计算化学公社

标题: 为什么gpu跑md没问题不用gpu就有LINCS WARNING [打印本页]

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-10-11 16:43
标题: 为什么gpu跑md没问题不用gpu就有LINCS WARNING
同样的文件，一个用的是1 MPI 4 OpenMP 1GPU 一个是用的1MPI 30 OpenMP没启用gpu

但是没启用gpu的就因为LINCS WARNING大于1000报错停止了

这是什么原因那？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-11 19:14
不好说，模拟本来就有一定的随机性

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-12 02:11
跟是否启用GPU没必然关系
如果当前模拟有内在不稳定性（初始结构差、拓扑文件有问题、步长偏大，等等，参看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8），哪怕都是CPU运行，都有可能1 MPI 4 OpenMP和1MPI 30 OpenMP一个LINCS warning一个没问题

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-10-12 10:02
本帖最后由吧唧爱吃糖于 2022-10-12 10:04 编辑

sobereva 发表于 2022-10-12 02:11
跟是否启用GPU没必然关系
如果当前模拟有内在不稳定性（初始结构差、拓扑文件有问题、步长偏大，等等，参 ...

嗯嗯，谢谢老师，确实，我都用cpu跑1MPI 4 OpenMPI没问题，但是30 OpenMPI就有LINCS WARNING
另外老师我想请教一下，对于几百上千个分子来说，怎么检验他的初始结构是否足够优秀那？我用的packmol建模

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-12 12:38

吧唧爱吃糖发表于 2022-10-12 10:02
嗯嗯，谢谢老师，确实，我都用cpu跑1MPI 4 OpenMPI没问题，但是30 OpenMPI就有LINCS WARNING
另外老师我 ...

看具体体系和问题
至少没有明显不合理接触是总要满足的条件

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-10-13 10:34

sobereva 发表于 2022-10-12 12:38
看具体体系和问题
至少没有明显不合理接触是总要满足的条件

嗷嗷好的，谢谢老师，老师我想问一下gromacs单精度和双精度分别应该在什么情况下使用那？我发现我使用双精度的时候低OpenMPI不报错高OpenMPI报错，但是单精度无论高低都不报错，这是什么原因那？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-13 10:56

吧唧爱吃糖发表于 2022-10-13 10:34
嗷嗷好的，谢谢老师，老师我想问一下gromacs单精度和双精度分别应该在什么情况下使用那？我发现我使用双 ...

跟单、双精度没直接关系

除非做振动分析，或者能量极小化不充分的情况，或者追求更好的短时间内的MD重现性，否则都没必要双精度

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-10-13 14:53
本帖最后由吧唧爱吃糖于 2022-10-13 15:04 编辑

sobereva 发表于 2022-10-13 10:56
跟单、双精度没直接关系

除非做振动分析，或者能量极小化不充分的情况，或者追求更好的短时间内的MD重 ...

学到了，谢谢老师
老师我还想请教一下，log文件中的Core t代表什么含义那？以及后面的百分比（%）代表什么含义那？以及DD step 189999 load imb.: force 0.3%中imb F 0.3%是什么含义那？我应该在哪里能找到log文件中关于输出的解释那？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-13 20:53
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-13 20:58 编辑

吧唧爱吃糖发表于 2022-10-13 14:53
学到了，谢谢老师
老师我还想请教一下，log文件中的Core t代表什么含义那？以及后面的百分比（%）代表什 ...

Core t是cpu内核时间，后面的百分比是与Wall t时间的比值，一般用多少线程并行就是多少。
imb指的是任务分配的imbalance，如果这个数值比较大，就表明任务分配不平衡，有些部分运行较快，需要停下来等运行较慢的部分，这会导致整体效率变低。参考： http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 30812&fromuid=36081
如果你想优化gromacs的运行效率，可以看这个参数，一般情况下不需要知道这些。

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-10-14 14:20

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-13 20:53
Core t是cpu内核时间，后面的百分比是与Wall t时间的比值，一般用多少线程并行就是多少。
imb指的是任务 ...

学到了，感谢大佬

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