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标题: 关于molclus做团簇搜索结构优化时的温度 [打印本页]

作者
Author: luffy_lulu 时间: 2022-10-4 21:47
标题: 关于molclus做团簇搜索结构优化时的温度
用molclus做团簇搜索结构优化时的默认体系温度是多少哇，如果想在特定温度下做团簇搜索，除了可以在isostat里面查看，还可以在哪里设置温度参数呢，具体怎么设置呢，如有老师解答，万分感谢

作者
Author: chands 时间: 2022-10-4 21:59
我的理解，优化是算单点能（电子能），温度与分子的平动转动振动有关，所以优化不用设置温度。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-4 22:52

chands 发表于 2022-10-4 14:59
我的理解，优化是算单点能（电子能），温度与分子的平动转动振动有关，所以优化不用设置温度。

楼主指的是用MD做团簇搜索吧，MD需要指定温度

作者
Author: chands 时间: 2022-10-4 23:24

wzkchem5 发表于 2022-10-4 22:52
楼主指的是用MD做团簇搜索吧，MD需要指定温度

如果跑MD，只要结构没崩掉温度在合理的范围内波动应该都可以吧。
我猜楼主不是说那种温度太高导致平衡结构略有改变的情况。

作者
Author: luffy_lulu 时间: 2022-10-5 09:03

wzkchem5 发表于 2022-10-4 22:52
楼主指的是用MD做团簇搜索吧，MD需要指定温度

请问老师 MD是什么的缩写呀，我现在就是已经用molclus结合ORCA和gauss跑出来结构了，但是关于温度方面就只在isostat.exe界面筛选的时候设置过，我不清楚自己是不是在template有遗漏设置的地方，谢谢老师指导

作者
Author: luffy_lulu 时间: 2022-10-5 09:04

chands 发表于 2022-10-4 21:59
我的理解，优化是算单点能（电子能），温度与分子的平动转动振动有关，所以优化不用设置温度。

哇是这样子的嘛谢谢老师~

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-5 15:29

luffy_lulu 发表于 2022-10-5 02:03
请问老师 MD是什么的缩写呀，我现在就是已经用molclus结合ORCA和gauss跑出来结构了，但是关于温度方面就 ...

molecular dynamics，分子动力学
做构象搜索必须知道自己是在用什么方法做的，比如MD、metadynamics、dihedral driving等。起码审稿人如果问了（尤其是没用过Molclus的审稿人）要会答

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-5 19:12
使用molclus涉及温度的地方：
1 用动力学方式产生traj.xyz，动力学模拟程序用的温度。用genmer、gentor、confab方式产生traj.xyz都不牵扯温度
2 molclus调用量子化学程序做振动分析直接得到热力学量，在模板文件里设的温度
3 同上，但调用Shermo计算热力学量，在settings.ini里设的T=对应的温度
4 isostat产生Boltzmann分布时设的温度

搞清楚以上关系

作者
Author: luffy_lulu 时间: 2022-10-5 20:22

wzkchem5 发表于 2022-10-5 15:29
molecular dynamics，分子动力学
做构象搜索必须知道自己是在用什么方法做的，比如MD、metadynamics、di ...

嗷嗷嗷谢谢老师~

作者
Author: luffy_lulu 时间: 2022-10-5 20:24

sobereva 发表于 2022-10-5 19:12
使用molclus涉及温度的地方：
1 用动力学方式产生traj.xyz，动力学模拟程序用的温度。用genmer、gentor、c ...

嗷嗷嗷好的好的非常感谢老师指导！那我做团簇构型搜索应该只用得到第四点

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