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标题: 利用gromacs+plumed使用gpu+mpi并行14个温度下的模拟并有交换时，gpu的效率很低。 [打印本页]

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Author: 3157917898 时间: 2022-10-9 18:50
标题: 利用gromacs+plumed使用gpu+mpi并行14个温度下的模拟并有交换时，gpu的效率很低。
使用的是学校的A100的gpu，提交任务的脚本如下：    #!/bin/bash -l    #PBS -l nodes=1:ppn=14:gpus=4
   #PBS -l walltime=120:00:00
   #PBS -j oe
   #PBS -N mpi
   #PBS -q gpu_a100

source /public/home/aa/ab/.bashrc
source /public/home/aa/ab/sof/gmx2018.8/bin/GMXRC
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun  -np 14  gmx_mpi mdrun -ntomp 14 -s pro.tpr  -multidir DNA1 DNA2 DNA3 DNA4 DNA5 DNA6 DNA7 DNA8 DNA9 DNA10 DNA11 DNA12 DNA13 DNA14 -plumed plumed.dat -replex 1000 -cpi s tate.cpt
然后提交任务后显示了warning出现了14个WARNING: On rank 0: oversubscribing the available 48 logical CPU cores per node with 196 threads.       This will cause considerable performance loss.，
，并且gpu的利用率非常低。
因为刚接触这个并行很短时间，想问一下老师有什么解决方法。

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