计算化学公社

标题: 基于惯性张量旋转分子旋转后没有与笛卡尔轴平行 [打印本页]

作者
Author: pal 时间: 2022-10-9 16:48
标题: 基于惯性张量旋转分子旋转后没有与笛卡尔轴平行
本帖最后由 pal 于 2022-10-11 09:33 编辑

根据使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)计算分子长宽高的原理摆正分子，先计算得到了分子的惯性张量，然后根据I1=Q'I2Q得到旋转矩阵Q，其中I1是惯性张量的对角化矩阵，I2为惯性张量，最后用Q'处理分子坐标得到旋转后的分子坐标，但是得到旋转后的分子没有摆正，请问是哪里出了问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-9 16:51
如果博文里介绍的Multiwfn的相应功能能正常将此体系摆正，去看Multiwfn的相关部分的源代码（otherfunc.f90里的subroutine calcmolsize）

作者
Author: pal 时间: 2022-10-10 09:55

sobereva 发表于 2022-10-9 16:51
如果博文里介绍的Multiwfn的相应功能能正常将此体系摆正，去看Multiwfn的相关部分的源代码（otherfunc.f90 ...

谢谢社长，在长度方向上可以摆正了，但是用这个算法在处理长方体这类体系的时候侧面是不能摆正的所以得到的高和宽会有一定的误差，这类问题有什么解决方法么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-10 16:47

pal 发表于 2022-10-10 09:55
谢谢社长，在长度方向上可以摆正了，但是用这个算法在处理长方体这类体系的时候侧面是不能摆正的所以得到 ...

上传一个结构文件作为例子

作者
Author: pal 时间: 2022-10-11 09:35

sobereva 发表于 2022-10-10 16:47
上传一个结构文件作为例子

已上传结构文件，图是用Multiwfn摆正之后的图像，面没有对齐所以得到的宽和高会有一定的误差

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-12 00:56

pal 发表于 2022-10-11 09:35
已上传结构文件，图是用Multiwfn摆正之后的图像，面没有对齐所以得到的宽和高会有一定的误差

先用size功能，然后导出pdb文件。载入这个pdb文件，再用下文的功能，令1,37两个原子平行于X轴，就得到下图的结构
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

(, 下载次数 Times of downloads: 20)

根据此结构Z最大、最小原子的坐标位置，加上两倍的原子半径就是Z方向的尺寸

作者
Author: pal 时间: 2022-10-12 09:39

sobereva 发表于 2022-10-12 00:56
先用size功能，然后导出pdb文件。载入这个pdb文件，再用下文的功能，令1,37两个原子平行于X轴，就得到下 ...

这样相当于是已知结构之后再进行调整，是否可以在未知结构的情况下自动实现，比如说旋转xz的盒子使面积最小，或者将y方向的长度缩短使z方向或者x方向变为长轴然后再做一次惯性张量摆正

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Author: sobereva 时间: 2022-10-12 12:32

pal 发表于 2022-10-12 09:39
这样相当于是已知结构之后再进行调整，是否可以在未知结构的情况下自动实现，比如说旋转xz的盒子使面积最 ...

每个人的要求不同，没法“自动”
诸如你1L所展示的，本来就是已经自动的按照主轴方式摆正的

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