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标题: 求助：用MCPB.py对金属有机化合物建模时，出现错误 [打印本页]

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-3 22:01
标题: 求助：用MCPB.py对金属有机化合物建模时，出现错误
我现在正在用MCPB.py对金属有机化合物建模，我将底物分成两个部分：金属离子+ligand。1、我通过metalpdb2mol2.py -i FE.pdb -o FE.mol2 -c 4生成了FE.mol2文件；

2、计算ligand的resp电荷，手动加到ligand的mol2文件中，通过parmchk2命令生成了相应的ligand.frcmod文件。
3、编写输入文件sub.in
original_pdb TSb2.pdb
group_name TSb2
ion_ids 37
ion_mol2files FE.mol2
naa_mol2files ligand.mol2
frcmod_files ligand.frcmod
运行：MCPB.py -i sub.in -s 1
出现错误：Traceback (most recent call last):
  File "/public/software/apps/amber20/bin/MCPB.py", line 577, in <module>
mcresname0, mcresname = get_ms_resnames(orpdbf, ionids, cutoff, addres,
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 45, in get_ms_resnames
mol, atids, resids = get_atominfo_fpdb(pdbfile)
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mol/pdbio.py", line 30, in get_atominfo_fpdb
resid = int(line[22:26])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: ' '

关于利用MCPB.py对有机金属化合物建模，我是参考文章 MCPB.py: A Python Based Metal Center Parameter Builder中SI的example2
查资料说是amber的版本低，不支持什么类型转换，但是我用的是amber20，不知道是哪里出错了，求指导！
附上TSb2.pdb

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-3 22:15
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-3 22:16 编辑

这个文件好像不符合PDB文件格式的要求

作者
Author: casea 时间: 2022-10-4 08:57
pdb有专门的保存格式，你这个pdb格式混乱, 可以根据以下网址修改
http://www.wwpdb.org/documentati ... format33/sect9.html

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-4 16:32

casea 发表于 2022-10-4 08:57
pdb有专门的保存格式，你这个pdb格式混乱, 可以根据以下网址修改
http://www.wwpdb.org/documentation/fil ...

谢谢您！我今天仔细看了这个网址，看了里面相应的一些格式，但是我还是不是很清楚具体应该怎么改，它上面说了几种records，以及网页上面提到了对于单体monomers参照(https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers)，里面有很多文件，我看了一下，我看的云里雾里，不知道格式应该怎么一一对应，我这个pdb的格式具体不知道应该怎么改，求指导！
下面是我通过Gaussview直接保存的.pdb文件格式，不知道在这个基础上应该怎么改。
TITLE    Required
REMARK 1 File created by GaussView 6.0.16
HETATM 1  C          0    0.694  -2.809 1.132                      C
HETATM 2  C          0    1.216  -4.114 0.811                      C
HETATM 3  C          0    2.095  -3.938  -0.216                      C
HETATM 4  C          0    2.110  -2.525  -0.508                      C
HETATM 5  N          0    1.244  -1.855 0.316                      N
HETATM 6  H          0    0.937  -5.030 1.316                      H
HETATM 7  H          0    2.693  -4.680  -0.730                      H
HETATM 8  C          0    2.742 1.593  -1.644                      C
HETATM 9  C          0    3.743 1.357  -2.659                      C
HETATM 10  C          0    3.920 0.008  -2.722                      C
HETATM 11  C          0    3.030  -0.569  -1.740                      C
HETATM 12  N          0    2.326 0.410  -1.095                      N
HETATM 13  H          0    4.230 2.133  -3.235                      H
HETATM 14  H          0    4.585  -0.560  -3.359                      H
HETATM 15  C          0    -1.182 0.845 2.410                      C
HETATM 16  C          0    -2.014 0.281 3.447                      C
HETATM 17  C          0    -1.754  -1.057 3.470                      C
HETATM 18  C          0    -0.772  -1.302 2.442                      C
HETATM 19  N          0    -0.439  -0.134 1.805                      N
HETATM 20  H          0    -2.691 0.851 4.070                      H
HETATM 21  H          0    -2.175  -1.818 4.115                      H
HETATM 22  C          0    -0.279 2.806 1.176                      C
HETATM 23  C          0    -0.220 4.227 0.920                      C
HETATM 24  C          0    0.744 4.410  -0.024                      C
HETATM 25  C          0    1.262 3.100  -0.343                      C
HETATM 26  N          0    0.630 2.140 0.400                      N

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-4 18:34

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-10-4 16:32
谢谢您！我今天仔细看了这个网址，看了里面相应的一些格式，但是我还是不是很清楚具体应该怎么改，它上面 ...

Record Format
COLUMNS DATA TYPE FIELD DEFINITION
-------------------------------------------------------------------------------------
1 - 6 Record name "ATOM "
7 - 11 Integer serial Atom serial number.
13 - 16 Atom name Atom name.
17 Character altLoc Alternate location indicator.
18 - 20 Residue name resName Residue name.
22 Character chainID Chain identifier.
23 - 26 Integer resSeq Residue sequence number.
27 AChar iCode Code for insertion of residues.
31 - 38 Real(8.3) x Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
39 - 46 Real(8.3) y Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
47 - 54 Real(8.3) z Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
55 - 60 Real(6.2) occupancy Occupancy.
61 - 66 Real(6.2) tempFactor Temperature factor.
77 - 78 LString(2) element Element symbol, right-justified.
79 - 80 LString(2) charge Charge on the atom.

复制代码

只需要看这些，把信息写到对应的列，用不到的可以不填

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-4 21:40

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-4 18:34
只需要看这些，把信息写到对应的列，用不到的可以不填

非常感谢！我按照您发的，重新修改了pdb文件的格式，已经没有报错
不知道是电荷的缘故，出现了这个错误，不知道这种情况是哪里除了问题，求指导！
File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mol/mol2io.py", line 34, in get_atominfo
atid, atname, crdx, crdy, crdz, atomtype, resid, resname, charge = \
ValueError: not enough values to unpack (expected 9, got 8)

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-5 16:42

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-10-4 21:40
非常感谢！我按照您发的，重新修改了pdb文件的格式，已经没有报错
不知道是电荷的缘故，出现了这个错误 ...

这个错误说的应该是mol2文件的问题，atid, atname, crdx, crdy, crdz, atomtype, resid, resname, charge，这些里面少了一个，可能是缺少电荷

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-5 21:56

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-5 16:42
这个错误说的应该是mol2文件的问题，atid, atname, crdx, crdy, crdz, atomtype, resid, resname, charge ...

谢谢您！在这里配体我是计算的resp电荷，将resp电荷手动加到了配体的mol2文件中，因为用antechamber命令无法将pdb文件转成mol2文件，所以我的mol2 文件是直接通过gaussview生成的，在这个mol2文件的基础上，按照sob老师发的mol2文件的格式，手动将原子电荷加上去。所以在mol2文件中是有电荷的，但是不知道是什么缘故在用MCPB.py建模时，出现错误了。
下面是配体的mol2文件内容
# Molecule Name
# Created by GaussView 6.0.16
#

#
#

@<TRIPOS>MOLECULE
Molecule Name
56 61
SMALL
USER_CHARGES

@<TRIPOS>ATOM
1 C1    0.6940 -2.8090    1.1320 C 1 MOL 0.4485315145
2 C2    1.2160 -4.1140    0.8110 C 1 MOL -0.4277690317
3 C3    2.0950 -3.9380 -0.2160 C 1 MOL -0.3079269655
4 C4    2.1100 -2.5250 -0.5080 C 1 MOL 0.2276833653
5 N5    1.2440 -1.8550    0.3160 N 1 MOL -0.2789324103
6 H6    0.9370 -5.0300    1.3160 H 1 MOL 0.1693084947
7 H7    2.6930 -4.6800 -0.7300 H 1 MOL 0.1455934780
8 C8    2.7420    1.5930 -1.6440 C 1 MOL 0.2458728836

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-6 01:25

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-10-5 21:56
谢谢您！在这里配体我是计算的resp电荷，将resp电荷手动加到了配体的mol2文件中，因为用antechamber命令 ...

可能是金属离子的mol2文件缺少电荷？

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-6 09:26

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-6 01:25
可能是金属离子的mol2文件缺少电荷？

非常感谢！金属离子的mol2文件是有电荷的，我将金属离子的mol2修改了一下，然后运行的时候出现了这种错误，自己根据错误类型对应着将配体的mol2文件的原子标号改成了C1、C2...N1、H1这种，但是运行的时候出现了这种错误：MOL-H23。配体总共就只有22个H原子，不知道我的输入文件是哪里错了，求指导！

*=======================Building models==========================*
*                                                             *
******************************************************************
***Creating the small model...
It contains the residue 1-FE as normal.
It contains the residue 2-MOL as normal.
Totally there are 57 atoms in the small model.
Totally there are 269 electrons in the small model.
***Creating the standard model...
It contains the residue 1-FE as normal.
It contains the residue 2-MOL as normal.
Traceback (most recent call last):
  File "/public/software/apps/amber20/bin/MCPB.py", line 643, in <module>
gene_model_files(orpdbf, ionids, addres, addbpairs, gname, ff_choice,
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 1906, in gene_model_files
build_standard_model(mol, reslist, cutoff, msresids, outf, ionids,
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 1471, in build_standard_model
attype = libdict[resname + '-' + atname][0]
KeyError: 'MOL-H23'

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-6 13:27
看一下in文件里面的ion_ids对不对，这个应该和输入的pdb文件中离子的id保持一致

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-6 14:37

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-6 13:27
看一下in文件里面的ion_ids对不对，这个应该和输入的pdb文件中离子的id保持一致

您好！我看了一下，in文件中金属离子上面写的是1，和pdb文件一致。是不是这个标号不能是1，这个标号有顺序可说吗，我试了一下，因为在gaussview中搭建的结构金属的标号是37，然后我就把金属换成37，对应的pdb金属的位置也改了，但是还是同样的错误，不知道具体是什么缘故，下面是我的三个文件
in文件：
original_pdb TSb2.pdb
group_name TSb2
ion_ids 1
ion_mol2files FE.mol2
naa_mol2files MOL.mol2
frcmod_files MOL.frcmod
pdb文件：
HETATM 1 FE  FE    1    0.894 0.129 0.318                   FE
HETATM 2 C1 MOL    2    0.694  -2.809 1.132                      C
HETATM 3 C2 MOL    2    1.216  -4.114 0.811                      C
HETATM 4 C3 MOL    2    2.095  -3.938  -0.216                      C
HETATM 5 C4 MOL    2    2.110  -2.525  -0.508                      C
HETATM 6 N1 MOL    2    1.244  -1.855 0.316                      N
HETATM 7 H1 MOL    2    0.937  -5.030 1.316                      H
HETATM 8 H2 MOL    2    2.693  -4.680  -0.730                      H
金属的mol2文件：
@<TRIPOS>MOLECULE

1    0    1    0    0
SMALL
User Assigned Charge

@<TRIPOS>ATOM
   1 FE       0.0000 0.0000 0.0000 FE       1 FE    4.000000
@<TRIPOS>BOND
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
   1          1 TEMP             0 ****  **** 0 ROOT
配体的mol2文件：
@<TRIPOS>MOLECULE
Molecule Name
56 61
SMALL
USER_CHARGES

@<TRIPOS>ATOM
1 C1    0.6940 -2.8090    1.1320 C 2 MOL 0.4485315145
2 C2    1.2160 -4.1140    0.8110 C 2 MOL -0.4277690317
3 C3    2.0950 -3.9380 -0.2160 C 2 MOL -0.3079269655
4 C4    2.1100 -2.5250 -0.5080 C 2 MOL 0.2276833653
5 N1    1.2440 -1.8550    0.3160 N 2 MOL -0.2789324103
6 H1    0.9370 -5.0300    1.3160 H 2 MOL 0.1693084947

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-6 23:30
你发的mol2文件好像不完整。
你可以先按照官网的教程做一遍，每一步的中间文件教程上都能下载。
https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy.php

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-7 15:29

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-6 23:30
你发的mol2文件好像不完整。
你可以先按照官网的教程做一遍，每一步的中间文件教程上都能下载。
https:// ...

好的好的，谢谢您！

作者
Author: sunmeng 时间: 2023-3-13 16:31
请问您的问题解决了吗？我现在也遇到了同样的问题，可以麻烦您分享一下解决办法吗？

作者
Author: xiaomoxian 时间: 2023-4-12 20:21

sunmeng 发表于 2023-3-13 16:31
请问您的问题解决了吗？我现在也遇到了同样的问题，可以麻烦您分享一下解决办法吗？

您的问题解决了吗，我也遇到了同样的问题

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