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标题: 求助:如何给Alphafold预测出的蛋白质结构中添加辅因子? [打印本页]

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malenlas    时间: 2022-10-9 14:55
标题: 求助:如何给Alphafold预测出的蛋白质结构中添加辅因子?
我使用alphafold预测了一个蛋白质的结构,但这个蛋白质本身应当有Fe4S4、PLP、SAM这三个辅因子,Fe4S4又有三个原子与蛋白质氨基酸有共价键连接,这些AF2都生成不出来。求问怎么把辅因子重新加进去啊。



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k64_cc    时间: 2022-10-9 16:26
知道它在哪就docking整进去,不知道就没办法
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malenlas    时间: 2022-10-9 19:46
k64_cc 发表于 2022-10-9 16:26
知道它在哪就docking整进去,不知道就没办法

本来应当是有共价键连接的也可以docking进去吗
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k64_cc    时间: 2022-10-10 11:23
malenlas 发表于 2022-10-9 19:46
本来应当是有共价键连接的也可以docking进去吗

共价对接咯,软件也是有的,但是你得提前知道位点。
作者
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sun877469558    时间: 2022-10-27 21:26
像四铁四硫这种,找个同源模板,然后把四铁四硫通过pymol,align到你的AF2预测的结构里




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