计算化学公社

标题: 求助gromacs模拟药剂在云母表面吸附的问题 [打印本页]

作者
Author: x^x 时间: 2022-10-10 10:35
标题: 求助gromacs模拟药剂在云母表面吸附的问题
想要借助gromacs模拟药剂在云母表面吸附，现能通过MS将云母层-药剂+水混合层-云母层通过MS建模，但是不清楚如何将模型放入gromacs跑动力学，如何产生力场文件，期待并感谢各位老师予以指导。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-10 14:15
云母部分的拓扑文件可以考虑用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生，看里面二氧化硅的例子，用的参数看相关文献，INTERFACE力场大抵可以描述。药剂如果是有机小分子，就用sobtop产生基于GAFF的拓扑文件。

作者
Author: x^x 时间: 2022-10-10 15:52

sobereva 发表于 2022-10-10 14:15
云母部分的拓扑文件可以考虑用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生，看里面二氧化硅的例子，用 ...

好的，感谢老师解答，我试一下。

作者
Author: 1015866003 时间: 2023-3-1 21:12
您好，我也在做吸附模拟，用的GMX，但是在力场文件、拓扑文件上面有很多疑惑，可以一起交流学习一下吗

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