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标题: 求助：通过MCPB.py -i sub.in -s 1生成的三个pdb文件原子类型变了，Cl-也要单独处理吗 [打印本页]

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-10-11 10:46
标题: 求助：通过MCPB.py -i sub.in -s 1生成的三个pdb文件原子类型变了，Cl-也要单独处理吗
本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2022-10-13 16:09 编辑

各位老师，我因为在后面跑平衡的时候出现问题，所以我重新检查了一下我前面的步骤，我发现通过MCPB.py -i sub.in -s 1生成的三个pdb文件（small、large 、standard），Gaussview打开之后，Cl原子变成了C原子，我看了pdb文件，上面编号38就是Cl原子，但是原子类型却改变了，还有金属Fe原子了变成了氟原子F。生成的mk.com文件和opt.com文件用Gaussview打开，结构是正确而，原子没有变，电荷、重态都是正确的。不知道为什么三个pdb文件打开原子种类却变了，这是哪里出错了吗？请各位老师指导！最终生成的TSb2_mcpbpy.pdb，电荷重态还有原子类型都变了

作者
Author: casea 时间: 2022-10-11 13:32
从你提供的pdb文件中，并没有看出CL变成了C。注意1和l的显示差别

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