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标题: 求助，如何在VMD建模中加一层金板 [打印本页]

作者
Author: qingqingdong 时间: 2022-10-12 10:52
标题: 求助，如何在VMD建模中加一层金板
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近日在研究金吸附蛋白质的分子动力学模拟，请问如何在VMD中建一层或多层金板

作者
Author: 牧生 时间: 2022-10-12 10:56
VMD的建模工具，建立一个金板，存为pdb格式，然后用packmol将金板，蛋白，水，离子等一起放入盒子中。

作者
Author: qingqingdong 时间: 2022-10-12 12:04
本帖最后由 qingqingdong 于 2022-10-12 12:06 编辑

牧生发表于 2022-10-12 10:56
VMD的建模工具，建立一个金板，存为pdb格式，然后用packmol将金板，蛋白，水，离子等一起放入盒子中。

感谢回复，请问能详细一点嘛，我只知道可以在这里加金D:\工作\MD\vitamin

作者
Author: 牧生 时间: 2022-10-12 13:06

qingqingdong 发表于 2022-10-12 12:04
感谢回复，请问能详细一点嘛，我只知道可以在这里加金

不要出现中文名的路径

金板就是在这里建立的

作者
Author: qingqingdong 时间: 2022-10-12 15:04
本帖最后由 qingqingdong 于 2022-10-12 15:05 编辑

牧生发表于 2022-10-12 13:06
不要出现中文名的路径

金板就是在这里建立的

嗯嗯，路径那个我明白，但是我感觉我做的还是不太对，不像个金板，能麻烦再指点一下嘛

作者
Author: qingqingdong 时间: 2022-10-12 15:08

qingqingdong 发表于 2022-10-12 15:04
嗯嗯，路径那个我明白，但是我感觉我做的还是不太对，不像个金板，能麻烦再指点一下嘛

另，把蛋白质与金板组合起来放在一个盒子里用VMD里的Merge Structures不可以吗，先组在一起再加水盒子

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