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标题: 求助：构建蛋白质在水和DMSO混合体系的模拟 [打印本页]

作者
Author: peng 时间: 2022-10-8 19:37
标题: 求助：构建蛋白质在水和DMSO混合体系的模拟
各位老师，我想研究蛋白质在水和DMSO混合体系中的相互作用，目前前期打算先按照一篇已有文献重复，原文写的是“DMSO 参数是使用一般 AMBER 力场获得的。DMSO 溶剂缺失的部分电荷通过与静电势 (RESP) 的受限单构象体拟合来估计。电位是从 HF/6-31G(d)//B3LYP/6-31G(d) 量子力学计算中获得的。” 我对量化不是很了解，请问我可以直接用virtualchemistry.org 网站里的DMSO的top文件吗，可以直接把它放到力场包里吗？这样模拟是否会有问题呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-8 20:17
DMSO应当用GAFF而非AMBER力场，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2里关于AMBER和GAFF关系的说明
如今强烈不建议用HF/6-31G*级别计算RESP电荷，怎么做最好，看
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

用sobtop产生DMSO的GAFF力场的itp文件容易至极，看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的教程，特别是 “产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件：参数完全基于GAFF的” 那个

作者
Author: peng 时间: 2022-10-8 20:24

sobereva 发表于 2022-10-8 20:17
DMSO应当用GAFF而非AMBER力场，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2里关于AMBER和GAFF关系的说明
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谢谢老师

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