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标题: 求助：用sobtop产生相应的itp文件，里面的参数填写到frcmod文件中，最终top文件出错 [打印本页]

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Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-8 22:22
标题: 求助：用sobtop产生相应的itp文件，里面的参数填写到frcmod文件中，最终top文件出错
我现在生成配体的frcmod文件缺少了一些参数，然后用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生了相应的参数，将itp文件中挪到frcmod文件中，最终出现通过建模生成的top文件说是错误的，在参数填写我有一些问题想请教一下，关于frcmod文件中的参数解释，我是有参考http://ambermd.org/FileFormats.php，但是还是有一些疑惑，求指导！1、像BOND、ANGLE、DIHEDRAL参数，是直接将itp文件中的参数挪到frcmod文件中吗，不需要做出相应的修改吗，因为有些数值是乘了几次方，大的离谱，这样有关系吗
2、例如frcmod文件中的angle参数C-C-C-H，但是在itp文件中参数C-C-C-H有好几个，该取哪一个呢

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-9 01:02
直接填肯定是不行的，AMBER和GROMACS的默认单位不一样。
frcmod一般是不完整的，因为frcmod只是对力场的补充，在使用frcmod时也要加载力场。
同样四种原子有不同的二面角参数时因为原子所处的化学环境不同，每一种不同情况都有不同的参数。

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-9 08:08

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-9 01:02
直接填肯定是不行的，AMBER和GROMACS的默认单位不一样。
frcmod一般是不完整的，因为frcmod只是对力场的补 ...

谢谢您！那您可以再指导我一下，我应该参考什么，朝哪个方向处理，直接将单位换算一下吗，我不知道frcmod里面缺少的参数，该对应于itp文件中的那种情况下的参数，

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