公社群聊Q&A整理：2016.05.05 19 ~ 2016.05.11 08 Concate - 计算化学公社

2016.05.05 18:51:08
Q:
老师请看，原文中是这样描述的[图片]，请问这样的话，可以理解为绝热发射和垂直发射的能量区别吗？
A:
文章根本没写清楚
Q:
您说的对，不过在附件中作者提到了[图片]
A:
依然没写清楚和TDDFT那一列的差别
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2016.05.05 19:28:29
Q:
老师我想问下我算两个分子间氢键的时候采用AIM分析得到在A原子和B原子之间的CP值符合氢键判定标准但是在gaussianview里量两个原子之间的形成的分子氢键键角小于90度似乎又不符合氢键判定标准了
这个我该怎么办好
A:
贴图
Q:
OK 您稍等
[图片]
这是gaussian中的虚线部分是键角小于90度的
[图片]
这是AIM分析中红框中的那个临界点数值是满足其电子密度p(r)和它的 Laplacian 量应该分别在 0.002 - 0.034 a.u.和 0.024 - 0.139 a.u.范围内。
A:
用RDG图看看
Multiwfn+VMD
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
Q:
嗯嗯我是看的这个帖子做的分析那还想再问下您我如果用RDG 看出来是有的那是不是就不能相信通过键长键角的判断了
这个图是导入VMD做的
[图片]这是Multiwfn的原始图
A:
即便RDG能看出有相互作用，肯定强度也比较弱，毕竟氢的正电荷很小
把分子结构同时在Multiwfn里显示出来比VMD那图看得更清楚
Q:
嗯嗯那这个分析氢键的话我要不要说之间有氢键形成啊？
有点糊涂了
A:
先做出RDG图看看
Q:
AIM分析的动能密度和势能密度单位一致吧？
A:
恩
Q:
老师我做AIM发现这条红色的拓扑路径似乎不合理其临界点是（3，-1）符合氢键标准但是拓扑路径连到了C上应该是到红色框的那个原子才对的可以人为修改路径么？[图片]
红色框的那个是H原子
希望老师能帮助下谢谢
A:
人为不可能改
这体现出AIM的局限性。
用RDG
Q:
啊我一系列其他分子都是正确的准备把拓扑图一起摆上去的那这样是不是就不能摆这个图了感觉其他相对照的图也要都作废的感觉了/流泪
啊我一系列其他分子都是正确的准备把拓扑图一起摆上去的那这样是不是就不能摆这个图了感觉其他相对照的图也要都作废的感觉了[表情]
就只是拓扑路径有问题临界点是正确的
可不可以写的时候摆上去但是说明下这个问题就只是说可能方法部分局限性导致的/可怜
可不可以写的时候摆上去但是说明下这个问题就只是说可能方法部分局限性导致的[表情]
A:
AIM分析接触面积较多的情况键径往往说明不了什么问题
pi-pi堆积尤其明显
可以
Q:
sob老师研究ππ堆积用NCI和AIM分析那个更能说明问题？
感觉NCI更好
A:
y
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2016.05.05 19:34:08
Q:
sob老师，高斯oniom优化的时候出现了L120错误：Maximum number of microiterations cycles exceeded!，尝试了网上些方法不行，求教@Sobereva
A:
用quadmac试试
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2016.05.05 20:00:37
Q:
想要个培训场地的定位[表情]
A:
[图片]
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2016.05.05 20:03:01
Q:
老师，我学习了您的这篇帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=462之后，用Multiwfn很快找到HOMO以及LUMO，然后在Multiwfn里也得到了H-3~L+3这些能量信息[图片],可是像文献中提到的这样[图片]结构中各个部分（比如单个金属原子、含N配体以及CO结构这样子）对轨道的贡献我该怎样通过Multiwfn得到呢？我使用的基组没有加弥散函数。老师，给您添麻烦了
老师，我学习了您的这篇帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=462之后，用Multiwfn很快找到HOMO以及LUMO，然后在Multiwfn里也得到了H-3~L+3这些能量信息[图片],可是像文献中提到的这样[图片]
结构中各个部分（比如单个金属原子、含N配体以及CO结构这样子）对轨道的贡献我该怎样通过Multiwfn得到呢？我使用的基组没有加弥散函数。老师，给您添麻烦了
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2016.05.05 20:12:43
Q:
[图片]请问Sob老师此两种物质反应活性位点为Au2和O之间，也就是说Au2和O以直线型连接比较合适，对吗？
A:
可以先摆成个直线，然后优化
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2016.05.05 20:49:32
Q:
请问gaussian计算金属配合物，Pb原子用什么基组合适。谢谢！
A:
SDD、Lanl2TZ
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2016.05.05 21:01:37
Q:
工作站上装centOS还是乌版图好呢
A:
centOS
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2016.05.05 21:50:53
Q:
请问老师，怎么计算金属配合物的MC能级，也就是 3MC dd* state ？@Sobereva
A:
算一批激发态，然后找对应的态，查看能量
Q:
老师，也就是说用TD算很多激发态？不好意思，老师，之前没算过i金属配合物，是否能具体一些？谢谢
对应的态是什么意思？
A:
是
怎么看激发态对应的特征看
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2016.05.05 22:19:04
Q:
老师，请问一下参加培训的发票款项现在还可以更改吗？@Sobereva
A:
你的发票还没开，所以还可以改。
其他人的凡是发票已经开出来的就改不了了
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2016.05.05 23:04:10
Q:
[图片] sob老师打扰了，，ALIE值都差不多8.7~8.8eV左右是不是从这里边看出的[图片]
A:
是
Q:
[图片]那ALIE值都差不多8.7~8.8eV左右怎么算出来，直接读出来即可？、[图片]
A:
先重复文中的体系
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2016.05.05 23:48:41
Q:
请问老师，用柔性扫描模拟一个分子进攻另一个分子的过程，最后出现能量先下降后上升的情况，是否说明能量最低的那个点是两个分子在无扰动的情况下，存在的形态呢？我记得物化里面学过一个勒让德-琼斯势就满足这个规律，能不能说明scan曲线的最低点也是平衡位置呢？
A:
拿最低点当初猜结构优化一下
Q:
老师，我有一点不是很明白，如果最低点优化出来的结果还是最低，是不是说明我把这两个分子丢到一起，他们最稳定的构型就是能量最低的状态？
A:
y
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2016.05.05 23:49:57
Q:
[图片]计算能量，输入文件为#p B2PLYP/def2tzvp 。请问老师这个错误如何修改呢？[表情]
老师，那我的那个问题是？[表情]
老师，那我的那个问题是？/委屈
A:
当然是前者
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2016.05.06 00:04:58
Q:
请问大家，谁有关于gaussian 的视频教程，可以跟我分享一下吗？谢谢，帮帮忙
A:
内容全面的视频教程是不可能有的
Foresman录的视频见
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=46
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2016.05.06 00:12:31
Q:
sob老师，opt=(TS,gediis,noeigen) 这个在td里面优化过渡态，这种结构的输入有什么特别需要注意的么？nstates 需要指定还是默认就好？
A:
[图片]
nstates一般用默认就够，想准确点设成root+4
Q:
谢谢
一般root就是1吧。第一激发足够了吧
A:
看你研究什么
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2016.05.06 00:16:23
Q:
TD 的TS必需要提供hessian啊
calcfc后程序不算hessian的
A:
找TS的方法不是必须依赖于读入或calcfc算出来的Hessian
TDDFT没解析二阶导数，所以幻灯片里特意用不需要提供Hessian的方式，否则大体系慢死
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2016.05.06 00:22:30
Q:
sob老师，我用lammps 输出的xyz格式的文件，导入VMD中，为什么无法显示氢键，也无法做Hydrogen bonds analysis？前提是之前找到的一份同样方法的xyz文件可以显示，也可以做氢键分析？我已经把cutoff调的很大了，还可能是别的什么问题吗？
老师，对于含氧基团与水分子的氢键作用的计算，您建议我用隐式水模型scrf=SMD,这个是出于什么考虑，准确模拟水溶剂氛围，还是加快计算速度？有没有相关介绍隐式水模型的相关资料，我学习一下@Sobereva
A:
按数字键1，点击原子，看看元素是否正确识别了
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2016.05.06 00:22:30
Q:
以前，我试过这些方法，一算程序就报错死掉，说是需要hessian，莫非现在新版本可以，后来我都是先算一个hessian然后读入的，不过好久没弄这个了……
A:
我幻灯片里的做法就是避免程序要Hessian，普通写法会要Hessian
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2016.05.06 00:23:48
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
综述：Chem. Rev. 2005, 105, 2999-3093
Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer)里面有专门的章节
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2016.05.06 00:25:31
Q:
但是我这个想计算的是，模拟固体分子表面与水蒸气的吸附作用。也适合用溶剂模型吗？
A:
一般不适合
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2016.05.06 00:25:47
Q:
@sob，请问有没有polyrate计算反应速率的视频或者中文资料？非常感谢！
A:
这种高度学术性的程序不可能有那么好的事
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2016.05.06 00:27:37
Q:
我对这个期刊不了解，3号瞎投的文章，4号就给接受了，不知道是什么情况？@华电ding
我瞎投了个，过一天就中了，很惊讶@华电ding
/强
A:
这期刊文章我审过几次
都让过
盈利为主
Q:
sob老师你怎么这么棒啊！
sob老师 JPC 系列也审核吗？能不能推荐你当reviewer ？
老师，这期刊是什么级别？核心吗？@Sobereva
A:
JPC审过好几次
我审的一半多都是Multiwfn的用户的文章，都让过，不过提意见时一点不含糊
Q:
我啥都推给sob审。。我实验研究，推荐审稿人都写sob老师。
A:
不是核心
Q:
我觉得在JCTC上发的都是大神……
我记得去年大家还都吐槽 JCTC上都是benchmark呢，一年非常华丽的转型，做方法跟JCP有的一拼了。
A:
毫无用处
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2016.05.06 00:32:49
Q:
老师，我刚在VMD里点了，识别出的元素类型和实际的不对。我同时输出的 lammpstrj文件是可以识别的，所以程序应该没问题，那我可以在VMD里如何操作，让它识别呢？
A:
打开xyz文件，修改里面的元素名
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2016.05.06 00:43:15
Q:
请问sob老师：DLPNO-CCSD(T)这个方法在高斯的输入文件里面应该怎么写呢？我用单机跑单点能，但是刚算上就显示l1错误，觉得其他的都没有错误，不知道是不是这个方法的写法有错误呢？
A:
高斯不支持，用ORCA
Q:
sob老师、高斯可以算单点能，但是并不支持DLPNO-CCSD(T)这个方法算单点能对嘛？DLPNO-CCSD(T)这个方法算单点能只能使用ORCA对嘛？
A:
对
Q:
sob老师，CCSD方法可以用高斯算单点能的、但是为什么DLPNO-CCSD方法只能用ORCA算呢？
A:
高斯不支持DLPNO
Q:
唔，DLPNO 到底是什么呢？我在网上一直没有找到呢、
A:
用之前要先搞懂理论基础
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2016.05.06 00:46:47
Q:
# opt b3pw91/lanl2dz geom=connectivity优化下面的结构时scf不收敛怎么办？[图片]
A:
那个体系一看就不容易收敛，方法无非就是这些
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.05.06 00:47:41
Q:
为什么老师不理我呢/流泪是我问的问题太简单，还是我没表述清楚呢
A:
马上要开培训班了，最近忙得很，接下来一个礼拜估计也很少在群里和论坛里回复了
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2016.05.06 00:49:40
Q:
[图片]，老师，找过渡态时能量出现这种趋势也属于不收敛，也是那样的解决办法吗
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
先看文末的常用处理
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2016.05.06 01:44:50
Q:
据说有GPU加速的量化软件，用过没？
A:
irfanview
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2016.05.06 01:48:14
Q:
请问一下，这原子的编号能不能去掉，只留下原子符号[图片]
A:
改settings.ini里的iatmlabtype
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2016.05.06 02:24:17
Q:
sob老师，后天的会还有名额吗？我之前确定不了时间，没报名，现在还能报名吗？
A:
不能了
等下次吧，今年下半年预计还有一次
Q:
好的
我下半年课特别多，怕时间不充裕，如果有人去不了了，和我联系，有空出的名额的话
暑假可以，有时间
A:
暑期可能性较高，看情况
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2016.05.06 03:40:34
Q:
各位老师，gaussian一般在什么情况下需要考虑弥散函数呢？优化带负电荷的结构最好是加弥散函数吗？我发现加了弥散函数以后计算成本显著升高了[表情]麻烦老师帮忙解答一下，谢谢谢谢
各位老师，gaussian一般在什么情况下需要考虑弥散函数呢？优化带负电荷的结构最好是加弥散函数吗？我发现加了弥散函数以后计算成本显著升高了/尴尬麻烦老师帮忙解答一下，谢谢谢谢
A:
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
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2016.05.06 03:46:56
Q:
请教各位老师一个问题，我有一个中间体，选取了两个构型（结构非常细微，除了配体-金属配位部分---相差0.001nm左右），其中一个用高斯计算溶剂化可以正常结束，另外一个却计算出错，L502构型是气相最优结构，
想恳请老师帮指点一下，不甚感谢！！！
A:
先看报错弄清楚是什么错误
Q:
[图片]
老师错误是这样的收敛失败
正常结束的，不知道如何解决溶剂化计算出错的问题，恳请老师们指导一下！[图片]这是输入，
A:
你又不是优化，always干嘛
mix也纯属多余
Q:
我气相是这样的关键词，所以溶剂化也一律使用了
其他结构都是正常的，除了这个
呃如果这些关键词一律去掉，结果会有差异么这是学生疑惑的地方
/抱拳/抱拳/抱拳谢谢各位老师的指点，用int=untrafine
A:
y
Q:
Sob老师谢谢您的解答，我看了您的博文关于 scf=xqc的介绍，有一个小疑惑，同时加stable关键词是否只会更好？
A:
没必要stable
xqc是迫不得已的最后选择
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2016.05.06 04:33:25
Q:
sob老师，写DFT的库伦积分那一部分有什么好的资料吗？
A:
和HF一样啊
Q:
HF-DFT？
A:
DFT算库仑积分方式和HF相同
只不过多了交换相关泛函的积分
Q:
嗯嗯
那个库仑积分指的是什么？
是双电子积分
[图片]
这一项么？
[图片]
余光宪这一本书是这样写的
A:
别看那书
Q:
你为什么管库仑项叫库仑积分呢？基组的四中心双电子积分采用到积分的啊。
然后用密度矩阵成那个积分加和就是了啊
A:
[图片]
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2016.05.06 04:52:22
Q:
老师请问我想定量计算某个氨基酸的亲疏水性什么办法好一点？
A:
可以试试这个http://model.nmr.ru/platinum/
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2016.05.06 06:04:47
Q:
sob老师，优化收敛后，出现这种错误是为什么[图片]
A:
看输出文件最后的报错提示
Q:
看过了，也没发现什么错误。麻烦您帮我看看
A:
[图片]
路径不要有空格
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2016.05.06 09:04:15
Q:
电脑的一路，二路指的是什么啊？
A:
机子里有几个CPU就是几路
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2016.05.06 09:12:13
Q:
请问有gromacs的培训吗
有通知吗
A:
下半年，具体时候未定
只要平时多看群消息就不会错过
培训前一个月就会在群里经常发通知
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2016.05.06 17:33:48
Q:
昨天我按照您说的opt=gdiis，算完，三个虚频还在。
A:
光靠gdiis解决不了
这只是帮助某些情况收敛而已
Q:
还需要加什么？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
会不会我这个分子本身的问题，
[图片]会不会这个分子本身就不稳定。我想问下，如果我opt算完了，就是freq会有虚频，可以说这个分子可能是亚稳态吗？
A:
你要热力学数据freq任务高斯会把平动转动振动的贡献单独输出，要看哪个看哪个
Q:
另外，麻烦帮我看下这个分子还有芳香性吗？这个分子的芳香性怎么判断，可以直接9个双键算18个电子，然后就满足4n+2规则吗
A:
[图片]
[图片]
Q:
请问下我这个想法成立吗？[图片]会不会这个分子本身就不稳定。我想问下，如果我opt算完了，就是freq会有虚频，可以说这个分子可能是亚稳态吗？
我用了opt=tight,int=ultrafine,然后震荡很厉害，您建议用gdiis，然后可以优化，但是还是有三个虚频，
这个是opt后的构型
A:
自己写个小程序搞
直接用calcall就完了，体系也不大
稳不稳定和有没有虚频没关系，不稳定的体系势能面依然可以有极小点
Q:
哦。正在用opt=calcall，但是算了一天还没算完，以为计算量大。
A:
什么计算级别？
Q:
#P b3lyp/6-31++g(d,p) opt=calcall
这样可以吗
A:
甭用弥散，6-31G*足矣
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2016.05.06 17:35:46
Q:
[图片]请问，我用pressure=0关键词更改压力，算出来的热力学数据显示是这样的[图片]压力还是1atm
请问怎么修改输入文件
A:
设0没用
0时根本没法计算，哪怕很接近于0的时候高斯用的平动的热力学公式也不适用
Q:
我要算真空环境下的，能算吗‘’
A:
压力设定影响平动的贡献，你要不想考虑平动的贡献，结果中不看它就完了。
不做freq默认就是真空
Q:
但不做freq我怎么获得体系的能量数据
A:
单点就给你电子能量了
你要热力学数据freq任务高斯会把平动转动振动的贡献单独输出，要看哪个看哪个
Q:
结果中不看平动的贡献该怎么处理，输出中那一项是平动贡献
A:
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
Q:
请问老师加关键词gdiis会影响能量的比较吗
A:
不会
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2016.05.06 17:37:02
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：高斯能不能通过某个方法算出配合物中心过渡金属有几个d电子？
A:
用NBO做NPA分析
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2016.05.06 17:48:56
Q:
请问一下老师，要在已经完成的几条路径中加算溶剂化，是不是直接在各反应物过度态中间体产物上加溶剂化关键词就可以了，还是得加此关键词重新找过度态做路径
A:
算单点的时候考虑溶剂模型就行了。
大多数体系溶剂效应不会对结构、IRC估计有显著影响
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2016.05.06 18:53:31
Q:
有苏州大学的老师或者学生吗？急事需要帮助
A:
没
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2016.05.06 20:11:18
Q:
想当年，网上传STO-3G是“最小基组”
是不是有本高斯简明教程上说的？
不知道。这条当年害人不浅
最小基组不是STO-3G吗
A:
最小的高斯函数基组是STO-2G
STO-nG系列叫极小基，与之相对的是扩展基
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2016.05.06 21:37:17
Q:
大家好，近日有部分学员要求更改发票抬头和内容，非常抱歉，我们的发票已经开好了，没有办法变更，否则会被税务局找麻烦。除了报名时就已经特别强调过具体发票抬头与内容的，其他要求发票修改的请求都没有办法。发票只可开具一次。
老师，发票大家都开过，金额没变，不是偷漏税，没有什么不能办的，只是手续多一些，谨请会有组协调
而且按照通知的要求，大家没有超过限制，不算过分
A:
发票一旦开出，绝对不能改！
Q:
只是说了实话，老师行个方便而已
A:
报名表里很明确写明了
[图片]
打印发票不是跟打印文件一样想打多少打多少、想怎么打怎么打
Q:
第二轮通知，没超过时间
另外交税估计可以重打一份
A:
[图片]
Q:
老师，是我的失误，给你们造成麻烦
可当时导师没给出明确的单位，我们也没办法呀，否则，钱也无法报账的呀
A:
所以提交报名表之前要先问清楚
Q:
唉。。。没有排过税务的那种号，办理过这种琐碎小事儿，浪费生命还得看窗口大妈脸色的孩纸怎么能懂发票修改的困难。。。
A:
没错
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2016.05.06 22:43:27
Q:
[图片][图片]老师，我的计算任务是图一，但是log文件中轨道部分如图二，没有2p，3p这些轨道，我想看一下这些轨道来选活化空间,应该怎么处理呢？
A:
这是基函数符号，不是原子轨道
MO是由基函数线性组合而成的
Q:
老师，所以要达到我的目的我需要再做一个任务，关键词pop=NaturalOrbital？
那应该怎么办？
A:
量化计算是基于基组定义的基函数的
你只能根据基函数和原子轨道的对应关系，估计出各个MO是由哪些原子轨道构成
Q:
基函数和原子轨道的对应关系，这句话不太理解，您的意思是一个基函数对应一个原子轨道？
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
看此文关于计算原子轨道对分子轨道贡献的那个部分，略有说明
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2016.05.06 23:00:56
Q:
hem. Soc. 2011, 133, 7926–7941. (JACS beta Select issue 13)
A:
没用
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2016.05.06 23:06:09
Q:
[图片] 老师，请问下这种情况该怎么处理
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.05.08 06:14:45
Q:
不会安装Multifwn，求助
嗯，解压后，解压之后直接双击.exe了，没反应了
也不是，是不知道如何用，想试试
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.05.08 17:58:02
Q:
各位老师早上好，向大家请教一个关于deformation density的问题
在使用Multiwfn调用高斯计算元素的wfn文件时卡在这步就不动了[图片]
请问应该如何解决，是因为环境变量的原因吗？
但我已经设置了高斯安装路径的环境变量了还是不行[图片]
A:
你得输入g09.exe的路径，而不是g09w.exe的路径
----------------------------------------------------
2016.05.09 05:44:18
Q:
各位前辈好，我想请教一下，用高斯在B3LYP function下能直接计算出一个分子的heats of detonation吗？
A:
想考虑非谐振效应时候才需要
算了非谐振频率就不需要再考虑频率校正因子
----------------------------------------------------
2016.05.09 05:48:31
Q:
·sob 我培训班前两天没去上，明天才去，还能跟上么
A:
如果略有高斯使用基础，能
不同主题之间相关性不算很大
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2016.05.09 05:51:05
Q:
SOB老师，请问GAUSSIAN能直接计算有机分子的双光子吸收截面吗？还是一定要借助其他软件？DALTON之外还有什么比较好用的?
A:
高斯没这个功能
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2016.05.09 06:43:14
Q:
对，但是PPT上有时候也把方法当做泛函来描述
在DFT中
例如说是泛函的选取，其实选的是方法
A:
用不同的泛函可以称用不同的方法
Q:
所以从一定意义上说，一种泛函可能包含多种方法？
A:
否。
诸如B3LYP、PBE0、TPSS，都可以叫密度泛函方法，区别是用的具体的泛函不同。可以说B3LYP方法、PBE0方法等等。内行人都明白
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2016.05.09 06:49:17
Q:
请问各位老师，极化函数d和p是不是都加会更精确，是不是一般情况只加d就行了呢？
A:
有d就一定有p
对重原子，p不叫极化函数
如果是指**和*的差异，原理上都加更准确，但除非研究的问题和氢关系密切，诸如氢转移等等，否则氢不加p极化可以
----------------------------------------------------
2016.05.09 06:59:22
Q:
还有一个问题，对于闭壳层，用R和U算的结果一样，那对于开壳层，用U和RO算的结果也一样吗？
A:
不一样
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2016.05.10 02:33:40
Q:
请问一个问题：Multiwfn能不能输出总的跃迁偶极矩密度？在主功能里好像只能输出x,y,z分量。怎么把x，y，z分量的跃迁偶极矩密度组合在一起呢？
A:
取平方加和再开根号。用Multiwfn的格点运算功能能实现
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2016.05.10 05:37:15
Q:
请问一下，算基态、激发态最优化、频率、前线轨道，DFT或TDDFT/B3LYP/TZVP是不是比DFT或TDDFT/B3LYP/6-311g 更优呢？
TZVP基组要大点？是不是更容易出错，因为我的分子还算比较大不过基本上算是刚性结构，应该可以算吧？
高斯view上没有TZVP这个选项，是不是可以自己在输入文件中写啊？
A:
TZVP比6-311G这种连极化函数都没有的超烂基组强多了
TZVP>=6-311G**
直接写TZVP
cc-pVTZ对于DFT太糟蹋
Q:
就是把6-311G**这个位置对应改成TZVP？
A:
y
Q:
我主要是想实验值和理论值对照，基态和激发态机组是不是都要选一样的
A:
没必要
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2016.05.10 05:51:10
Q:
基元反应不是一步反应吧
[图片]
A:
没必要纠结一些细节，幻灯片里的定义没问题
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2016.05.10 05:57:47
Q:
/偷笑科音成立两周年，有没有活动呢？
A:
无
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2016.05.10 06:29:32
Q:
请问下今天下午sob老师讲的那个价层能量和内核能量怎么找？
A:
看轨道图形，找相应的轨道，然后看能量
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2016.05.10 06:29:36
Q:
请问一个昨天讲的的ppt,74页，最后一个ppt里，额外输入的信息里，第二组的Cu 0
lanl2dz
和第一组的里的
****
cu
lan2dz
***
有什么区别么？不是重复么？
谢谢啦
A:
后面定义的是赝势
在相对论量子化学那部分会专门讲
Q:
恩恩，我看到帖子里说用genecp来使用赝势，第一组定义的是混合基组，已经对Cu用了lanl2基组了，第二组才是描述的赝势？感觉有点重复了？
A:
赝势基组跟赝势是两回事
Q:
娃娃的意思是这里的写法表示对C O的价层用6-31G*，对Cu的内层和价层都用lanl2dz,是这个意思么？
为什么不分？陈同学？
A:
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.05.10 06:52:29
Q:
[图片]
还有一个miku的波函数文件
/偷笑这些算是培训班的彩蛋？
A:
没
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2016.05.10 06:56:26
Q:
sob老师您好！能问一下这个暑假有没有讲molpro的班？
A:
不好说。开量化高级班的时候会讲一些molpro做多参考计算，但不会专门开molpro培训班
Q:
高级班最迟是后年对吗
A:
待定
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2016.05.10 07:18:14
Q:
用Multiwfn看Mulliken电荷时保存的chg文件中的电荷是对应的Mulliken电荷吗？
A:
是
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2016.05.10 07:46:49
Q:
嗯嗯，虽然不打瞌睡也听不太懂…
sob老师语速好快…
A:
注意预习和复习
Q:
/偷笑我觉得老师讲课也是沉浸在自己的世界里
A:
没这回事
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2016.05.10 07:52:42
Q:
请问下今天的过渡态例子为什么没有加freq，不是需要确定是否只有一个虚频嘛
A:
凭直觉可以大体判断是不是正确的过渡态就不用加
Q:
老师我无意间瞥见你的分子动力学的课件已经有了，是不是大部分的PPT已经写好了？
A:
一点没动
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2016.05.11 05:18:15
Q:
各位前辈：能问一下：高斯进行CISD计算如何打印出自然轨道以及占据数？
A:
pop=no
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2016.05.11 05:32:06
Q:
[图片]
请教各位，这个图怎么判断哪一点比较容易发生窜越呢？
复习的时候看到的，东西太多，就偷懒没有看原文献[表情]
是说光凭这种图没法子判断实际反应路径吗？
A:
有专门的计算方法，诸如landau-zener公式等等
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2016.05.11 06:13:30
Q:
两个300g硬盘
raid0这个我不太懂我查查
哦好哒今天组里修电脑的师傅说500g的硬盘要2000多
A:
2000多那简直是Intel SSD价格
企业级SATA足矣
Q:
还有企业级的2个T多少钱大概
A:
800左右
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2016.05.11 06:24:41
Q:
想请教个问题，我原来做服务器时把超线程都关掉了，不知现在在计算时是打开超线程速度快，还是关上好
A:
不要关
Q:
哦，这样的，好的
不关，是16个核心，打开是32个核心
哪天去机房把超线程打开
A:
实际算任务至多分配16核
Q:
也就是可以同时提两个作业了
我用的是d1版本的gaussian
A:
你要提交两个任务，线程数总和也不要超过16
Q:
这样
A:
不要用虚拟出来的那些逻辑核心，那点榨出来的计算量用于处理后台任务就够了，不要当实际计算劳动力用
Q:
我测试打开超线程后，设32个核心，结果速度超级慢
也就是在设定时不要超过物理核心数是吗
A:
y
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2016.05.11 06:37:23
Q:
老师高斯算频率无错误退出 rwf文件250多G 机器是300G的两块硬盘 192g内存 40核想问下可能原因
A:
贴关键词
Q:
我的电脑卡了马上
[图片]
[图片]
A:
非谐振当然超慢
Q:
可是无错误直接退出
我试了不加非谐振的也算不下去
A:
重跑，如果还在一个地方停八成是bug
Q:
之前在其他机器上 1T硬盘 92G内存 40核不加非谐的相同输入文件成功；现在的机器不行那老师觉得会不会是硬盘问题
A:
B3LYP/6-31G* opt freq绝对能跑
此级别考虑校正因子已足够准确
Q:
有480个原子含氢键是不是体系太大 RWF太大？
A:
看看rwf写了多少了
这相当大
Q:
250多G
A:
实际硬盘剩多少，用maxdisk事先告诉高斯
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2016.05.11 07:31:51
Q:
我想请教DFT的问题
最早说，DFT比HF快，最近我看Gamess模块，发现DFT,HF共用一个造Fock算符的sunbroutine以及完全相同的电子积分。
这样DFT还多一个XC项，它还得数值积分。DFT应该更慢才是。
subroutine
XC作为对Fock算符的矫正使用的
之前有说，DFT把3N个自由度变成了3个自由度，才比HF快。因为当时不懂就接受了，现在理解不了这句话了
A:
纯泛函比HF快，杂化比HF慢，范围分离泛函、meta-hybrid比HF慢很多，尤其用了int=ultrafine
Q:
还有杂化泛涵慢，有说，需要算HF，所以才慢的。
现在这个也理解不了了。Gamess做FOCK算符模块里，直接把HFSCAL（HF交换成分）乘以密度矩阵跟双电子积分。GGA那些东西乘的是0，杂化泛涵是0~1一个数。不理解这块为什么慢了
A:
杂化泛函KS矩阵元比Fock矩阵元要多算交换相关势对应的积分，要通过数值格点方法计算，显然会多花时间
Q:
嗯嗯，可是那些GGA LDA级别的呢，他们的Exc计算也是数值的么？
不算HF交换，可以少一些基组积分么？
A:
不算HF交换，少了大量双电子积分，耗时会少很多。
当初slater提出Xalpha目的就是为了降低HF交换部分的耗时
Q:
这样就理解了，是不是不同程序实现时候不一样的。我看gamess基组积分都给做好了存硬盘上，然后DFT根据HF exchange成分不同乘不同系数，也就是说，它算GGA也把双电子积分做全了，然后乘0。这样似乎就很笨了。
A:
y
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