计算化学公社

标题: 请问用Guassian怎么计算在气体氛围下溶剂-溶剂、溶质-溶剂的相互作用力？ [打印本页]

作者
Author: LYP 时间: 2022-10-13 16:26
标题: 请问用Guassian怎么计算在气体氛围下溶剂-溶剂、溶质-溶剂的相互作用力？
您好，我的体系是PCBA-CO2-乙醇，现在想用Guassian模拟计算一下在CO2氛围下，PCBA-PCBA、PCBA-乙醇、乙醇-乙醇的相互作用能，请问利用隐式溶剂模型是否可以？（查到二氧化碳0度时相对介电常数为1.6）%nprocshared=28
%mem=64GB
# B97D/6-31G* scrf=(smd,read,solvent=generic) opt
（空行）
titile
（空行）
0 1
坐标
（空行）
eps=1.6
请问这样正确吗？如果不对想请教下老师该怎么模拟计算在气体氛围下的相互作用能？

作者
Author: chands 时间: 2022-10-13 16:58
CO2在乙醇中有一定的溶解度，但是溶解度（换算成质量/摩尔分数）也不算高啊。
CO2对PCBA在乙醇中的溶解度有很大影响吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-13 17:34
你的体系里，CO2主要是气体还是液体？
如果主要是气体，那么在溶液相里面CO2的含量估计远小于乙醇的含量，所以CO2对体系的介电常数影响不大，显然不能把体系的介电常数取作CO2的介电常数。应该比如说算CO2、PCBA、乙醇的三体体系，计算有CO2和没有CO2时另外两个分子的相互作用能之差。
如果因为体系压力很高导致CO2主要是液体，但是CO2含量并不远多于其他两种组分的话，需要定义混合溶剂，方法参见http://sobereva.com/327
此外可以考虑一下CO2和乙醇可能会反应生成C2H5OCOOH（类似在水里形成碳酸的反应），不知道对你要研究的过程有没有影响。再者就是一定要做构型搜索，否则结果不能发表

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-14 21:45
记住Gaussian怎么拼

B97D是已经过时的泛函，不要用这东西，本身在Gaussian里精度比B3LYP-D3(BJ)烂，而耗时又不更低

opt的目的不建议用SMD而建议用默认的IEFPCM，下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

提问时不要用PCBA这种缩写，别人都不知道指什么

不要随便用“作用力”，仔细看下文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

要把计算的体系的状态描述清楚，前面的人已经说过了，这直接决定了计算时候怎么考虑。

要明确算这些有什么意义，这决定了怎么去算。诸如计算乙醇-乙醇之间相互作用能，虽然可以用molclus做二聚体构型搜索得到最理想二聚体结构，然后算作用能，但这未必能反映什么实际问题，因为凝聚相下乙醇-乙醇之间各种各样相对朝向、位置都有，每一对乙醇间的相互作用能都不同，而且还有多体耦合作用。如果把CO2、PCBA考虑进去，那问题就更复杂了。

作者
Author: LYP 时间: 2023-4-17 15:40

chands 发表于 2022-10-13 16:58
CO2在乙醇中有一定的溶解度，但是溶解度（换算成质量/摩尔分数）也不算高啊。
CO2对PCBA在乙醇中的溶解度 ...

有些影响，但不是特别大

作者
Author: LYP 时间: 2023-4-17 17:13

wzkchem5 发表于 2022-10-13 17:34
你的体系里，CO2主要是气体还是液体？
如果主要是气体，那么在溶液相里面CO2的含量估计远小于乙醇的含量， ...

谢谢老师。我的体系中CO2是气体。
我还想问您：当没有CO2存在时直接输入下面的文件来计算对氯苯甲酸和乙醇之间的相互作用能对吗？那当CO2存在时，输入文件要怎么改变呢？
%nprocshared=28
%mem=64GB
#B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(solvent=ethanol)
（空行）
titile
（空行）
0 1
坐标
（空行）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-17 17:44

LYP 发表于 2023-4-17 10:13
谢谢老师。我的体系中CO2是气体。
我还想问您：当没有CO2存在时直接输入下面的文件来计算对氯苯甲酸和乙 ...

可以，但建议在更高级别下算单点能（建议用DLPNO-CCSD(T)）
CO2存在下应该怎么做我已经说过了

作者
Author: LYP 时间: 2023-4-20 10:35

wzkchem5 发表于 2023-4-17 17:44
可以，但建议在更高级别下算单点能（建议用DLPNO-CCSD(T)）
CO2存在下应该怎么做我已经说过了

不好意思老师，您说计算有无CO2时另外两种分子的相互作用能的差，
没有CO2时，可以根据∆𝐸=𝐸(𝑃𝐶𝐵𝐴−乙醇)−[𝐸(𝑃𝐶𝐵𝐴-PCBA)+𝐸(乙醇-乙醇)]来计算
有CO2时，我确实不明白怎么计算，请问是用∆𝐸=𝐸(𝑃𝐶𝐵𝐴−乙醇− CO2)−[𝐸(𝑃𝐶𝐵𝐴−乙醇)+𝐸(CO2−CO2)]这个公式吗，其中的𝐸(𝑃𝐶𝐵𝐴−乙醇)就是我想要计算的“有CO2时两种分子的相互作用能”吗？您可以再说的详细一些吗？谢谢老师了

作者
Author: LYP 时间: 2023-4-20 10:43

LYP 发表于 2023-4-20 10:35
不好意思老师，您说计算有无CO2时另外两种分子的相互作用能的差，
没有CO2时，可以根据∆𝐸 ...

不好意思老师，有些乱码，我重新发一下。您说计算有无CO2时另外两种分子的相互作用能的差，
没有CO2时，两种分子的相互作用能的差根据E(PCBA-乙醇)-E(PCBA-PCBA)-E(乙醇-乙醇）来计算
有CO2时，我确实不明白怎么计算，请问是用E(PCBA-乙醇-CO2)-E(PCBA-乙醇)-E(CO2-CO2）这个公式吗，其中的E(PCBA-乙醇)就是我想要计算的“有CO2时两种分子的相互作用能”吗？这该怎么算呢，您可以再说的详细一些吗？谢谢老师了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-20 15:10

LYP 发表于 2023-4-20 03:43
不好意思老师，有些乱码，我重新发一下。您说计算有无CO2时另外两种分子的相互作用能的差，
没有CO2时， ...

我是说 (有CO2和没有CO2时另外两个分子的相互作用能)之差，不是有CO2和没有CO2时(另外两个分子的相互作用能之差)。
”E(PCBA-乙醇)-E(PCBA-PCBA)-E(乙醇-乙醇）“根本就没配平，减出来什么也不是。

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