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标题: 用Chimera可视化复合物轨迹发现配体在其中几帧中突然离开蛋白质又突然回到原位置。 [打印本页]

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-10-6 14:16
标题: 用Chimera可视化复合物轨迹发现配体在其中几帧中突然离开蛋白质又突然回到原位置。
本帖最后由 Couriosity 于 2022-10-6 14:19 编辑

大家好，最近在用Amber研究配体和蛋白结合模式，进行能量最小化、加热和平衡过程后，我进行了100ns*10 = 1μs的无约束模拟，无约束模拟我写了一个shell脚本，参数设置如下：

for i in `seq 1 10`; do
mkdir -p md${i}
cd md${i}

# 100 nano second per run with default ig
cat > md.in <<EOF
# pmemd: plain minimization, es
&cntrl
irest=1, ntx=5,ntr=0,
imin=0,
nstlim=50000000, dt=0.002,
temp0=300.0, ntt=3, gamma_ln=1.0,
ntc=2, ntf=2, ig=-1, iwrap=1,
cut=10.0,
ntpr=5000, ntwv=0, ntwx=5000, ntwr=10000000,
ntb=2, ntp=1, pres0=1.0, taup=1.0,
/

EOF

if [ $i -eq 1 ]
then
pmemd.cuda -O -i md.in -o md${i}.out -p xxx_solv.prmtop -c ../3_equ/hold4.res -x md${i}.nc -e md${i}.en -r md${i}.res
else
pmemd.cuda -O -i md.in -o md${i}.out -p xxx_solv.prmtop -c ../md$[i-1]/md$[i-1].res -x md${i}.nc -e md${i}.en -r md${i}.res

每个100ns轨迹有10000帧坐标，1μs总共有100000帧坐标，用Chimera软件可视化的时候，一开始一直都是复合物状态；但到第18970帧，也就是不到200ns的时候，配体突然与蛋白质分离（没观察到缓慢出去的过程，是直接分离的），在这之后在分离和结合状态反复横跳（如视频所示），请问各位前辈这是什么原因呢，是Chimera可视化软件的问题，还是我模拟的问题？如果是模拟的问题，怎样才能改好呢？
[attach]56189[/attach]

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-10-6 14:17
图2太大了，没上传成功

作者
Author: exity 时间: 2022-10-6 14:32
用VMD看看先

作者
Author: pinpo 时间: 2022-10-6 16:25
有可能是周期边界条件造成的，你提取一下配体出去的那几帧，用vmd看看确认一下是不是周期边界造成的

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-10-6 17:49

pinpo 发表于 2022-10-6 16:25
有可能是周期边界条件造成的，你提取一下配体出去的那几帧，用vmd看看确认一下是不是周期边界造成的

谢谢，我还想请问一下是是不是.nc格式的文件只有linux 1.94版本的vmd 才能加载成功呢？

作者
Author: pinpo 时间: 2022-10-6 19:49

Couriosity 发表于 2022-10-6 17:49
谢谢，我还想请问一下是是不是.nc格式的文件只有linux 1.94版本的vmd 才能加载成功呢？

你可以参考这个帖子，为什么amber产生的轨迹文件vmd识别不了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 11&fromuid=5788
(出处: 计算化学公社)

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