计算化学公社

标题: 求助AIMD结果分析关于python脚本的运用与错误提示 [打印本页]

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作者
Author: chen0201    时间: 2022-10-6 15:32
标题: 求助AIMD结果分析关于python脚本的运用与错误提示
用AIMD跑分子动力学，想用python脚本处理，显示MD过程中键长的变化的程序MD-bond.py，但是我们复制脚本进去运行，一直提示缩进错误，请高手指点。以下是我复制的脚本内容
import numpy as np

# input atoms No.(b1,b2) bwtween which you want to calculate the bond

# input the MD-steps (Mnum) in your VASP MD calculation

b1= 12

b2= 27

Mnum=10000

b1=b1-1

b2=b2-1

a=open("XDATCAR",'r+')

b=open("bond.dat",'w+')

#skip line1-2

for i in range(2):

a.readline()

#get vectors

X=a.readline().strip().split()

Y=a.readline().strip().split()

Z=a.readline().strip().split()

X=[float(X) for i in range(3)]

Y=[float(Y) for i in range(3)]

Z=[float(Z) for i in range(3)]

#skip line-6

a.readline()

#get total atom number

num=a.readline().strip().split()

num=[int(num) for i in range(len(num))]

num=sum(num)

#define function of bond-length

def bond(m,n):

r=[n-m for i in range(3)]

r2=[r[0]*X+r[1]*Y+r[2]*Z for i in range(3)]

r3=np.sqrt(r2[0]**2+r2[1]**2+r2[2]**2)

return r3

#get bond-length of each step

def bond_s():

a.readline() #skip the line "Direct configuration="

coord=[]

for i in range(num):

r=a.readline().strip().split()

r=[float(r) for i in range(3)]

coord.append(r)

C_chose=[coord[b1],coord[b2]]

return C_chose

for j in range(Mnum):

m,n=bond_s()

r=bond(m,n)

b.write(str(r)+"n")

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作者
Author: RAL    时间: 2022-10-6 16:48
方法很简单，你只需要学习Python基本语法并写一些代码，就能理解并解决这个问题；方法也很难，因为你需要学习Python基本语法并写一些代码，才能理解并解决这个问题

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-10-6 16:57
python常识：复制的时候必须保证每行最前面的空格数不变。你应该是复制的时候把每行前面的空格复制丢了

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作者
Author: chen0201    时间: 2022-10-10 10:40

wzkchem5 发表于 2022-10-6 16:57
python常识：复制的时候必须保证每行最前面的空格数不变。你应该是复制的时候把每行前面的空格复制丢了

是的，原帖子给的没有空格，所以就不行

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作者
Author: 黑胡桃    时间: 2024-6-1 11:09

chen0201 发表于 2022-10-10 10:40
是的，原帖子给的没有空格，所以就不行

你好，请问还有原帖网页吗，求一个

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作者
Author: chen0201    时间: 2024-7-5 17:29

黑胡桃 发表于 2024-6-1 11:09
你好，请问还有原帖网页吗，求一个

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