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标题: 使用Swiss-model进行同源建模，获得的蛋白结构是否需要优化后才能使用。 [打印本页]

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Author: zhuceyu 时间: 2022-10-3 16:31
标题: 使用Swiss-model进行同源建模，获得的蛋白结构是否需要优化后才能使用。
文献中提到通道蛋白进行点突变（第438号氨基酸）后，通道会由关闭变成打开，依次为依据。建模后蛋白质结构中的通道开放程度，没有发生明显变化（构象叠合后发现完全重合），但是438附件的螺旋结构看起来很别扭，所以请问swiss-model的结果是否是优化后才可以使用？
model-1.pdb是突变前结构；model-2.pdb是突变后结构。蓝色为突变前的图像，绿色为突变后图像，突变后蛋白质中的两段螺旋结构变成一个，链接处很别扭。

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