计算化学公社

标题: 求助多配体存在相互作用时RESP2电荷计算 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-10-11 21:48
标题: 求助多配体存在相互作用时RESP2电荷计算
   最近在做蛋白配体复合物的模拟，根据PDB初始结构及原文描述，蛋白口袋很大可容纳两个配体，两个配体初始结构的朝向如图所示。
   力场选择打算蛋白AMBER14SB OL15 ，配体GAFF力场。想问下老师，两个配体且存在相互作用时，RESP2电荷计算方法：是两个配体单独计算RESP2电荷填进去；还是两个配体放在一起进行优化，然后算气相液相单点，最后得到电荷。
   我觉得第二种办法好一点，因为计算电荷考虑到了相互作用。社长觉得哪一种好呢，且如果是第二种的话，需不需要固定这两个配体的坐标

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-12 01:53
两个配体单独算
模拟过程中两个配体的相对位置和朝向可能发生显著变化，拿二聚体算原子电荷没法兼容实际复合物动力学中可能出现的这种情况

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-10-12 09:07

sobereva 发表于 2022-10-12 01:53
两个配体单独算
模拟过程中两个配体的相对位置和朝向可能发生显著变化，拿二聚体算原子电荷没法兼容实际复 ...

感谢社长！我试下！

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-10-14 20:35
本帖最后由 uenh1998 于 2022-10-14 20:39 编辑

sobereva 发表于 2022-10-12 01:53
两个配体单独算
模拟过程中两个配体的相对位置和朝向可能发生显著变化，拿二聚体算原子电荷没法兼容实际复 ...

还想请教社长一个问题，计算一个长链配体的RESP2电荷时，在结构优化阶段，配体构象变化很大，如长链变卷曲。实际的情况是，蛋白的口袋狭长，容纳此长链配体后，空间不足以让其发生卷曲之类的大构象变化。我想，如果结构优化阶段不固定配体骨架原子的话，构象会发生大的变化，这样感觉最后计算出来的RESP2电荷是不是不太符合实际的情况。
所以想问下社长，配体结构优化阶段需不需要固定某些原子呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-14 21:24

uenh1998 发表于 2022-10-14 20:35
还想请教社长一个问题，计算一个长链配体的RESP2电荷时，在结构优化阶段，配体构象变化很大， ...

可以适当做一些固定（不一定是原子坐标，可以是冻结某些二面角）以免优化时构象偏离实际结合状态过多

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-10-14 21:26

sobereva 发表于 2022-10-14 21:24
可以适当做一些固定（不一定是原子坐标，可以是冻结某些二面角）以免优化时构象偏离实际结合状态过多

请问社长，固定某些柔性过大的碳骨架可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-14 21:26

uenh1998 发表于 2022-10-14 21:26
请问社长，固定某些柔性过大的碳骨架可以吗

可以

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-10-14 21:27

sobereva 发表于 2022-10-14 21:26
可以

谢谢社长，我调整下

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-12-18 15:31

uenh1998 发表于 2022-10-14 21:27
谢谢社长，我调整下

您好，我想问下，你在计算配体的resp(2)电荷时，配体的溶液环境是什么环境，我看你做的是蛋白和配体的动力学，那配体的溶剂环境是水吗？

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-12-21 16:37

ngaoo 发表于 2023-12-18 15:31
您好，我想问下，你在计算配体的resp(2)电荷时，配体的溶液环境是什么环境，我看你做的是蛋白和配体的动 ...

是的

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