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标题: 过渡态计算中加stable=opt导致NtrErr报错，为什么 [打印本页]

作者
Author: chuan437 时间: 2022-10-10 02:26
标题: 过渡态计算中加stable=opt导致NtrErr报错，为什么
本帖最后由 chuan437 于 2022-10-11 12:12 编辑

过渡态搜索任务，反应出现了两个自由基，为了描述自旋极化，因此加了 guess=mix stable=opt
但经过测试发现 stable=opt 会导致出现 Error termination in NtrErr，单独guess=mix可以运行。
请问这里的原因是什么。谢谢。
ONIOM data not found on unit 2.为什么结果中出现这句，感觉和我的计算毫无关系啊。
还有一个问题，没加stable=opt得到的过渡态优化路径如下图，为什么过程中有明显的能量升高阶段（我之前看过的大部分结果都是一个能量显著下降过程），请问这样的结果能用吗？

----------------------------------------------------------------------------------------
最后总结：对于以上的问题1：Error termination in NtrErr原因？
请参考6楼回答：先算单点，检查波函数稳定性，然后读取稳定波函数做结构优化/找过渡态。没有“在opt过程中保证每一个结构的波函数均稳定”的关键词，也没法用一行关键词搞定；即使有，其耗时甚巨，大多数人无法承受。保险起见，结构优化/找过渡态完，还可对最后一帧结构再检测一次波函数稳定性。
另外，用guess=mix stable=opt时最好加上nosymm。

对于问题2：过渡态优化路径为什么出现能力升高？
请参考2楼回答：能量升高是正常的。如果你的初始结构在垂直于反应坐标的方向上优化得很好，但在反应坐标方向上很差，那么过渡态能量比你初始结构能量高，优化时能量自然会升高。之所以你以前没怎么见过，是因为垂直于反应坐标的自由度数（3N-7，N为原子数）远多于反应坐标的自由度数（1），所以如果是随手画的一个结构，那么垂直于反应坐标的方向上的总误差几乎一定大于反应坐标的方向上的总误差，导致初始结构能量高于过渡态能量。

以下为加 stable=opt的报错文件。
******************************************
%chk=./HSO5_TS.chk
%nproc=36
Will use up to 36 processors via shared memory.
%mem=60GB
----------------------------------------------------------------------
# opt=(TS,calcfc,noeigen,maxcyc=200) ub3lyp/6-31g(d) em=gd3bj scrf=(so
lvent=water) guess=mix stable=opt
----------------------------------------------------------------------
99/5=3/99;
Restoring state from the checkpoint file "./HSO5_TS.chk".
ONIOM data not found on unit 2.
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -997 Len=       20 IPos=          0 Q=  140731425877552

dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 13 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = F LstWrd =    659456 FType=2 FMxFil=10000

Number             0          0          0          0          0          598
Base          43008       142336       41984       40960       250368       146944
End          65024       146944       42496       41472       659456       146947
End1          65024       146944       42496       41472       659456       147456
Wr Pntr       43520       142336       41984       41160       250880       146944
Rd Pntr       43520       142336       42130       41160       250880       146944
Length       22016       4608          512          512       409088          3
Int.Num          1          2          3          4          5          6

Number          988          991          992          994          995          996
Base          65024       135680       135168       40448       42496       41472
End          135028       142242       135178       40478       42516       41672
End1          135168       142336       135680       40960       43008       41984
Wr Pntr       65024       135680       135168       40448       42496       41472
Rd Pntr       135028       142242       135178       40478       42516       41672
Length       70004       6562          10          30          20          200
Int.Num          7          8          9          10          11          12

Number          999
Base          147456
End          249960
End1          250368
Wr Pntr       147456
Rd Pntr       149960
Length       102504
Int.Num          13

dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    1 SizExt =       0 WInBlk = 131072
               defal = F LstWrd =    262144 FType=2 FMxFil=10000

Number             0
Base          131072
End          262144
End1          262144
Wr Pntr       131072
Rd Pntr       131072
Length       131072
Int.Num          1

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =    1 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = F LstWrd =    65536 FType=2 FMxFil=10000

Number             0
Base          40448
End          65536
End1          65536
Wr Pntr       40448
Rd Pntr       40448
Length       25088
Int.Num          1
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -997 Len=       20 IPos=          0 Q=  140731425877552
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-10 04:27
能量升高是正常的。如果你的初始结构在垂直于反应坐标的方向上优化得很好，但在反应坐标方向上很差，那么过渡态能量比你初始结构能量高，优化时能量自然会升高。之所以你以前没怎么见过，是因为垂直于反应坐标的自由度数（3N-7，N为原子数）远多于反应坐标的自由度数（1），所以如果是随手画的一个结构，那么垂直于反应坐标的方向上的总误差几乎一定大于反应坐标的方向上的总误差，导致初始结构能量高于过渡态能量。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2022-10-10 08:53
stable=opt单点生成一个正确发生自旋极化的波函数。然后在opt的时候读取该波函数作为初猜优化，opt时不加stable=opt

作者
Author: chuan437 时间: 2022-10-10 09:26

wzkchem5 发表于 2022-10-10 04:27
能量升高是正常的。如果你的初始结构在垂直于反应坐标的方向上优化得很好，但在反应坐标方向上很差，那么过 ...

好的，非常感谢你解答了我的疑惑。

作者
Author: chuan437 时间: 2022-10-10 09:27

liyuanhe211 发表于 2022-10-10 08:53
stable=opt单点生成一个正确发生自旋极化的波函数。然后在opt的时候读取该波函数作为初猜优化，opt时不加st ...

谢谢，但是我还想知道在opt时如何控制波函数的稳定性

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-10-10 09:45

chuan437 发表于 2022-10-10 09:27
谢谢，但是我还想知道在opt时如何控制波函数的稳定性

先算单点，检查波函数稳定性，然后读取稳定波函数做结构优化/找过渡态。没有“在opt过程中保证每一个结构的波函数均稳定”的关键词，也没法用一行关键词搞定；即使有，其耗时甚巨，大多数人无法承受。保险起见，结构优化/找过渡态完，还可对最后一帧结构再检测一次波函数稳定性。
另外，用guess=mix stable=opt时最好加上nosymm。

作者
Author: chuan437 时间: 2022-10-10 10:09

zjxitcc 发表于 2022-10-10 09:45
先算单点，检查波函数稳定性，然后读取稳定波函数做结构优化/找过渡态。没有“在opt过程中保证每一个结构 ...

收到

非常清楚

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2022-10-10 11:49
你如果真的想在自旋极化单重态的几何优化中加隐式溶剂模型的话，有点复杂。

建议第一步先用“guess=(fragment=2)”，不加溶剂模型。第二步用“guess=read”，加上溶剂模型。第三步用“guess=read”，加上溶剂模型，加上几何优化的关键词。几何优化完成后是第四步，用“guess=read”，加上溶剂模型，加上“stable=opt”。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-10-10 16:22

Daniel_Arndt 发表于 2022-10-10 11:49
你如果真的想在自旋极化单重态的几何优化中加隐式溶剂模型的话，有点复杂。

建议第一步先用“guess=(fra ...

第二步就应该加上stable=opt

作者
Author: fatpig 时间: 2022-10-10 19:15
没人回答第一个问题？
这明显是没读到chk里的结构...

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-10-10 19:32

fatpig 发表于 2022-10-10 19:15
没人回答第一个问题？
这明显是没读到chk里的结构...

第一个问题就是由三楼提到的原因导致的（opt和stable=opt不能同时做），虽然看起来不像。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2022-10-11 00:15

hebrewsnabla 发表于 2022-10-10 16:22
第二步就应该加上stable=opt

稳妥一点确实该这样。我个人为了省时间，都是最后才stable=opt的。

我个人经验是稍微大一点的分子，用guess=mix时容易出现输出文件中的自旋布居看起来对称破缺，但实际上波函数不稳定的情况。而用guess=(fragment=2)的时候，很少出现类似情形。如果第一步用的是guess=mix的话，第二步确实应该加stable=opt。

作者
Author: chuan437 时间: 2022-10-11 12:05

hebrewsnabla 发表于 2022-10-10 19:32
第一个问题就是由三楼提到的原因导致的（opt和stable=opt不能同时做），虽然看起来不像。

是的，opt和stable=opt不能同时出现

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-10-11 14:00

Daniel_Arndt 发表于 2022-10-11 00:15
稳妥一点确实该这样。我个人为了省时间，都是最后才stable=opt的。

我个人经验是稍微大一点的分子，用 ...

嗯，确实。guess=mix出现这种情况实际上是由于高斯只能mix HOMO和LUMO，但是有时最低的解需要mix HOMO-1和LUMO，或者初猜的HOMO本身不靠谱；guess=fragment其实也可能不稳定的，但通常出现在片段对称性比较高的时候（比如只有一个原子），大一点的分子通常不会。

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