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标题: 如何创立二氧化硅衬底的拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-10-4 16:13
标题: 如何创立二氧化硅衬底的拓扑文件
请教一下各位，我讲二氧化硅的pdb文件上传到http://erg.biophys.msu.ru/erg/tpp/index.py中想生成二氧化硅的拓扑文件，但是一直提示The requested URL was not found on this server

sobtop上写的是不支持oplsaa，因为是水合物在二氧化硅衬底上的模拟，所以不知道应该怎么解决这个二氧化硅的力场了，请教各位前辈，若得指点感激不尽

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-5 18:33
OPLS-AA根本不适合这种体系，根本描述不了二氧化硅
应当在sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）提供的框架下解决。水合物的拓扑文件和二氧化硅的拓扑文件用sobtop都能建，把网页里的例子好好消化了，举一反三自然知道怎么做

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-10-6 19:41
本帖最后由吧唧爱吃糖于 2022-10-6 20:22 编辑

sobereva 发表于 2022-10-5 18:33
OPLS-AA根本不适合这种体系，根本描述不了二氧化硅
应当在sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）提供 ...

好的老师，但是老师文献上写的是用的oplsaa
https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.119698现在要复现这篇文献，应该怎么办那？是选用别的力场没关系吗？

另外还想问一下老师，我在别的文献看到的si和O的lj参数是不是不能用在这里？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-6 20:02

吧唧爱吃糖发表于 2022-10-6 19:41
好的老师，但是老师文献上写的是用的oplsaa
https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.119698现在要复现这 ...

发邮件给作者问细节
OPLS-AA自身是肯定描述不了二氧化硅的，也许作者用了额外的参数

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-10-6 20:54
本帖最后由吧唧爱吃糖于 2022-10-7 11:54 编辑

sobereva 发表于 2022-10-6 20:02
发邮件给作者问细节
OPLS-AA自身是肯定描述不了二氧化硅的，也许作者用了额外的参数

好的，谢谢sob老师，我还有两个问题，
1.如果I型甲烷水合物的O和C的lj参数有，可以用来模拟II型甲烷水合物吗？
2.二氧化硅衬底扩胞之后再切片切成我想要的尺寸之后发现四个面Si上缺原子，O上也缺原子，一补氢全都补上了，但是我只想让一个面有羟基，怎么能让他切成我想要的尺寸之后不缺原子那？

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