那部分了？
A:
对
你也可以导出后再从pdb文件里删
可以。三种途径：
1 直接在Multiwfn里删掉多余的极值点
2 在导出到pdb文件里删除多余的极值点
3 在VMD里显示时只显示指定的极值点
Q:
具体怎么操作呢
sob老师，如何在VMD里显示时只显示指定的极值点？具体怎么操作？还望您指点一下，谢谢！
A:
selected atom框里输入编号，比如serial 1 3 4只显示1、3、4号原子
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2016.05.04 02:22:33
Q:
[分享] [通知]2016首届GROMACS分子动力学…
看看源资这么烂的gmx培训要价3000
真是垃圾，商业软件公司烂烂烂
A:
真敢要钱
Q:
我去有sob的gmx培训，还会有人去参加这个不太可能吧？
A:
我们办四天也就一千稍微出头
Q:
大家不知道啊
所以大家多多宣传
A:
记得之前中科院有个三天的班也比这便宜得多
Q:
明年我和sob练手，做一个CASTEP和VASP的实际讲解如何？/呲牙
/鼓掌
/强/拥抱这个可以有
/呲牙
/色这个可是造福全人类的大事啊
/鼓掌
A:
善哉
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2016.05.04 02:45:24
Q:
ESP正负值相差大能否说明其极性大
A:
可以
但更好用静电势在分子表面上的方差来衡量
Q:
静电势在分子表面上的方差怎么干？
A:
Multiwfn做完静电势的定量分子表面分析后直接输出
Q:
嗯那分子的偶极矩能反映极性吗？
A:
仅对于小分子能反映
大分子很多地方有局部偶极局，光用总偶极矩体现不出来
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2016.05.04 02:47:18
Q:
我也想跟sob联手，做一个python 的讲解。。
钟老师，我们两和sob联手感觉可以干一票啊
钟老师讲Python我去
A:
不可能专门讲编程，没法作为一次培训的主题。动力学培训会将VMD里tcl编程写脚本的
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2016.05.04 16:44:29
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
A:
不要老发大表情
Q:
[表情]
娃娃怒刷存在感
[图片]说的没错
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2016.05.04 16:56:59
Q:
,这次培训中午休息的时间能不能稍微长一点，去年培训，中午吃完饭，就没有时间趴会儿了，导致下午好崩溃，[表情]
陪个训而已，没必要把屁股划花吧，，，每天还得坐类。
A:
培训要讲的内容极多，所以午休时间不得不比较短，没有办法的事。因为所有东西如果很细致地讲，都得讲半个月。
Q:
附议
毕竟一直都有午休的习惯
晚上可以推迟点，提高听课效率
[表情]
A:
推迟点没法弄，是场地方的限制。
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2016.05.04 17:09:40
Q:
[图片]请问下网盘中的这一项在哪儿
[图片]还有安装JRE后解压kisthelp，为一堆这个是否正常？不知道怎么应用这个程序
[图片]
看到file.rar了,kisthelp还没解决
安装JAVA后解压的
文件夹写成中文的了吧
A:
不用解压，直接双击.jar就行
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2016.05.04 18:44:57
Q:
老师，我用Multiwfn计算了两个扭曲环的多中心键级和NICS-zz，出现NICS-zz大的键级小，这得如何解释呢？
A:
得看具体情况
比如环大小是否一致，体系具体结构等
Q:
老师，也就是说不是所有体系，多中心键都和芳香性指数呈正比的？
A:
用多中心键级来讨论为宜（前提是没用弥散函数）
没有“芳香性指数”这个东西。
Q:
请教如何应用高斯计算芳香性，具体关键词是什么，谢谢
A:
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
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2016.05.04 18:46:56
Q:
请教各位一个问题高斯可以计算周期性盒子吗
你用优化好的结构加上上面的关键词再优化一遍吧
那你还优化干嘛啊
A:
可以
Q:
是用的PBC关键词吗
A:
y
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2016.05.04 18:57:39
Q:
老师，Molclus 1.3.1 哪些地方做了改进？
A:
程序主页上有说明
Q:
2015-Apr-28：1.3.1版发布。这日期写错了呢，
A:
笔误，已改
Q:
老师，还有个问题，如何引用molclus？
A:
引网页就行
Tian Lu, molclus program, webpage: xxxx (accessed on xxxx)
Q:
文献中写上网址就成？
A:
y
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2016.05.04 19:20:51
Q:
Raman spectra of pyrazine resonant to the S2(π,π*) state and the geometry in excited state文献下载求助/可怜
Raman spectra of pyrazine resonant to the S2(π,π*) state and the geometry in excited state文献下载求助[表情]
A:
先看群共享里的群规
这是群规里写的sci-hub.cc直接可以下的。由于是新人暂时不扣分
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2016.05.04 19:34:27
Q:
请教一下，我用Gaussian得到一个分子轨道的cub文件，然后对格点数据平方积分，应该就是电子数目了吧，但为什么不是2。
A:
你得乘以占据数
而且格点积分本来就会有数值误差
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2016.05.04 20:31:00
Q:
大家有什么方法或者程序计算大体系的激发能吗？感觉高斯计算好慢，比如含有100个碳原子的体系
A:
sTDA方法，见http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.php?section=downloads&subsection=sTDA&lang=english
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2016.05.04 21:59:55
Q:
请问下multiwfn怎么画OPDOS啊。。。[图片]好像进去后没看到OPDOS的选项
A:
定义两个片段后再用0绘图
手册4.10节有例子
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2016.05.04 22:16:47
Q:
做计算的固态硬盘，哪家强？
A:
当存临时文件用的，OCZ低端的就行，用坏了就换
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2016.05.04 22:41:43
Q:
问个白痴的问题，苯的二聚体为啥是面对面堆积最稳定，为什么会出现ππ堆积，π电子都是负的应该互斥的怎么会出现堆积
A:
面对面堆积不是最稳定的
pi-pi堆积是因为色散作用
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2016.05.04 22:51:45
Q:
我的笔记本里原来有Gaussian09 B01，这个资料里的D01必须要装吗，用原来版本行吗？
A:
最好装D.01
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2016.05.04 22:54:09
Q:
请问一下，一个中性分子，同时断两个键成为两个片段，那各个片段的自旋多重度是3吗
A:
看什么体系。通常单重态体系单键断裂后是两个双重态片段
Q:
可是如果有两个键同时断裂呢
比如说环己烯
A:
片段可以是单重态也可以是三重态，你用哪种都行，这是键能计算的任意性，即每个片段处于什么态是undefined。
通常用片段的基态
Q:
您的意思是，有两个电子，是成对还是两个单电子都可以喽，如果是断一个键，向您书上的例子那样，只有一个电子，那只可能是二重态，是吗
A:
y
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2016.05.04 23:14:57
Q:
请问各位老师，中文核心期刊中那个审稿快，容易录用呢？
谢谢各位老师了，我的文章水平不高
A:
物化学报快
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2016.05.04 23:51:26
Q:
[图片] 老师这里的焓值为什么这么大？这里的焓值是我们一般意义上的焓值吗？
A:
焓里包括电子能量，电子能量是很大的
[图片]
Q:
我之前用高斯读FRCHK 得出的不同温度焓值和这个差太多
[图片] 在log文件中焓值是对应对此对吗？
A:
y
Q:
对了老师焓值为负值不对吧
怎么理解这个
A:
当然正确，电子能量是很负的值
Q:
一般研究的是焓变吧？绝对值有用吗
A:
绝对值没用
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2016.05.05 00:06:50
Q:
用M06-L优化含有过渡金属的体系，30个原子，允许有20以下的虚频吗？
A:
尽量把虚频弄没
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2016.05.05 00:07:22
Q:
请问老师，是否可以用高斯计算激发态寿命？@Sobereva
A:
[图片]
高斯算出f和激发能代进去就完了
得考虑旋轨耦合
用dirac、ADF、dalton、GAMESS-US等
Q:
对啊，才想起来三重态振子强度为0，怎么办
也就是说用高斯算不了？
我只有高斯怎么办？
A:
旋轨耦合大多通过微扰方式考虑，原本的三重态在考虑微扰后依然是三重态成份为主
Q:
不好意思，我不太明白，我高斯算荧光，那磷光算不了呗
A:
可以算磷光发射能，但算不了寿命
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2016.05.05 00:09:08
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
A:
抢银行了
Q:
难道说现在赚钱这么简单？
我疯了[表情]
这种破班竟然要价3900
我倒
[图片]
[原创表情]
科研培训为什么这么贵。。。
这是抽蛋
好贵啊。
问题是啥也没学到
你看看那个班的课程
尼玛，第一堂课竟然讲linux
A:
坑一个是一个
Q:
[图片]
一般都是科研经费的
我觉着这个课程大部分可以在网上教程中都能学到
gromacs的中文英文教程很多也很详细
[图片]
A:
科音的gmx培训班出来全将之秒杀了
预定计划：
[图片]
Q:
我现在就用VMD，从来不用gromacs
科音的gmx什举办么时候
科音的gmx什举办么时候
A:
待定，只能保证今年内
Q:
请问老师，您刚才说的那几个可以计算三重激发态考虑旋轨耦合的软件dirac、ADF、dalton、GAMESS-US等，哪个有WINDOWS版，然后公共邮箱是否有教程，谢谢老师@Sobereva
我觉得那些公司的gromacs的讲师估计自己都没学透
A:
没那么省事
Q:
这么讲，我都可以讲castep,dmol3了
A:
ADF最易操作，有windows版和教程，但是收费
Q:
gmx时间定暑假吧，时间自由一点
gmx时间定暑假吧，时间自由一点[emoji][emoji]
A:
、sir 如果能暑假自然好，但幻灯片极可能来不及做完
我做幻灯片花的精力跟写一本书一样
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2016.05.05 00:15:28
Q:
请问，用高斯拟合荧光光谱，算出来的结果中那些s1、s2、s3、s4、s5、s6指的是什么？
用multifwn分析数据，出来的s1、s2、s3、s4、s5等的谱线又是什么呢？请各位帮忙解答一下，谢谢
A:
什么意思？
S几这是单重态激发态编号
Q:
那是第一激发态、第二激发态这样的意思吗？
A:
[图片]
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2016.05.05 00:43:07
Q:
请问各位！如何通过量子化学程序包得到如下表中J 库仑积分和K交换积分值！谢谢！
[图片]
sob老师好！
如何通过量子化学程序包得到如下表中J 库仑积分和K交换积分值！谢谢！
[图片]
A:
没直接办法输出，自己改程序，或者让程序输出MO积分自己写个小程序计算出来
Q:
哦，谢谢sob老师，Multiwfn可以吗？
文献中使用Q-CHEM程序完成的！
A:
不能
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2016.05.05 00:43:07
Q:
sob 老师可以把静电势的那个帖子发一下好吗
A:
和静电势有关的帖子多了去了
Q:
就是求静电势的最大值和最小值那个，谢谢老师
A:
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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2016.05.05 01:24:57
Q:
sob老师Multiwfn能算极性吗
A:
看你具体怎么衡量极性
Q:
芳香大分子的极性对二聚体的贡献
A:
含义不明
要衡量静电作用的贡献去做能量分解
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2016.05.05 01:45:46
Q:
老师，为啥我优化分子，会产生两个偶极矩
[图片]
[图片]
赵云跳槽撤回了一条消息
老师，为啥我优化分子，会产生两个偶极矩?
[图片]
[图片]
A:
取最后的
Q:
我计算偶极矩，发现density与density=all的数值有很大差别，请问啥时候会使用的density=all ？
A:
就写density就完了
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2016.05.05 02:25:08
Q:
请问北京天气如何？短袖？多谢
天气预报经常欺骗我
A:
短袖ok
Q:
[表情]
A:
长袖也带一件
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2016.05.05 03:39:11
Q:
老师，我使用Linux版本的Multiwfn
我设置了
export KMP_STACKSIZE=256000000
kernel.shmmax = 68719476736
nthreads= 20
参数已经够大了，怎么可视化的时候调节分子还卡呢？
A:
这是dislin图形库的原因，图形库效率低没辙
把settings.ini里的iopengl设为1可以让速度快一些，不过有些时候显示有点问题
Q:
我这个参数设置没问题吧，我那个是256G内存的服务器
A:
没问题
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2016.05.05 04:12:00
Q:
各位请教一下用PBC计算甲烷在石墨烯表面的吸附能采用什么样的方法基组比较合适呢
A:
如果是高斯，6-311G*
Q:
那用pbepbe方法么？
是高斯09
A:
忘了能不能PBC时加D3，可以试试，能加的话结果还成
Q:
用M06-2x的话会不会很慢？
A:
高斯PBC用纯泛函慢极了
你这体系基本没戏
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2016.05.05 04:51:08
Q:
请教一个问题，我想看三重态的自旋密度，用td算三重态关键词是td（triplets） b3lyp 6-31g(d) density
然后用cubegen 0 spin=ci abc.fchk abc.cube 0 h 产生cube文件
但是结果做出来的cube里面格点都是0
我想问是不是td不能算spindensity 还是这是gaussian的bug
A:
就是不能给出自旋密度
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2016.05.05 04:52:03
Q:
sob 老师打扰了 [图片] 这上边的多少kcal/mol 怎么加上去的，用哪个软件啊
A:
ps啊
或者low一点，powerpoint
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2016.05.05 05:04:40
Q:
请问一下做过渡态时QST3中过渡态是放在第二个还是第三个啊
A:
第二
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2016.05.05 05:21:37
Q:
请问什么软件可以算相对论量化。
A:
绝大多数主流量化程序都能考虑相对论效应，看你考虑到什么程度上
Q:
谢谢老师。我这边集群有vasp和高斯。
我想算一下。考虑相对论之后锂钠钾离子半径与没有考虑相对论效应的结果差异。
A:
参考
使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响
http://sobereva.com/152
如果以电子密度等值面定义，相对论效应会产生影响
Q:
好的。谢谢老师。
对于前几周期元素影响大么。
A:
前三周期都没什么影响
Q:
额。我还是想算算看。谢谢老师。
A:
什么反应？
得有前提
Q:
Sob老师，我想问的是Au2+(CO)与水反应，水在什么位置比较合适？
老师，为什么我的高斯view安装以后打开看不到分子结构呢？比如算得红外光谱，可以看光谱，但是却看到我的分子结构式呢
A:
你应该算Au2+(CO)自身的静电势，而不是和水形成二聚体后的静电势
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2016.05.05 05:40:51
Q:
如果是win7的系统，你在下边吧那个最大化一下，应该就能看见了。我之前也出现过类似的状况。应该不是安装软件的问题
A:
[图片]点这个看是否出现
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2016.05.05 05:45:07
Q:
大家好，用G09计算激发态时，手册说route里加入density关键词的作用是使用当前方法的密度矩阵，不加就使用SCF矩阵。我使用b3lyp优化结构，保持基态结构不变，用td-cam-b3lyp计算激发态。我觉得激发态计算时加与不加density，结果应该是一样的，但是计算的结果却不一样，主要是激发态对应波长不一样。请问是为什么？
A:
用了density会用更严收敛限
Q:
所以，加density更准确，对吗？
A:
虽然可以这么说，但不如把nstates设大点
Q:
我把nstates设到25，Singlets和Triplets各25，计算UV-vis光谱，加和不加density，结果还是要相差10个nm左右
我正在找原因，一个是TD=(NStates=10,singlet,root=1) pop=npa density，另一个是TD=(NStates=10,50-50) pop=nto，两个计算的log文件做UV-vis光谱相差10nm左右，前者更准确，我搞不清楚原因，猜想是density的关系
后一个写错了，是TD=(NStates=25,50-50) pop=nto
sob老师，我用两种方法算激发态，一个是TD=(NStates=10,singlet,root=1) pop=npa density，另一个是TD=(NStates=25,50-50) pop=nto，两个计算的log文件做UV-vis光谱相差10nm左右，前者更准确，我搞不清楚原因，猜想是density的关系，您觉得呢？
A:
之前说了，density的时候davidson迭代收敛限更严。你也可以自行设定收敛限，没必要非得借助density来实现，本身产生激发态密度还多费很多时间。
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2016.05.05 05:50:57
Q:
[图片]Sob老师请问此物质与水反应，水在什么位置正确呢？
A:
具体看什么反应，以及各个极值点大小
按照静电势最大程度互补的方式考虑
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2016.05.05 06:38:54
Q:
老师，做S0->S2做NTO分析，关键词为
#p td(root=2) pbe1pbe/6-31+G* pop(saveNTO,NTO) density=transition=2
这里是否需要写上td(root=2)，还是直接就是td,默认(root=1) ？
A:
这里写不写root都一样。关键看density=transition是几
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2016.05.05 07:13:04
Q:
先生gromacs班还是在北京吗？欢迎先生有时间到西南部开班，这样方便很多在校学生的学习，不过要辛苦您！
先生gromacs班还是在北京吗？欢迎先生有时间到西南部开班，这样方便很多在校学生的学习，不过要辛苦您！[emoji]
A:
第一届还是在北京，以后可能变
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2016.05.05 15:15:49
Q:
老师我用Multiwfn 计算含有I的变形密度的时候在同一个二聚体里 I 出现2D 形状不同 [图片] 谢谢
A:
本来化学环境就不同
Q:
可是另外一个也不同 [图片]
红色方框的地方都是I原子
A:
化学环境
以及在不在同一个平面、平面怎么选取，都会影响平面图
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2016.05.05 17:50:40
Q:
我的学生证找不到了，带学生一卡通去行不行？
A:
可，能证明学生身份的东西就行
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2016.05.05 17:58:32
Q:
请问，下面这两种方法优化激发态对吗？它们哪个更常用一些？
方法1. #p opt=tight ub3lyp/6-31G(d,p) TD=(NStates=15,singlets,root=1) int=ultrafine freq nosymm test
方法2. #p opt=tight ub3lyp/6-31G(d,p) cis=(NStates=15,singlets,root=1) int=ultrafine freq nosymm test
A:
# opt B3LYP/6-31G* TD 就完了，甭写乱七八糟的
Q:
默认的是S1吗
A:
y
Q:
如果优化S2呢？
A:
root=2
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2016.05.05 18:01:02
Q:
请教下，我优化后计算freq，有三个虚频，然后群里大神建议加opt=tight int=ultrafine优化，我加了后，现在算了一二十个小时了，现在状态看起来是不是要不收敛啊？
这是现在计算的out文件
[图片]这是收敛情况
平时用opt优化一般十多个小时，这次tight算了23个小时了
A:
看优化轨迹和能量变化曲线判断
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2016.05.05 18:04:41
Q:
#p opt b3lyp/6-31G* TD=(triplets,root=1) 是优化T1，对吧
A:
y
Q:
你3个虚频大不大？
这种情况，我的建议是把结构往虚频振动方向平移一半左右再优化，比较有效
A:
看曲线，震荡了就gdiis、减小步长上限
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
整体平移，就是往结构上加一个3n维向量
A:
你就按我说的做就完了
按照虚频模式移动绝大多数情况没什么益处
要包治百病就calcall
一个虚频靠按照虚频模式移动都绝大多数情况不解决问题，更何况三个虚频，只会白折腾
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2016.05.05 18:18:43
Q:
[图片]
有人遇到过类似的软件乱码的问题吗
请问该如何解决啊，我这是chemrate软件
A:
[图片]
自己知道是什么含义就完了，不用纠结
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2016.05.05 18:24:03
Q:
您好，我需要会议形式的邀请函和会议发票，谢谢啦，报名的时候没有说，帮我改下吧
A:
要改的都发到keinsci@sina.com，免得到时候信息乱了也不好查
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2016.05.05 18:34:58
Q:
老师，请问[图片]这个地方的T1-S0波长为什么和TD-DFT计算出的波长不一样呢？我应该怎样去理解呢
A:
仔细看文章，如果没写清楚就问作者
或许是绝热、垂直的差异等等
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2016.05.05 18:36:21
Q:
老师们，打开log文件提示：[图片] 这个是什么意思啊？谢谢[表情]
老师们，打开log文件提示：[图片] 这个是什么意思啊？谢谢/微笑
A:
不用管
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2016.05.05 18:37:24
Q:
想做一个报告，有没有较好的 RI (Density-fitting) 的 Review？
A:
专门的review到没有，上传了个note可以看看
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2016.05.05 18:40:56
Q:
sob老师，我这几天在算有机分子中的不同含氧基团（羟基，羧基等）与水分子的氢键作用。按照您在论坛上给我的建议，已改用B3LYP-D3/6-31G**对结构优化。还有一些小问题请教一下您：（1）优化的过程中，水分子有逐渐跑离原来预设的位置的趋势，氢键中O和水中的H之间是不是应该设一个比较合理的距离,可以防止优化的过程中被附近其他基团影响？（2）纯粹是为了定性比较氢键强弱，复合物是否可以用最后优化的能量来计算弱相互作用，水分子和有机分子在B3LYP-D3/6-31G**计算单点能能，求得相互作用？这里BSSE是否也不用考虑了。谢谢老师
A:
定性比较不用考虑BSSE
改用M062X，如果还跑走，可以考虑加个约束。
记得计算时同时用隐式水模型
Q:
隐式水模型没有加，需要怎么加？另外算能量的话，复合物的能量是否可以直接用优化构型的能量
A:
scrf=SMD
本来就应该用优化后的复合物结构
Q:
我指的是直接用几何优化输出的能量，不再算一次单点能。
A:
可
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2016.05.05 18:42:10
Q:
各位前辈好！我用高斯计算波函数的稳定性stable=opt，出现了L508错误，我用高斯09d版本算还是这个错误，希望前辈能指点一二
A:
QC步骤不收敛，换个基组再试
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2016.05.05 18:44:55
Q:
嗯，老师，我学习过您的那篇帖子http://sobereva.com/314，请问我可不可以这样理解刚才的问题：我们在计算激发态的时候，如果要看S1-S0的垂直发射能，就是文中提到的TD-DFT那个波长；然后表格的第一项△E，实际上就是绝热吸收能（发射能），就是激发态极小点能量与基态极小点能量的差值。所以表格中的△E和TD-DFT二者能量所对应的波长才会不一样？请问是这样理解么？
A:
也可能是用UDFT算的T1和S0能量差
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2016.05.05 18:46:40
Q:
请问老师，对于找不到过渡态的自由基进攻过程，我能否利用柔性扫描来固定两个分子的距离，通过扫描曲线定性地体现反应途径呢？
A:
可以
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2016.05.05 18:50:28
Q:
[图片]
为什么纵坐标都是一个值
A:
能量差太小，整数位看不出差异
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