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标题: 为什么这个2中心键做不出来AdNDP轨道？ [打印本页]

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-13 10:15
标题: 为什么这个2中心键做不出来AdNDP轨道？
AdNDP分析，蓝圈的地方，直觉那里应该有2中心键，但死活都找不出来。哪位大神能帮我做一下。该键的键级为0.87，其他在边缘的键级都在1.1--1.5之间，但LOL图那个地方密度很高，这该怎么解释呢？
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输入文件如下

%chk=a9a.chk
%mem=512mB
%nproc=4
#PBE1PBE/6-311g(d) pop=nboread

a9a

-2  1
B          1.297836          2.222164          -0.093440
B          -1.473604          2.759611          -0.697796
B          2.971816          -0.431905          0.244066
B          3.934250          -1.669136          -0.326781
B          -2.294121          1.441942          -0.408664
B          -0.418890          1.483542          -0.335920
B          -0.616878          -1.668438          0.269005
B          -2.169654          -1.295507          0.309301
B          4.571285          2.485547          -0.050231
B          -2.876456          0.027377          -0.019219
B          0.865158          -2.131469          0.114452
B          -1.187756          -0.002519          -0.051010
B          2.415937          -2.003152          -0.136082
B          5.407704          1.155095          -0.196494
B          2.968198          2.490402          0.167334
B          2.247997          1.055068          0.580733
Co          0.871020          -0.118858          0.059458
B          4.794041          -0.343785          -0.172498
B          0.010619          3.069809          -0.543909
B          3.880156          1.069735          0.367514

$NBO DMNAO AONAO $END

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-13 12:43
参考下文，用Multiwfn绘制ELF、产生定域化轨道，或者算Mayer键级，考察那里到底是否真的有高定域性区域，没有的话也别指望能找出高占据的AdNDP轨道
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362（http://bbs.keinsci.com/thread-5118-1-1.html）

Multiwfn里搜索AdNDP轨道可以直接指定考虑的原子序号范围，以及占据数阈值，下文都说了。就算二者之间共享电子程度很弱，也照样能给搜出来双中心轨道，只不过占据数会非常低
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380（http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html）

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-13 13:01

sobereva 发表于 2022-10-13 12:43
参考下文，用Multiwfn绘制ELF、产生定域化轨道，或者算Mayer键级，考察那里到底是否真的有高定域性区域，没 ...

好的社长，我再深入分析一下

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-14 07:49

sobereva 发表于 2022-10-13 12:43
参考下文，用Multiwfn绘制ELF、产生定域化轨道，或者算Mayer键级，考察那里到底是否真的有高定域性区域，没 ...

sob老师好，一个一个的取还是找不出来

。该键的Mayer键级为0.87，而其他在边缘的键级都在1.1--1.5之间

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-14 11:01

aaq2800 发表于 2022-10-14 07:49
sob老师好，一个一个的取还是找不出来。该键的Mayer键级为0.87，而其他在边缘的键级都在1.1--1.5之间

说清楚具体操作
不可能阈值设到极低还找不出来。找之前先别找其它的轨道

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-14 11:39

sobereva 发表于 2022-10-14 11:01
说清楚具体操作
不可能阈值设到极低还找不出来。找之前先别找其它的轨道

在2中心之前，一中心选了2个Co原子的孤对电子

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-14 12:20

aaq2800 发表于 2022-10-14 11:39
在2中心之前，一中心选了2个Co原子的孤对电子

给Multiwfn用的输入文件都压缩后贴出来

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-14 12:56
本帖最后由 aaq2800 于 2022-10-14 13:05 编辑

sobereva 发表于 2022-10-14 12:20
给Multiwfn用的输入文件都压缩后贴出来

输入文件我已上传到顶帖，辛苦社长。又做了几次，即便不取一中心的孤对电子，那个地方依然没有二中心。查看定域化占据轨道，该位置只有一个三中心轨道

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-14 14:00

aaq2800 发表于 2022-10-14 12:56
输入文件我已上传到顶帖，辛苦社长。又做了几次，即便不取一中心的孤对电子，那个地方依然没有二中心。查 ...

进AdNDP界面后，选1 Perform orbitals search for a specific atom combination，然后输入1,15，就会找出一堆双中心轨道

...略
#  16 Occ: 0.0010 Atom: 1B 15B
#  15 Occ: 0.0012 Atom: 1B 15B
#  14 Occ: 0.0022 Atom: 1B 15B
#  13 Occ: 0.0033 Atom: 1B 15B
#  12 Occ: 0.0041 Atom: 1B 15B
#  11 Occ: 0.0051 Atom: 1B 15B
#  10 Occ: 0.0216 Atom: 1B 15B
# 9 Occ: 0.0267 Atom: 1B 15B
# 8 Occ: 0.0490 Atom: 1B 15B
# 7 Occ: 0.2101 Atom: 1B 15B
# 6 Occ: 0.5545 Atom: 1B 15B
# 5 Occ: 0.6949 Atom: 1B 15B
# 4 Occ: 0.9647 Atom: 1B 15B
# 3 Occ: 0.9728 Atom: 1B 15B
# 2 Occ: 1.1945 Atom: 1B 15B
# 1 Occ: 1.6075 Atom: 1B 15B

选8 Visualize candidate orbitals and molecular geometry，然后查看1号候选轨道，如下所示，可见正常找出了双中心轨道
(, 下载次数 Times of downloads: 15)

由于其占据数较低，而且定域化轨道也判断出1-15-16有三中心轨道，因此应当考虑去搜索三中心轨道。如果现在就把这双中心轨道挑出来，本来比较理想的三中心轨道以后就挑不出来了。

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-10-14 15:57

sobereva 发表于 2022-10-14 14:00
进AdNDP界面后，选1 Perform orbitals search for a specific atom combination，然后输入1,15，就会找出 ...

好的，我知道怎么处理了，万分感谢社长。

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