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标题: 求助在模拟过程中发生键断裂的问题 [打印本页]

作者
Author: sxj886 时间: 2022-10-8 10:23
标题: 求助在模拟过程中发生键断裂的问题
求助各位老师，近日模拟H4B4O9、K+、water的体系时，只跑了em和eq，所用力场为amber99sb-ildn.ff，H4B4O9是自建力场。发现跑完em之后存在“断键”的情况，反复调整H4B4O9的sigma和epsilon这两个参数，发现仍存在不同程度断键的情况。下面是跑完eq断键情况的截图。后面附有mix.gro(packmol建模后的盒子)em.mdp、eq.mdp、em.gro、eq.gro.
想请教各位老师，出现这种情况是在跑模拟过程中，经过一定的相互作用而断键了吗？还是因为vmd某些参数的设定导致键没有显示而呈现出一种断键的情况？该用什么方法解决这个问题呢？需要进行哪些参数的调整呢？为此对sigma和epsilon参数调整已经快一周仍无果，对这个问题非常苦恼。恳请各位老师指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-8 19:31
那不叫断键，而叫VMD没显示出键
从距离就知道，明显B-O还是成键的距离范畴，你让VMD把键显示出来就完了，参看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）
由于力场参数的平衡距离原因，以及实际模拟时键伸缩运动的原因，有的结构下成键的原子间距离超过VMD判断阈值是司空见惯的事请。

作者
Author: sxj886 时间: 2022-10-8 21:43

sobereva 发表于 2022-10-8 19:31
那不叫断键，而叫VMD没显示出键
从距离就知道，明显B-O还是成键的距离范畴，你让VMD把键显示出来就完了， ...

好的，谢谢sob老师，之前我看过您这篇帖子，但是我不确定是不是这个情况，所以来确认下，谢谢老师！

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