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标题: vmd中可以复制整条分子链么？ [打印本页]

作者
Author: why1314 时间: 2022-10-12 20:50
标题: vmd中可以复制整条分子链么？
有一个小分子文件（XML格式），想通过复制分子-移动新分子-新旧分子加键的过程得到共聚物，并保存为XML格式。在VMD中找到了移动和加建的方法，但是没有找到复制，想问VMD的可以复制一个小分子链么，怎么操作？

谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-13 12:46
VMD里没法在同一个ID内复制原子，顶多是平移操作后保存新结构文件，然后再和原有的合并。需要平移复制的功能可以用Multiwfn、GaussView、gmx genconf等支持原胞复制成超胞的程序，对原分子定义周期性，然后平移复制成超胞后再保存结构文件

作者
Author: why1314 时间: 2022-10-13 13:57

sobereva 发表于 2022-10-13 12:46
VMD里没法在同一个ID内复制原子，顶多是平移操作后保存新结构文件，然后再和原有的合并。需要平移复制的功 ...

谢谢老师我尝试一下别的方法

作者
Author: 五个一 时间: 2022-10-30 13:23

sobereva 发表于 2022-10-13 12:46
VMD里没法在同一个ID内复制原子，顶多是平移操作后保存新结构文件，然后再和原有的合并。需要平移复制的功 ...

老师，请问一下，对于“gmx genconf等支持原胞复制成超胞的程序，对原分子定义周期性，然后平移复制成超胞后再保存结构文件”，使用gmx genconf复制时，怎样对原分子定义周期性？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-31 05:07

五个一发表于 2022-10-30 13:23
老师，请问一下，对于“gmx genconf等支持原胞复制成超胞的程序，对原分子定义周期性，然后平移复制成超 ...

诸如gro（最后一行）或pdb（CRYST1字段）文件里定义了盒子信息就可以

作者
Author: 五个一 时间: 2022-10-31 08:52

sobereva 发表于 2022-10-31 05:07
诸如gro（最后一行）或pdb（CRYST1字段）文件里定义了盒子信息就可以

好的，谢谢老师

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