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标题: 求助：成功构建溶质溶剂盒子，但是在加热最小化的时候，溶质结构变形 [打印本页]

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-10 11:26
标题: 求助：成功构建溶质溶剂盒子，但是在加热最小化的时候，溶质结构变形
本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2022-10-11 10:47 编辑

我现在单单的构建了溶质溶剂盒子，溶剂很整齐的包裹溶质，不知道是自己先将溶剂盒子平衡好再导入还是可以先构建完在一起去加热最小化，还是这两种情况都可以。
我拿第二种情况下的溶质溶剂盒子进行加热最小化时，溶质出现变形，结构错误，并且溶剂离溶质很远，形成一个空洞，不知道是怎么回事

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-10 14:54
空洞应该是周期性边界条件导致，溶质变形可能也与周期性边界条件有关，加了约束还变形不太正常

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-11 10:45
本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2022-10-11 14:05 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-10 14:54
空洞应该是周期性边界条件导致，溶质变形可能也与周期性边界条件有关，加了约束还变形不太正常

老师，我重新检查了前面的步骤，感觉有点问题，最建模得到的pdb与original pdb的电子数变了，而且结构中的原子类型，氯原子变成了碳原子，不知道是哪里出了问题

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