计算化学公社

标题: 请问大家有使用openmm-setup构建进行动力学的文件吗？ [打印本页]

作者
Author: E-Min 时间: 2022-10-11 14:10
标题: 请问大家有使用openmm-setup构建进行动力学的文件吗？
我在使用加氢后的蛋白复合物晶体结构后，用openmm-setup构建体系，在运行的时候一直报错ValueError: No template found for residue ，有的时候报错的是缺失氢原子，我用pymol加氢后还是报错

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-10-11 18:06
本帖最后由 k64_cc 于 2022-10-11 18:08 编辑

如果体系有ligand的话，你有ligand的力场文件吗，没有肯定跑不了，建议看openmmforcefield项目，或者转向charmm-gui这种有界面的。
如果体系没有ligand，那你是不是试图使用他们提供的charmm的xml力场，而体系里含有二硫键了？他们的xml里没有二硫键的patch，是个bug，建议转向charmm-gui，charmm-gui会帮你准备openmm的输入。

作者
Author: E-Min 时间: 2022-10-12 11:37

k64_cc 发表于 2022-10-11 18:06
如果体系有ligand的话，你有ligand的力场文件吗，没有肯定跑不了，建议看openmmforcefield项目，或者转向ch ...

我的是有配体的，但是是使用的蛋白-配体复合物的pdb结构预处理加氢后，直接导入的PDB结构，然后设置Force Field和Water Model，在openmm-setup去构建

作者
Author: E-Min 时间: 2022-10-12 11:38

k64_cc 发表于 2022-10-11 18:06
如果体系有ligand的话，你有ligand的力场文件吗，没有肯定跑不了，建议看openmmforcefield项目，或者转向ch ...

谢谢答复

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-10-12 17:50

E-Min 发表于 2022-10-12 11:37
我的是有配体的，但是是使用的蛋白-配体复合物的pdb结构预处理加氢后，直接导入的PDB结构，然后设置Force ...

那就结了，openmm自带的力场文件肯定没有配体，它也不至于强大到连配体参数化都帮你做了。上charmm-gui吧。

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