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标题: 求助计算阴离子体系基组的选择 [打印本页]

作者
Author: dingniu2 时间: 2022-10-8 23:43
标题: 求助计算阴离子体系基组的选择
请问大家，对于50个原子左右的阴离子体系（包括1~3个Pt原子，其余原子是H、B、C、N、O、F、S、Cl等非金属元素的一种或几种），计算方法采用PBE0或PBE，基组有以下两个选择：
（1）.几何优化对非金属元素用6-31+G(d,p)、对Pt用ma-def2-svp，单点用ma-def2-TZVP；（2）.几何优化对非金属元素用6-311G(d,p)、对Pt用SDD，单点用ma-def2-TZVP。

请问大家几个问题：
1.当前体系用（1）和（2）哪个更好？我的体系用（1）是否能算的动？
2.用（2）是否计算速度上会快过（1），当前体系用（2）精确度是否可被接受？
3.大家会选择（1）还是（2）？还有其它更好的基组方式可供选择吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-8 23:55
负电荷主要在非金属上还是金属上？

作者
Author: dingniu2 时间: 2022-10-9 08:37

wzkchem5 发表于 2022-10-8 23:55
负电荷主要在非金属上还是金属上？

感谢解答！负电荷主要在哪类原子上是计算后得到的mulliken原子电荷分布吗？看负电荷在哪的几何优化和单点所用基组要加弥散吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-9 15:52

dingniu2 发表于 2022-10-9 01:37
感谢解答！负电荷主要在哪类原子上是计算后得到的mulliken原子电荷分布吗？看负电荷在哪的几何优化和单点 ...

要靠化学常识判断。如果靠化学常识无法判断，那么加上弥散做计算再看，但是不能用Mulliken布居，参见doi: 10.3866/PKU.WHXB2012281

作者
Author: savorw 时间: 2022-10-9 16:48
应该先根据结构式中金属的价态和结构使用化学常识判断负离子在什么位置吧，计算的电荷分析结果不见得和结构式的位置完全一致。算不算得动取决于你的体系和基组。50个原子还不都是重原子，现在的机器应该问题不大吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-9 17:05
当前体系结构图贴一下别人很容易就能告诉你最佳答案。

光靠猜的话，可以用2做优化，最后看看原子电荷（ADCH、NPA、Mulliken等都可以），如果发现有带很显著负电的，若对结果要求较高的话，可以再给带显著负电的那些原子加上弥散进一步优化。

2的速度比1通常明显更快，而且当弥散函数重要性不是很高的情况（没有某些地方有非常显著的负电荷），2的结果明显好于1。

至于是否算得动，完全看机子。有个像样的双路服务器不管1还是2都是小儿科。

作者
Author: dingniu2 时间: 2022-10-9 17:34

sobereva 发表于 2022-10-9 17:05
当前体系结构图贴一下别人很容易就能告诉你最佳答案。

光靠猜的话，可以用2做优化，最后看看原子电荷（A ...

谢谢老师！想做离子团簇的设计，没开始做，还不确定最小点的结构，想先选一个靠谱的计算基组搜索结构。请问老师原子带负电较高的判断标准是什么？比如对于一个-2价离子，某原子带多少负电荷算是明显带负电？-0.5e，-1.0e还是-1.5e？或者说某几个原子所带负电明显高于其它原子，高出-0.5e，-1.0e还是-1.5e？谢谢老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-9 17:51

dingniu2 发表于 2022-10-9 10:34
谢谢老师！想做离子团簇的设计，没开始做，还不确定最小点的结构，想先选一个靠谱的计算基组搜索结构。请 ...

-1肯定是明显带负电了，但是明显带负电和不明显带负电的界限没有公认标准，所以比如说-0.5算不算我觉得不同人答案会有区别。再者这个判断标准也和你要求的精度有关，你要求误差3kcal/mol和要求误差1kcal/mol，加弥散函数的电荷阈值显然也会有很大区别。
如果拿不准，就挑一个代表性的反应，加弥散、不加弥散都算一下，如果两者差别小于你可以接受的误差范围，就是不用加弥散，否则就是需要加弥散。

作者
Author: dingniu2 时间: 2022-10-11 09:17

wzkchem5 发表于 2022-10-9 17:51
-1肯定是明显带负电了，但是明显带负电和不明显带负电的界限没有公认标准，所以比如说-0.5算不算我觉得不 ...

感谢解答，我想带2个单位负电荷的50个原子阴离子体系中，没有任何原子所带电荷超过-0.5e，如果精度要求不太苛刻的话应该算是体系中没有带明显负电的区域，2e负电荷电被50个分散成了小负电荷，这样理解可以吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-11 15:04

dingniu2 发表于 2022-10-11 02:17
感谢解答，我想带2个单位负电荷的50个原子阴离子体系中，没有任何原子所带电荷超过-0.5e，如果精度要求不 ...

我觉得问题不大。不过只是个人感觉，假如要我拿文献证据也拿不出来

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