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标题: 求助用gmx跑一个蛋白+两个化合物md时itp和topol文件的报错 [打印本页]

作者
Author: ezez 时间: 2022-10-5 00:32
标题: 求助用gmx跑一个蛋白+两个化合物md时itp和topol文件的报错
本帖最后由 ezez 于 2022-10-7 18:07 编辑

麻烦问一下关于一个蛋白质和两个化合物跑md的问题。
  我按照社长的教程跑一个蛋白和一个化合物的md很顺利，不过想考察一个蛋白和两个化合物的动力学时，遇到了问题。
  化合物1的itp文件截图如下：

[attach]56119[/attach]

化合物2的itp文件截图如下：
[attach]56120[/attach]

按照社长蛋白-配体的教程（社长教程里是1个化合物，我这里是2个）里设置的topol.top文件如下：
[attach]56121[/attach]

报错如下：
[attach]56122[/attach]

注：complex.gro文件是按照教程在蛋白后面依次粘贴上化合物1和化合物2的gro文件，截图如下：
[attach]56123[/attach]

注1：两个化合物的拓扑文件均由Sobtop生成～
注2：该蛋白是普通蛋白，不含有非标准残基～
注3：complex.gro文件是我仿照社长的教程，直接在蛋白的gro文件后面粘贴上化合物1和化合物2的gro内容。

估计是顺序问题，不过我确实没法解决。在网站找了，看gmx 论坛也有人问这个问题。她的解决方案是直接把两个化合物的itp文件的[ atomtypes ]删除掉，然后合并到topol.top文件最开始，然后再加上parent AMBER force field in the topol.top file.。我试了下，依然报错如下：结果：报错：Fatal error:
      number of coordinates in coordinate file (complex_SOL.gro, 198889)
                  does not match topology (topol.top, 937849)

卢老师说过，由于BEN_GMX.itp里最开头定义了[ atomtypes ]，因此此itp要最优先被引入到topol.top文件（除非把这部分内容挪到ffnonbonded.itp里），不过教程里是关于1个小分子的，我这里是2个小分子～

在QQ群的热心群友的建议下，做了以下尝试，但尚未成功：
尝试1：直接把第二个小分子的atomtype项剪切到第一个
结果：报错：Fatal error:
      number of coordinates in coordinate file (complex_SOL.gro, 198889)
                  does not match topology (topol.top, 937849)

尝试2：直接把化合物1.itp和化合物2.itp文件最前面的[ atomtypes ]的内容剪切并合并粘贴到topol.top开始处
结果：报错如下，
      Fatal error:
      number of coordinates in coordinate file (complex_SOL.gro, 198889)
                  does not match topology (topol.top, 753109)

化合物1和化合物2的gro和itp文件见附件，topol.top太大了，就不传了～

麻烦了～～

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-5 16:47
top文件的最后一项两个分子都要写上，如果只写了一个，就会出现top原子数和gro不匹配的情况

作者
Author: ezez 时间: 2022-10-5 23:43

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-5 16:47
top文件的最后一项两个分子都要写上，如果只写了一个，就会出现top原子数和gro不匹配的情况

当初topol.top文件最后已经写上了两个化合物的分子数～
我按照社长的教程制作了蛋白+1个蛋白的md，很顺利的在跑md。但是不知道为什么2个小分子就出了问题～

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-6 01:50
你可能多次运行了gmx solvate往top文件里面重复写入了溶剂的分子数，未加水之前共有14149个原子，加水后有198889个原子，加入水的原子数为184740，报错信息中说top里面的原子数为753109，正好是14149+184740*4，而另一个报错信息说原子数是937849，正好是14149+184740*5。如果是这个错误，把重复的溶剂分子数删去就行了。

作者
Author: ezez 时间: 2022-10-7 14:01
本帖最后由 ezez 于 2022-10-7 14:03 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-6 01:50
你可能多次运行了gmx solvate往top文件里面重复写入了溶剂的分子数，未加水之前共有14149个原子，加水后有1 ...

非常感谢～
经过你的提醒，我重新查看了topol.top，发现你的分析非常对，topol.top文件的最后面写了5个：SOL 61580

我删除了4个，只剩余一个就正常了～～

再次感谢～～

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