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标题: 求助：如何给Alphafold预测出的蛋白质结构中添加辅因子？ [打印本页]

作者
Author: malenlas 时间: 2022-10-9 14:55
标题: 求助：如何给Alphafold预测出的蛋白质结构中添加辅因子？
我使用alphafold预测了一个蛋白质的结构，但这个蛋白质本身应当有Fe4S4、PLP、SAM这三个辅因子，Fe4S4又有三个原子与蛋白质氨基酸有共价键连接，这些AF2都生成不出来。求问怎么把辅因子重新加进去啊。

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-10-9 16:26
知道它在哪就docking整进去，不知道就没办法

作者
Author: malenlas 时间: 2022-10-9 19:46

k64_cc 发表于 2022-10-9 16:26
知道它在哪就docking整进去，不知道就没办法

本来应当是有共价键连接的也可以docking进去吗

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-10-10 11:23

malenlas 发表于 2022-10-9 19:46
本来应当是有共价键连接的也可以docking进去吗

共价对接咯，软件也是有的，但是你得提前知道位点。

作者
Author: sun877469558 时间: 2022-10-27 21:26
像四铁四硫这种，找个同源模板，然后把四铁四硫通过pymol，align到你的AF2预测的结构里

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