计算化学公社

标题: 可否令VASP绘制出的ELF只显示某几个原子的ELF？ [打印本页]

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-10-4 11:41
标题: 可否令VASP绘制出的ELF只显示某几个原子的ELF？

如图所示，我想观察一种铅卤钙钛矿中铅原子的ELF，用VASP计算了ELF然后用VESTA打开，结果如图所示，但图中主要是卤素的ELF而不是铅原子的ELF，显得喧宾夺主，是否有办法让它只显示铅原子的ELF？

(, 下载次数 Times of downloads: 6)

另外，有没有什么办法平移晶胞和对应的ELF，让图像可以显示得更好呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-4 17:34
显示和不显示填色图，都保存图像，在ps里作为两个图层（后者在上），把上面图层中铅附近的部分删掉透出来下面的就完了
另一种做法是Multiwfn载入ELFCAR，进入主功能13的格点数据处理功能的子功能13对格点数据进行屏蔽（远离Pb的区域ELF设0），然后导出cub文件，再放到VESTA里作图

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2023-3-22 21:13
解决了，写了一个脚本来完成这个任务，见附件。
这个脚本会自动读取当前目录下的 ELFCAR 文件，找出感兴趣的原子（我脚本中将感兴趣的原子设为 Ge Sn Pb，在代码第329行）周围的ELF，剔除其它不感兴趣的ELF（设为0），这样得到新的 ELF 数据，存入 ELFCAR_REV 文件中。

脚本需要2个参数（想要修改的话直接在main的开头修改，第320-321行）。一个是 CriticalELFValue，默认值是 0.49，表示将感兴趣的原子周围的 ELF 大于该值的连通区域保留下来；“周围”的范围用另一个参数 CriticalDist 控制，默认值是 1.0，单位为埃，它的意义是，一块 ELF 大于 CriticalELFValue 的连通区域中存在格点到感兴趣的原子的距离小于 CriticalDist 时，才认为它在感兴趣的原子周围，将它保留下来。

脚本能自动考虑晶体的平移周期性，将平移后能连通的区域视为连通的。VESTA 在画等值面图的时候似乎会使用一些插值策略，因此建议将 CriticalELFValue 设为略低于实际画图时使用的 ELF isovalue，以使得到的图像更平滑。

作者
Author: bard_skd 时间: 2025-9-13 21:38

北大-陶豫发表于 2023-3-22 21:13
解决了，写了一个脚本来完成这个任务，见附件。
这个脚本会自动读取当前目录下的 ELFCAR 文件，找出感兴趣 ...

大佬，请问计算的ELF结果中，插层原子周围ELF不显示的话，该如何解决呢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)