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标题: ONIOM固定整个片段时遇到问题 [打印本页]

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-15 16:39
标题: ONIOM固定整个片段时遇到问题
Gaussian 09中指出，固定原子时，
-1,  all atoms will be frozen;
ang other negative value, the atom is treated as part of a rigid fragment during the optimization.
我的问题是，如果在ONIOM中，我想把用QM处理的分子作为整体优化，其他MM处理的环境分子自由优化，该如何设定呢？
我把QM处理的分子坐标前的值改为-2，可结果出现101错误“only 1 rigid fragment with regular optimizer”,请问这个是什么意思？谢谢

部分输入文件如下：

# opt oniom (b3lyp/6-31+g(d):uff=qeq)=embed geom=connectivity
0 1 0 1 0 1
C-C_3          0 -0.93740000 0.11230000 2.34660000 L
C-C_3          0 -0.17250000 0.97290000 1.59360000 L
C-C_3          0 0.20720000 0.62660000 0.26480000 L

......

H-H_          0 10.97540000 8.56980000 3.19080000 L
C-C_3          -2 8.21660000 9.02180000 4.79020000 H
C-C_3          -2 7.45170000 9.88250000 5.54310000 H
C-C_3          -2 7.07200000 9.53620000 6.87190000 H
C-C_3          -2 6.28580000 10.40690000 7.67620000 H
C-C_3          -2 8.63050000 7.77740000 5.32040000 H
H-H_          -2 8.46580000 9.24930000 3.94590000 H
H-H_          -2 7.15250000 10.73130000 5.19120000 H
H-H_          -2 6.01080000 11.21590000 7.31730000 H
H-H_          -2 9.14710000 7.17750000 4.78940000 H
C-C_3          -2 7.48650000 8.28290000 7.40150000 H
C-C_3          -2 5.92790000 10.04170000 8.95300000 H
C-C_3          -2 8.27270000 7.41220000 6.59720000 H
C-C_3          -2 7.10670000 7.93660000 8.73030000 H
C-C_3          -2 6.34190000 8.79730000 9.48330000 H
H-H_          -2 5.41140000 10.64160000 9.48400000 H
H-H_          -2 8.54760000 6.60320000 6.95620000 H
H-H_          -2 7.40600000 7.08780000 9.08220000 H
H-H_          -2 6.09260000 8.56980000 10.32750000 H
C-C_3          0 3.33380000 9.02180000 11.92690000 L
C-C_3          0 2.56900000 9.88250000 12.67980000 L
C-C_3          0 2.18920000 9.53620000 14.00870000 L

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-15 19:26
你的描述比较奇怪
没有什么“整体优化”和“自由优化”之分
如果你让优化时候QM区域作为刚性片段，就只让程序优化MM部分就完了，此时把high层原子后面都设-1。

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-15 21:50

sobereva 发表于 2016-5-15 19:26
你的描述比较奇怪
没有什么“整体优化”和“自由优化”之分
如果你让优化时候QM区域作为刚性片段，就只让 ...

嗯，我是想让QM区域作为刚性片段，只优化MM部分，但如果给H层原子设为-1时，就会出现101错误“all variables have been frozen”, 那想实现上面的优化该如何呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-15 23:53

lp2014 发表于 2016-5-15 21:50
嗯，我是想让QM区域作为刚性片段，只优化MM部分，但如果给H层原子设为-1时，就会出现101错误“all variab ...

H原子设-1，L原子设0，应该不会有这种提示

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-16 09:02

sobereva 发表于 2016-5-15 23:53
H原子设-1，L原子设0，应该不会有这种提示

我的计算过程确实出现了这样的问题，附件是输入文件及结果文件，请帮我看下是哪里设置出错了吗？谢谢 (, 下载次数 Times of downloads: 23) (, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-16 11:25

lp2014 发表于 2016-5-16 09:02
我的计算过程确实出现了这样的问题，附件是输入文件及结果文件，请帮我看下是哪里设置出错了吗？谢谢

去掉modredundant

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-16 17:08

sobereva 发表于 2016-5-16 11:25
去掉modredundant

去掉还是出现相同的错误，老师

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-16 17:31

lp2014 发表于 2016-5-16 17:08
去掉还是出现相同的错误，老师

把去掉后的输入输出文件传上来

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-16 19:26

sobereva 发表于 2016-5-16 17:31
把去掉后的输入输出文件传上来

去掉opt=modredundant的结果文件 (, 下载次数 Times of downloads: 12)

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-16 21:17
看了你的片段设定，这种情况优化，用ONIOM已经没有任何意义，直接全用UFF优化，只冻中间那个分子就完了。
要不然优化model部分时，而这部分原子又都用-1冻了，程序没法进行。

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-18 09:16

sobereva 发表于 2016-5-16 21:17
看了你的片段设定，这种情况优化，用ONIOM已经没有任何意义，直接全用UFF优化，只冻中间那个分子就完了。
...

嗯，谢谢，其实我之所以这样固定是因为在帖子“用oniom计算重组能（考虑外重组能）的情况”中对绿色画线部分“the coordinates of che charged molecule are kept frozen to evaluate only the external component of the reorganization energy”的理解，因为需要与其他计算的能量值差减，所以如果不用ONIOM方法的话，用uff计算的能量值不在一个量级（参考点）上，有时间的话可以帮我看下“用oniom计算重组能（考虑外重组能）的情况”中的问题吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 10:52

lp2014 发表于 2016-5-18 09:16
嗯，谢谢，其实我之所以这样固定是因为在帖子“用oniom计算重组能（考虑外重组能）的情况”中对绿色画线 ...

不用管ONIOM。这一步你就用UFF优化整体，其中中心的那个分子用-1冻住，看优化前后体系总能量变了多少就完了。

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