计算化学公社

标题: 表面吸附问题求指导 [打印本页]

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-16 12:24
标题: 表面吸附问题求指导
在模拟表面吸附问题时，对于切出的表面层数不同文献的描述不同，而且需要固定底层原子，请问老师，一般对于吸附问题，确定的晶面需要切出几层，而且底下固定的层数不同会不会影响最终结果，一般来说是固定几层啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-16 16:12
看这里的讨论
http://bbs.keinsci.com/thread-1017-1-1.html

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-16 17:21
本帖最后由一直走于 2016-5-16 17:27 编辑

初做吸附问题，各种走弯路，还望各位老师多指教啊

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-16 17:25

sobereva 发表于 2016-5-16 16:12
看这里的讨论
http://bbs.keinsci.com/thread-1017-1-1.html

好的，谢谢Sob老师，我刚看了下，不知道我这样理解对不对：
底层固定一部分区域，只是为了让优化的时候不偏离原先的固体结构（所以底层一般只需固定一至两层即可），而具体吸附的分子是与未固定的分子作用，至于需留出几层原子，就要视要吸附的分子的大小，若吸附的分子较大，就需留出较多层数作为其相互作用区域。不知这样理解是否恰当？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-16 17:33

一直走发表于 2016-5-16 17:25
好的，谢谢Sob老师，我刚看了下，不知道我这样理解对不对：
底层固定一部分区域，只是为了让优化的时候 ...

层数和吸附分子大小倒没太直接的关系，一般都是三四层。只不过吸附分子大的话需要较大的晶胞表面积

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-16 17:42

sobereva 发表于 2016-5-16 17:33
层数和吸附分子大小倒没太直接的关系，一般都是三四层。只不过吸附分子大的话需要较大的晶胞表面积

明白了，谢谢老师

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-17 10:30
需要多少层，衬底多少层，你要根据文献来定，文献使用的模型都大同小异；也有对层数测试这一说。并且，你还得考虑实际的计算资源，层数越多，原子越多，计算的时间越久。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-17 13:07

liu_tiao 发表于 2016-5-17 10:30
需要多少层，衬底多少层，你要根据文献来定，文献使用的模型都大同小异；也有对层数测试这一说。并且 ...

恩，我是想重复一个文献的结果，但是这是个侧重实验的文献，里面没有明确说明用了多少层，只是把结果贴出来，说明和实验是相符的，我再找找相似的文献试试，谢谢提醒哈~

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-17 15:41

一直走发表于 2016-5-17 13:07
恩，我是想重复一个文献的结果，但是这是个侧重实验的文献，里面没有明确说明用了多少层，只是把结果贴出 ...

文献一般都或多或少，在计算细节部分，对模型加以描述。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-17 17:53

liu_tiao 发表于 2016-5-17 15:41
文献一般都或多或少，在计算细节部分，对模型加以描述。

请问你看过关于层数测试的文献吗，关于切出层数不同，对于吸附结果的影响，好想搞明白这些，要不做哪一步心里都没底啊

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-17 18:27

一直走发表于 2016-5-17 17:53
请问你看过关于层数测试的文献吗，关于切出层数不同，对于吸附结果的影响，好想搞明白这些，要不做哪一步 ...

你可以切不同的层，看看表面能之类的性质变化趋势怎么样。我在一本书上看到过，具体看的那个指标，记不清了。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-17 19:41

liu_tiao 发表于 2016-5-17 18:27
你可以切不同的层，看看表面能之类的性质变化趋势怎么样。我在一本书上看到过，具体看的那个指标，记 ...

好的，我先来研究研究~

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-18 20:31
本帖最后由一直走于 2016-5-18 20:34 编辑

liu_tiao 发表于 2016-5-17 18:27
你可以切不同的层，看看表面能之类的性质变化趋势怎么样。我在一本书上看到过，具体看的那个指标，记 ...

我切了一个6层的Cu（111）表面，加了真空层后发现在真空层顶部也会有一层Cu原子，吸附的时候我把小分子放在了真空层里，靠近6层Cu表面的附近，不知道真空层顶部的那层Cu会不会对吸附产生影响，需不需要人为地去掉呢？还请老师指点~

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 21:08

一直走发表于 2016-5-18 20:31
我切了一个6层的Cu（111）表面，加了真空层后发现在真空层顶部也会有一层Cu原子，吸附的时候我把小分子放 ...

没影响，被吸附分子离顶层足够远就行。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-18 21:31

sobereva 发表于 2016-5-18 21:08
没影响，被吸附分子离顶层足够远就行。

好的，我建的是12埃的真空层，我觉得离得应该足够远了，谢谢老师~

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-19 10:37

一直走发表于 2016-5-18 21:31
好的，我建的是12埃的真空层，我觉得离得应该足够远了，谢谢老师~

如果是小分子的话，12—15埃的真空层，应该足够了。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-19 20:12

liu_tiao 发表于 2016-5-19 10:37
如果是小分子的话，12—15埃的真空层，应该足够了。

恩，是小分子，还想请问一个问题，我们正常切的面基本都是（h k l)面，但如果是六方晶系，想切（h k i l)面，是直接把“i”去掉转换成为（h k l)吗，还有用其它方法？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-19 22:11

一直走发表于 2016-5-19 20:12
恩，是小分子，还想请问一个问题，我们正常切的面基本都是（h k l)面，但如果是六方晶系，想切（h k i l) ...

i=-(h+k)，知道哪些是等价的晶面然后选取相应等价的晶面就行了。

真空区域大小的选择我觉得还是看程序，如果是局域基组的话真空大小对计算量影响不大，尽可能取充分就行；平面波的话有条件就测试一下，偶极修正原则上得考虑，如果真的做真空大小测试的话，极性表面的能量可能根本收敛不了。12A个人觉得偏小，虽然有文献确实这么干了，如果计算资源不充分，15~20A还是要的。

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-19 22:17

卡开发发发表于 2016-5-19 22:11
i=-(h+k)，知道哪些是等价的晶面然后选取相应等价的晶面就行了。

真空区域大小的选择我觉得还是看程序 ...

哦哦。六方晶系，有的时候文献用三指数，有的时候用四指数，虽然看起来模型相同，但是叫法不一样。原来才是这样的所。学习了~

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-19 22:21

卡开发发发表于 2016-5-19 22:11
i=-(h+k)，知道哪些是等价的晶面然后选取相应等价的晶面就行了。

真空区域大小的选择我觉得还是看程序 ...

打开POSCAR或者CONTCAR，都是一些零散的原子。程序怎么来判断他们之间如何成键的呢，这个问题我一直没有弄明白。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-19 22:49

liu_tiao 发表于 2016-5-19 22:21
打开POSCAR或者CONTCAR，都是一些零散的原子。程序怎么来判断他们之间如何成键的呢，这个问题我一直 ...

对于结构文件原子连接方式很多显示的程序能够自动判断吧，一般也就根据键长键角的范围和原子配位数这些经验的。

如果你需要严格了解原子之间的化学键，可能就需要波函数分析了。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-20 10:47

卡开发发发表于 2016-5-19 22:11
i=-(h+k)，知道哪些是等价的晶面然后选取相应等价的晶面就行了。

真空区域大小的选择我觉得还是看程序 ...

好的，请问老师，如果我想切ZnO(0001)晶面，是否可以切出（001）面等价它呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-20 12:10

一直走发表于 2016-5-20 10:47
好的，请问老师，如果我想切ZnO(0001)晶面，是否可以切出（001）面等价它呢？

（0 0 1)就行

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-20 12:21

卡开发发发表于 2016-5-20 12:10
（0 0 1)就行

好的，谢谢老师~

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-21 16:13

卡开发发发表于 2016-5-20 12:10
（0 0 1)就行

还想请教老师，在用Dmol3计算时，什么时候需要选“Spin unrestricted"选项?不知道我计算晶面时的报错会不会与它有关，单纯的优化晶面都报错不收敛了，我觉得不科学呀~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-21 16:20

一直走发表于 2016-5-21 16:13
还想请教老师，在用Dmol3计算时，什么时候需要选“Spin unrestricted"选项?不知道我计算晶面时的报错会不 ...

一般明显的闭壳层（无磁性）结构才使用Spin restricted，其余只要结构是磁性结构，都应该Spin unrestricted，并且尽可能让初始猜测的磁矩接近于真实情况。

你要是算Cu (1 1 1)表面的话Spin restricted就行，吸附的分子如果不是开壳层的形式，整个体系很大可能性Spin restricted就行。

我不知道你指的难收敛是哪种，SCF还是OPT？

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-21 16:31
本帖最后由一直走于 2016-5-21 17:08 编辑

卡开发发发表于 2016-5-21 16:20
一般明显的闭壳层（无磁性）结构才使用Spin restricted，其余只要结构是磁性结构，都应该Spin unrestrict ...

算的是SiO2(111)面，吸附的是Cu,报的错是SCF不收敛,所以是只弛豫表面时，用Spin restricted,吸附Cu后，就用Spin unrestricted吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-21 19:14

一直走发表于 2016-5-21 16:31
算的是SiO2(111)面，吸附的是Cu,报的错是SCF不收敛,所以是只弛豫表面时，用Spin restricted,吸附Cu后，就 ...

奇数Cu团簇或是原子在表面的话可能就得考虑Spin unrestricted了，不过这个得具体情况具体分析了。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-5-21 19:37

卡开发发发表于 2016-5-21 19:14
奇数Cu团簇或是原子在表面的话可能就得考虑Spin unrestricted了，不过这个得具体情况具体分析了。

好的，太感谢了，以前对自旋一直是迷茫中，现在终于有点方向了~感激不尽~

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 10:18

sobereva 发表于 2016-5-16 17:33
层数和吸附分子大小倒没太直接的关系，一般都是三四层。只不过吸附分子大的话需要较大的晶胞表面积

各位老师大神好，我用vasp做表面吸附，优化完分子会解离，吸附表面的催化剂原子也发生错位啥的，这是什么原因呢？该怎么解决啊

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-22 10:44

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 10:18
各位老师大神好，我用vasp做表面吸附，优化完分子会解离，吸附表面的催化剂原子也发生错位啥的，这是什么 ...

最好贴上图。优化之后，分子会被活化了，分子的结构肯定会发生变化。解离的话，是分子的键发生断裂，分子分成了几部分，这就是解离吸附。至于催化剂的表面原子发生变化，应该是吸附过程中发生了表面重构之类的。

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 11:04

liu_tiao 发表于 2016-6-22 10:44
最好贴上图。优化之后，分子会被活化了，分子的结构肯定会发生变化。解离的话，是分子的键发生断裂，分子 ...

试了半天不知道怎么上传图片啊。。。。？不好意思，刚注册的新手

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-22 11:26

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 11:04
试了半天不知道怎么上传图片啊。。。。？不好意思，刚注册的新手

你在摸索摸索，上传图片很简单的

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-22 14:34

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 11:04
试了半天不知道怎么上传图片啊。。。。？不好意思，刚注册的新手

仔细看置顶的新人必读，怎么传图，怎么修改帖子写得很详细
尝试发图片如果一次失败了，直接修改帖子，不要再发新的帖子

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 15:04

liu_tiao 发表于 2016-6-22 11:26
你在摸索摸索，上传图片很简单的

而且吸附能=Es-Et-Em得到的值是正的，这样可能吗？

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-22 15:15
本帖最后由 liu_tiao 于 2016-6-22 15:16 编辑

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 15:04
而且吸附能=Es-Et-Em得到的值是正的，这样可能吗？

你把这个图调好，最好是成键，然后说一下是什么物质。完全看不出来你这是什么分子。至于你这个吸附能表达式看不懂，文献一般都是Eads=Eslab/molecular-Eslab-Emolecular，吸附能为负表示放热，越负越稳定。

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 15:25

liu_tiao 发表于 2016-6-22 15:15
你把这个图调好，最好是成键，然后说一下是什么物质。完全看不出来你这是什么分子。至于你这个吸附能表达 ...

嗯嗯，吸附能公式表达的意思是和你写的一样，我在算喹啉和咔唑分子在硫化钼表面的吸附，硫化钼切的（00-3）面，这张图是取了3 thickness片层。放在催化剂表面进行优化，结束后喹啉和咔唑都会解离掉，而且上层松弛的催化剂原子也会错位。p.s图中黄色原子为S，紫色为Mo，咖啡色为C,粉色为H，蓝色为N原子。

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-22 15:46

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 15:25
嗯嗯，吸附能公式表达的意思是和你写的一样，我在算喹啉和咔唑分子在硫化钼表面的吸附，硫化钼切的（00-3 ...

沿着MoS2的（001）方向切开，就是MoS2的一层。你的研究课题难道是碱性含氮分子对加氢脱硫的抑制机理？

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 15:55

liu_tiao 发表于 2016-6-22 15:46
沿着MoS2的（001）方向切开，就是MoS2的一层。你的研究课题难道是碱性含氮分子对加氢脱硫的抑制机理？

其实这不是我的课题，以前师姐做的，剩下一点数据，老板让我写篇文章，所以我沿用她之前切的（00-3）面，她以前只算了一层硫化钼，我感觉不合理想补点数据，多加几个片层算一下。题目大概就是咔唑和喹啉类化合物（包含几个衍生物）在硫化钼表面的吸附。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-22 16:11

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 15:55
其实这不是我的课题，以前师姐做的，剩下一点数据，老板让我写篇文章，所以我沿用她之前切的（00-3）面， ...

在算吸附的时候，下面衬底有固定吗？感觉切完的原子排列应该规则吧

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-22 16:11

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 15:55
其实这不是我的课题，以前师姐做的，剩下一点数据，老板让我写篇文章，所以我沿用她之前切的（00-3）面， ...

MoS2是S-Mo-S结构，你这个图表面怎么全是Mo原子，而不是S原子。而且盒子的最顶层和最底层也是Mo原子，层与层之间还有散落的Mo原子。你建的模型是不是有问题。我感觉文献对簇模型才说（00-3）表面，对slab模型说（001）表面，虽然意思是一样的。

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 16:15

一直走发表于 2016-6-22 16:11
在算吸附的时候，下面衬底有固定吗？感觉切完的原子排列应该规则吧

对的，底层固定了，是上面有的原子陷落下来了

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-22 16:22
这是我按你的提示画出的图，和你的一样吗？

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 16:29
标题: RE: 表面吸附问题求指导

一直走发表于 2016-6-22 16:22
这是我按你的提示画出的图，和你的一样吗？

我建的是Mo在上面，以前算过S在上面的好像算不下去一直失败，我也就不了了之，后面一直都算的Mo在上面，优化前如图。(谢谢大家的积极回帖和帮助

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-22 16:43
本帖最后由 liu_tiao 于 2016-6-22 16:46 编辑

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 16:29
我建的是Mo在上面，以前算过S在上面的好像算不下去一直失败，我也就不了了之，后面一直都算的Mo在上面， ...

正常的MoS2（001）面是楼上那样的。表面全部是S原子，可能不会和碱性氮分子作用，所以吸附无法进行。但是你这样强行把Mo原子暴露出来，肯定是有问题的，和真实情况不一致，从热力学讲肯定也不稳定，所以几何优化之后，结构出现了很大的重构。建议你去找找文献，我看见过类似的文献。

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 16:45
标题: RE: 表面吸附问题求指导
这个是另一个算完后的CONTCAR文件，简直乱成一团。。

试过真空层设大或小都会出现这种情况

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 16:52

liu_tiao 发表于 2016-6-22 16:43
正常的MoS2（001）面是楼上那样的。表面全部是S原子，可能不会和碱性氮分子作用，所以吸附无法进行。但是 ...

啊。。原来是这样，那我找找你说的文献看下，这样子的话我这篇文章岂不是不能这么写啦

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-22 17:01

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 16:52
啊。。原来是这样，那我找找你说的文献看下，这样子的话我这篇文章岂不是不能这么写啦

你师姐用一层算出来了？也是吸附？

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 17:24

一直走发表于 2016-6-22 17:01
你师姐用一层算出来了？也是吸附？

对呀，所以我觉得不合理呢

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-22 17:30

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 17:24
对呀，所以我觉得不合理呢

你先重复一下你师姐的实验，完全重复，看看到底是哪里有问题~

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-22 17:34

一直走发表于 2016-6-22 17:30
你先重复一下你师姐的实验，完全重复，看看到底是哪里有问题~

嗯嗯，我也找了些文献准备看看，再试试，谢谢你们

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-22 18:52

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 17:34
嗯嗯，我也找了些文献准备看看，再试试，谢谢你们

表面不稳定就会产生表面重构，你却把下表面进行固定，来维持未弛豫的状态，这样的做法并不合理。不应该是Mo在上面，否则切出来的表面会表面能相当大，应该是不稳定的，如果真空再小一点，整个吸附的分子确实有可能会被两个表面扯开。

我倒是建议取做S朝上的，如果做不出应该找一下原因，电子步难收敛或是离子步难收敛。个人觉得很大可能性是离子步没收敛，vasp就算电子步没收敛也会算下去，有可能是电子步没首先导致错误的能量变化和力，从而导致离子步难收敛，这样的情况纯表面可能很少出现，但对于吸附体系可能很容易呈现。另外我不知道你是否考虑DFT-D或者vdW-DF。

不妨连INCAR也一块传了。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-22 19:52

卡开发发发表于 2016-6-22 18:52
表面不稳定就会产生表面重构，你却把下表面进行固定，来维持未弛豫的状态，这样的做法并不合理。不应该是 ...

如果在吸附之前，底层未固定时优化一下表面（当然，可能优化不出来，也可能优化完之后结构变化特别大），然后以优化后的表面作为衬底，固定下面几层，上面进行吸附，会不会成功的几率会大点呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-22 20:08

一直走发表于 2016-6-22 19:52
如果在吸附之前，底层未固定时优化一下表面（当然，可能优化不出来，也可能优化完之后结构变化特别大）， ...

弄不清固定下表面有啥物理意义，做了固定也维持不了晶体内的那种状态，搞得SCF还很难收敛，根本起不到计算加速的作用，不如不做固定。有不少人认为固定了一部分能加速计算，这是以讹传讹的说法。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-22 20:24

卡开发发发表于 2016-6-22 20:08
弄不清固定下表面有啥物理意义，做了固定也维持不了晶体内的那种状态，搞得SCF还很难收敛，根本起不到计 ...

固定底层，应该不是为了加速计算吧，而且就算固定了，并不会减少计算量，但是如果不固定，在吸附的过程中，晶格结构就会发生变化，甚至偏离之前的真空层，这样就算正常结束，我们能单纯利用吸附能或者其它判别手段判断是否能吸附吗？毕竟吸附后的衬底与之前的相差可能会很大~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-22 20:34

一直走发表于 2016-6-22 20:24
固定底层，应该不是为了加速计算吧，而且就算固定了，并不会减少计算量，但是如果不固定，在吸附的过程中 ...

晶格结构就会发生变化，甚至偏离之前的真空层

那只能说明层高未经过测试或者采用的方法不对，层高足够高的情况中心区域会慢慢呈现固体的性质，而该考虑色散修正的场合不考虑也会导致结构发生问题。

我们能单纯利用吸附能或者其它判别手段判断是否能吸附吗

吸附能只是一种热力学上的判断，严格来说考虑自由能才有参考价值。

毕竟吸附后的衬底与之前的相差可能会很大~

吸附之后吸附的分子和表面都有可能重构，这是很正常的。如果上表层的吸附会明显影响到下表层的性质，说明层高还是不充分的。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-6-22 21:39

卡开发发发表于 2016-6-22 20:34
那只能说明层高未经过测试或者采用的方法不对，层高足够高的情况中心区域会慢慢呈现固体的性质，而该考虑 ...

我明白了，如果衬底层数足够的话，上表面的吸附一般不会影响到底层原子，但是如果底层的原子在吸附的过程变化较大，就需要考虑是否为层数不够造成的，这时候最好做个层数测试，但是我看关于吸附的文章，无论衬底层数多少，都会固定1/2到2/3的厚度，貌似也就约定俗成了~非常感谢老师的耐心解答，每次都非常受益~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-22 21:47

一直走发表于 2016-6-22 21:39
我明白了，如果衬底层数足够的话，上表面的吸附一般不会影响到底层原子，但是如果底层的原子在吸附的过程 ...

是啊，当然，层高充分的情况，固定与否可能不那么重要，层高不充分的情况，就算固定结果也不会好，何况固定会引进一些非物理因素进来，慎重使用为妙。

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-23 16:56
标题: RE: 表面吸附问题求指导

卡开发发发表于 2016-6-22 18:52
表面不稳定就会产生表面重构，你却把下表面进行固定，来维持未弛豫的状态，这样的做法并不合理。不应该是 ...

我也试图把层数加多一些，但是原子数太多学校的计算机算不动，S在上的时候还没开始算就停止了，k点Gamma 3*3*1

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-23 20:33

yuenanshuyao 发表于 2016-6-23 16:56
我也试图把层数加多一些，但是原子数太多学校的计算机算不动，S在上的时候还没开始算就停止了，k点Gamma ...

你没明白我的意思，你的重构是因为你找了个不稳定的面，而不是层高不够导致的。

我可能没说清楚，建议你把当时计算S朝上的表面计算的结果打包来看看，停止必然是有原因的，来找找这个原因。

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-26 14:09

卡开发发发表于 2016-6-23 20:33
你没明白我的意思，你的重构是因为你找了个不稳定的面，而不是层高不够导致的。

我可能没说清楚，建议 ...

我又重新建模在算，S朝上3层原子层，跑到中间会停，出现的错误是Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Returncode = 64 472（后面的数字有时候不一样）
麻烦老师帮我看看是什么问题吧？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-26 14:35
本帖最后由卡开发发于 2016-6-26 14:46 编辑

yuenanshuyao 发表于 2016-6-26 14:09
我又重新建模在算，S朝上3层原子层，跑到中间会停，出现的错误是Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Re ...

最底下那一排单独的S原子是怎么来的？还有，分子放得离表面太近了，即便不出问题，弛豫也要花很长时间。

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-26 14:59

卡开发发发表于 2016-6-26 14:35
最底下那一排单独的S原子是怎么来的？还有，分子放得离表面太近了，即便不出问题，弛豫也要花很长时间。

建好模型就是这样，它是周期性结构，所以底下那层应该是和顶部那层一样的吧，老师看看我贴出来的输出文件，Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Returncode = 64 472这种错误是什么原因呢?

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-26 15:03

yuenanshuyao 发表于 2016-6-26 14:59
建好模型就是这样，它是周期性结构，所以底下那层应该是和顶部那层一样的吧，老师看看我贴出来的输出文件 ...

不对，这里这个单层的S是独立的，显然不合理。还有，分子不要放太近。按我说的试一下，看看是否仍然存在问题。若仍然出现EDDDACV的问题，再换成ALGO=V或者F不迟。

作者
Author: yuenanshuyao 时间: 2016-6-26 15:33

卡开发发发表于 2016-6-26 15:03
不对，这里这个单层的S是独立的，显然不合理。还有，分子不要放太近。按我说的试一下，看看是否仍然存在 ...

好的，谢谢老师指导，我这样试试看行不行，现在的体系没什么问题吧？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-26 16:02

yuenanshuyao 发表于 2016-6-26 15:33
好的，谢谢老师指导，我这样试试看行不行，现在的体系没什么问题吧？

如果分子物理吸附的话，最好放在2~3A左右比较好。

作者
Author: 一直走 时间: 2016-7-10 20:20

卡开发发发表于 2016-6-26 16:02
如果分子物理吸附的话，最好放在2~3A左右比较好。

老师，我在做Cu团簇在SiO2（111）表面吸附的时候，算出来的Mulliken电荷，Cu都是负值，但是，按道理来说Cu应该是正值呀，不知道这是什么原因呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-7-10 20:47

一直走发表于 2016-7-10 20:20
老师，我在做Cu团簇在SiO2（111）表面吸附的时候，算出来的Mulliken电荷，Cu都是负值，但是，按道理来说C ...

看看电荷密度差和形变电荷密度，看看趋势是否一致。

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