计算化学公社

标题: linux登陆不了或登陆后输命令没反应 [打印本页]

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Author: drizzt 时间: 2022-10-10 09:46
标题: linux登陆不了或登陆后输命令没反应
不知道怎么回事这段时间总是前一天提交任务，第二天过来登陆不进去，或者登陆进去输命令卡住不动，最后只能重启。但重启后又正常了。有谁遇到过这种情况吗？[url=]图片 Image[/url]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-10 14:23
top看看当前任务运行状态，并且注意是跑着任务的时候登录进去时有这种问题，还是没任务在跑的时候也有这种问题。前者的话有可能是资源都被任务占了导致响应过慢

作者
Author: drizzt 时间: 2022-10-10 15:55

sobereva 发表于 2022-10-10 14:23
top看看当前任务运行状态，并且注意是跑着任务的时候登录进去时有这种问题，还是没任务在跑的时候也有这种 ...

Top的时候看到任务还在，但是cd命令都用不了，文件夹也只能打开一部分。我挂了几个网站也网页打不开，不知道是不是PBS的问题。可能是任务占用，但我52核只用了5个8核任务，%CPU都是1600，正常时候也是这个值

作者
Author: abin 时间: 2022-10-10 20:48

drizzt 发表于 2022-10-10 15:55
Top的时候看到任务还在，但是cd命令都用不了，文件夹也只能打开一部分。我挂了几个网站也网页打不开，不 ...

看你的描述，应该是你的pbs 配置错误，
或者使用错误，
导致机器过载。

过载之后，当然效率奇差，相应贼慢。

简单说，top，看右上角的数。
如果52核心，负载数据在110属于正常，
或者56左右，如果没有开超线程的话。

超过此数据，就是明显过载。

如果五个任务，每一个都是1600%，
也就是开了5个16核心计算，
那么机器负载可能是80~90，是过载状态。

你的机器，可能是52个物理核心？

也许你是超线程受害者？

我坚信，是调度器使用错误或者配置错误。

作者
Author: drizzt 时间: 2022-10-11 08:40

abin 发表于 2022-10-10 20:48
看你的描述，应该是你的pbs 配置错误，
或者使用错误，
导致机器过载。

有点懂了. 我gjf配置里写的16核，通过pbs配置#PBS -l nodes=1:ppn=8 来设置，我一直以为通过ppn=8或16 pbs会自动选择核数。这样说来就是gjf配置优先吧，那ppn配置有啥用呢？

作者
Author: drizzt 时间: 2022-10-11 08:50
就是qstat -a 里面TSK是8，我以为就是8核工作，看top的意思还是16核的

作者
Author: abin 时间: 2022-10-11 10:25
如果你正确使用调度器，
那么申请了八个核心，
是不可能超过申请额度的。

搞不定pbs的话，
换用slurm 吧……

作者
Author: drizzt 时间: 2022-10-11 11:15

abin 发表于 2022-10-11 10:25
如果你正确使用调度器，
那么申请了八个核心，
是不可能超过申请额度的。

嗯，谢谢，知道原因就好了，换slurm麻烦，我直接改gjf文件了

作者
Author: abin 时间: 2022-10-11 11:32
本帖最后由 abin 于 2022-10-11 11:37 编辑

drizzt 发表于 2022-10-11 11:15
嗯，谢谢，知道原因就好了，换slurm麻烦，我直接改gjf文件了

如有开启超线程, 那么关闭.

比如我,
在机器上定义了高斯的脚本,
判定机器名和处理器, 直接改掉作业中的核心和内存设定.

以免被某些莫名其妙的操作, 祸害了其他的计算任务.

仅供参考.

补充一下,
我见过一个机器,
64个核心,
学生说, 机器卡爆了, 然后找我解决.
我看了下, load average, 1700多.....

机器没死, 真厉害呀.

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