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标题: 如何解释复合物轨迹中RMSD的突变现象 [打印本页]

作者
Author: yangzaia 时间: 2022-10-13 20:11
标题: 如何解释复合物轨迹中RMSD的突变现象
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如图，我想计算1+2复合物的RMSD，所以在处理pbc最终选择了gmx trjconv+cluster使得1+2复合物的完整，但是观察轨迹和RMSD还是出现了突变现象，请问这种情况我应该怎么解释呢

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-13 20:39
应该只是周期性边界条件没处理好，把这个轨迹再用gmx trjconv -pbc nojump处理一下应该就好了

作者
Author: yangzaia 时间: 2022-10-14 11:05

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-13 20:39
应该只是周期性边界条件没处理好，把这个轨迹再用gmx trjconv -pbc nojump处理一下应该就好了

已经试过了，的确再用nojump处理之后就好多了，谢谢啦

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