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标题: 求助：使用molclus+Gaussian做搜索(H2O)4四聚体构型的实例时，无一收敛 [打印本页]

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Author: wxk123 时间: 2022-10-9 15:41
标题: 求助：使用molclus+Gaussian做搜索(H2O)4四聚体构型的实例时，无一收敛
求助各位老师，我在尝试按sob老师的教程《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html）进行分子团簇构型搜索实例：(H2O)4时，到了molclus+Gaussian 做优化这一步时，遇到了与这个帖子（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... B%B2%BB%CA%D5%C1%B2）里一样的问题，即得到的11个构型都是不收敛的，其中traj.xyz文件也用的是“molclus_G09_M062X_6-31Gx.rar”文件包中的，相关的template与setting.ini以及gau00001.out如下图，请问各位老师出现这个问题是为什么呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 25)

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作者
Author: chands 时间: 2022-10-9 16:46
你有chk文件backup吗？这个gau00001.out里面只有一帧。

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Author: wxk123 时间: 2022-10-9 16:54

chands 发表于 2022-10-9 16:46
你有chk文件backup吗？这个gau00001.out里面只有一帧。

不好意思，我没设置备份chk文件，我设置一下重新跑一下，您稍等

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Author: sobereva 时间: 2022-10-9 17:00
如果你贴的gau00001.out就是最终的完整的文件状态，说明当前机子的g09运行本来就不正常，跟molclus毫无联系

你贴的out文件和你当前的template.gjf内容明显不对应。这种方式提问很容易误导他人、白浪费他人时间。

从out文件看到，你用32核，居然区区只给了%mem=10GB，非常莫名其妙，仔细看此文搞清楚该怎么设内存
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

B3LYP-D3(BJ)就能优化得不错的体系不要用M06-2X，否则又慢，对弱相互作用体系又难收敛又容易出虚频，仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

opt里加tight毫无意义，本来M06-2X优化弱相互作用体系收敛就相对来说费劲，达到tight收敛限更是困难。水四聚体涉及到氢键，明显应该至少用6-31G**（用6-311G**更好）

作者
Author: wxk123 时间: 2022-10-9 21:10

sobereva 发表于 2022-10-9 17:00
如果你贴的gau00001.out就是最终的完整的文件状态，说明当前机子的g09运行本来就不正常，跟molclus毫无联系 ...

感谢两位老师的帮助，但是我按您说的修改之后还是没有收敛

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-9 21:15

wxk123 发表于 2022-10-9 14:10
感谢两位老师的帮助，但是我按您说的修改之后还是没有收敛

上传最新的输出文件

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Author: wxk123 时间: 2022-10-9 21:17
我把相关的文件贴上来（有两个chk文件转换失败了），希望各位老师能帮忙看看，不胜感激！

作者
Author: chands 时间: 2022-10-9 21:29
本帖最后由 chands 于 2022-10-9 21:32 编辑

wxk123 发表于 2022-10-9 21:17
我把相关的文件贴上来（有两个chk文件转换失败了），希望各位老师能帮忙看看，不胜感激！

你用笔记本算的吗？如果是，就不要用
%mem=50GB
%nprocshared=32
Gaussian正常读入，但是每个第一步都没算完，像设置的问题。

作者
Author: wxk123 时间: 2022-10-9 21:57

chands 发表于 2022-10-9 21:29
你用笔记本算的吗？如果是，就不要用
%mem=50GB
%nprocshared=32

老师我是用笔记本连接学校的远程主机在Linux上算的，如果不用您说的这个，那应该用什么呢，实在是小白一枚，还希望老师赐教

作者
Author: chands 时间: 2022-10-9 22:13

wxk123 发表于 2022-10-9 21:57
老师我是用笔记本连接学校的远程主机在Linux上算的，如果不用您说的这个，那应该用什么呢，实在是小白一 ...

你不用Molclus调用，直接写一个gjf文件算(H2O)4看看。
Linux上有报错文件吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-10 15:56

wxk123 发表于 2022-10-9 21:57
老师我是用笔记本连接学校的远程主机在Linux上算的，如果不用您说的这个，那应该用什么呢，实在是小白一 ...

你的所有任务都没算完就自动停掉了，属于此类FAQ

Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？
A：有以下可能原因
1 巧合。尝试重算，或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试，对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算，并找管理员告状

作者
Author: for_you 时间: 2023-1-3 16:56

wxk123 发表于 2022-10-9 21:57
老师我是用笔记本连接学校的远程主机在Linux上算的，如果不用您说的这个，那应该用什么呢，实在是小白一 ...

请问怎样把molclus连接到远程的主机上在Linux上运行呢？

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