计算化学公社

标题: VMD绘图怎么将一些设置改成相关命令？ [打印本页]

作者
Author: LIWENHAI 时间: 2022-10-7 13:23
标题: VMD绘图怎么将一些设置改成相关命令？
本帖最后由 LIWENHAI 于 2022-10-7 13:37 编辑

根据”使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)“博文内容进行了绘图学习，

由于铱金属配合物分子较大，想要进行以下设置：
（1）原子的Sphere Scale设置成0.3，
（2）Bond Radiuss设置成0.1，
（3）Select Atom改成not hydrogen.
（4）显示改为:Orthographic

请问老师，以上四个设置应该在VMD命令窗口如何正确编辑？
现在想把以上4个设置变成命令，直接在VMD命令窗口输入。
(, 下载次数 Times of downloads: 27) (, 下载次数 Times of downloads: 24)

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-7 14:15
强烈建议用钟老师的脚本，十分方便且更加灵活。

http://bbs.keinsci.com/thread-18150-1-1.html

你可以在 style 文件夹里找到你喜欢的渲染样式，根据自己的体系任意调整显示效果，然后固定成你自己风格。

作者
Author: LIWENHAI 时间: 2022-10-7 14:24
本帖最后由 LIWENHAI 于 2022-10-7 14:34 编辑

乐平发表于 2022-10-7 14:15
强烈建议用钟老师的脚本，十分方便且更加灵活。

http://bbs.keinsci.com/thread-18150-1-1.html

谢谢，钟老师的脚本很不错，太好看了！（1）但是目前我想要设置不需要显示H原子，应该怎么输入命令？

作者
Author: LIWENHAI 时间: 2022-10-7 14:28
本帖最后由 LIWENHAI 于 2022-10-7 14:34 编辑

乐平发表于 2022-10-7 14:15
强烈建议用钟老师的脚本，十分方便且更加灵活。

http://bbs.keinsci.com/thread-18150-1-1.html

现在想不显示H原子，应该怎么输入命令呢？

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-7 15:37

LIWENHAI 发表于 2022-10-7 14:28
现在想不显示H原子，应该怎么输入命令呢？

在你安装 VMD 的目录下，有个 vmd.rc 文件。它控制了 VMD 所以的默认参数。

用文本工具，例如 Notepad3 打开它。

你可以找到

mol default selection {all}

复制代码

这一行，它代表显示所有原子。

如果你不希望显示所有的 H，那么可以修改为

mol default selection {not name H}

复制代码

保存。

然后重新启动 VMD 就可以了。（如果你的 VMD 安装在 C 盘，需要用管理员身份修改 vmd.rc 文件）

作者
Author: LIWENHAI 时间: 2022-10-7 18:01

乐平发表于 2022-10-7 15:37
在你安装 VMD 的目录下，有个 vmd.rc 文件。它控制了 VMD 所以的默认参数。

用文本工具，例如 Notepad ...

非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-8 19:02
极其简单：file - Log tcl commands to console，在图形界面里操作一遍，把文本窗口里显示的对应命令记录下来就完了

作者
Author: LIWENHAI 时间: 2022-10-8 19:21

sobereva 发表于 2022-10-8 19:02
极其简单：file - Log tcl commands to console，在图形界面里操作一遍，把文本窗口里显示的对应命令记录下 ...

谢谢卢老师，搞定了，谢谢您。

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