计算化学公社

标题: 请问构建初猜和IRC计算得到的反应物和产物的结构相同吗？ [打印本页]

作者
Author: 林守龙 时间: 2022-10-12 17:27
标题: 请问构建初猜和IRC计算得到的反应物和产物的结构相同吗？
请问，我用以下这两种方式寻找反应物和产物的最低能量结构：（1）构建反应物和产物初猜，进行几何优化和扫描，得到的反应物和产物的能量最低结构；
（2）进行IRC计算得到两端结构，进行几何优化和扫描，得到的反应物和产物的能量最低结构。
请问：第一种方式是可行的吗？或者说是否与第二种方法得到的最低能量结构一致？

作者
Author: chands 时间: 2022-10-12 18:40
推荐（2）。因为有些反应有pre-reactive complex和post-reactive complex，就是反应物要先形成一个复合物再反应，这时（1）很难猜出这个复合物。

作者
Author: 林守龙 时间: 2022-10-12 18:51

chands 发表于 2022-10-12 18:40
推荐（2）。因为有些反应有pre-reactive complex和post-reactive complex，就是反应物要先形成一个复合物再 ...

请问，我需要得到单分子结构，不需要复合物，这时候方法1可以吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-12 19:05

林守龙发表于 2022-10-12 11:51
请问，我需要得到单分子结构，不需要复合物，这时候方法1可以吗

可以，但是建议不要随便画初猜结构，而是通过构象搜索找到最稳定构象

作者
Author: 林守龙 时间: 2022-10-12 19:18

wzkchem5 发表于 2022-10-12 19:05
可以，但是建议不要随便画初猜结构，而是通过构象搜索找到最稳定构象

您好，如果我对初猜结构进行了几何优化和二面角扫描，得到了能量最低结构，这样可以吗？

作者
Author: chands 时间: 2022-10-12 19:57

林守龙发表于 2022-10-12 18:51
请问，我需要得到单分子结构，不需要复合物，这时候方法1可以吗

可以的。

作者
Author: 林守龙 时间: 2022-10-12 20:01

chands 发表于 2022-10-12 19:57
可以的。

好的谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-12 21:21

林守龙发表于 2022-10-12 12:18
您好，如果我对初猜结构进行了几何优化和二面角扫描，得到了能量最低结构，这样可以吗？

可以，但如果分子的二面角很多的话，二面角扫描不如用molclus等软件做构象搜索靠谱（如果所有二面角放在一起做N维扫描的话，算不动；如果只做N个一维扫描，不如用molclus严格）

作者
Author: 林守龙 时间: 2022-10-13 08:31

wzkchem5 发表于 2022-10-12 21:21
可以，但如果分子的二面角很多的话，二面角扫描不如用molclus等软件做构象搜索靠谱（如果所有二面角放在 ...

好的谢谢老师

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