公社群聊Q&A整理：2015.07.07 05 ~ 2015.07.10 19 Concate - 计算化学公社

2015.07.07 04:33:54
Q:
好希望群主可以让你禁言啊
不要地域攻击
A:
无聊的破事别老提，没意思
Q:
送你一句话，静坐常思己过，闲谈休论人非
不要地域攻击
[图片]@我本是个娃娃
娃娃，不要地域攻击
他羞辱我等在先
我羞辱谁了
？？
你们都是一个学校的
A:
现在起再撕，直接禁言
Q:
我等紧紧依靠在以为中心的群中央周围
湖北佬怎么啦，地狱狗，好像你们老家很牛逼一样
老师，这个该怎么处理？
A:
黄牌
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2015.07.07 04:40:50
Q:
sob老师，已知结构计算freq B3LYP/6-311++G**理论水平需要的计算量大吗
A:
计算频率和热力学数据用6-31G*考虑校正因子足矣
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2015.07.07 04:51:54
Q:
（1）Satoh, M.; Nomoto, Y.; Miyaura, N.; Suzuki, A. Tetrahedron Lett. 1989,30, 3789-3792.
（2） Satoh, M.; Miyaura, N.; Suzuki, A. Tetrahedron Lett. 1990,31,231-234.还有这篇
没错
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0040403901806560
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004040390094379X
A:
尝试sci-hub之前不要求文献
Q:
木有权限呀
A:
用法见群公告里的群规章制度
Q:
感觉每一个来这里求助的都把这里当成了百宝箱了
就是不愿意自己找找
A:
字号改小点
Q:
这么大可以吗
A:
凑合
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2015.07.07 04:57:12
Q:
请问我想优化T2，总是第二激发能为负值，Excited State 1: Triplet-A' 2.2376 eV， Excited State 2: Triplet-A' -0.6025 eV，这种情况下怎么能成功优化T2？
A:
在出现负值的结构下用stable关键词测测是否波函数不稳定。是的话，做一次stable=opt，然后用guess=read继续优化T2试试
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2015.07.07 05:19:20
Q:
请问，用multiwfn做IR还有NMR，UV图的时候，低频区和高频区分别乘以不同的频率因子，这个低频区和高频区怎么区分？以及修改FWHM的时候，有没有依据的标准，修改成多少合适
A:
没有确切区分标准，其实也没必要考虑得那么精细，平时就用一套校正因子就完事了。
FWHM没有确切标准，一般就用默认的。如果你有实验谱图你再调FWHM使之和实验对得尽量好。
Multiwfn并不能绘制NMR谱
Q:
了解，谢谢老师，追问一句，如果将来在文章里放IR图的话，按您说的这样子做出来的图是不是就可以直接放
A:
是
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2015.07.07 05:25:00
Q:
请问：使用multiwfn计算的一个团簇maximum distance, 是团簇中离得最远的两个原子中心之间的距离吗？如果想得到这个团簇的直径，还需要加上这两个原子的半径吗？
A:
是。需要
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2015.07.07 05:25:21
Q:
@Sob,优化T2时，还出现过T1的激发能为副，T2的为正，这种结果可用么？
A:
都说明基态波函数不是真正的基态波函数，都有问题
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2015.07.07 05:33:01
Q:
问一个溶剂化算荧光发射的问题，g09d01的算例是算指定态到最终态的辐射，如果我只是想算第一激发态的垂直发射，是不是scrf下优化s1结构，再做scrf下垂直td就行？还是需要像算例那样做7步？
A:
按你说的做
Q:
我？
A:
然
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2015.07.07 06:08:55
Q:
编译SAPP2012，用ifort，出现ifort -o ./bin/int ./misc/ccintf/int.o ./misc/ccintf/stuff.o \
-L/scratch/project/zhangx/SAPT2012.2only/SAPT2012/lapack -llapack -lblas -L/scratch/project/zhangx/SAPT2012.2only/SAPT2012/saptlib -lsapt
ld: cannot find -lblas
如何解决？
A:
没找到blas库。自己编译一个blas库，改名为libblas.a，放到/scratch/project/zhangx/SAPT2012.2only/SAPT2012/lapack里即可
Q:
试试的
加了libblas.a， libblas.so.3.0.3拷贝的，版本不兼容，需要什么版本？
A:
这两个不能互用。.a是静态库，.so是动态库
Q:
哦
这个怎么找？能传给一份么？
A:
传群共享了，这是Multiwfn源代码包里的，改个名放到你的目录下试试。如果不行就只能用blas源码自己编译了
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2015.07.07 06:27:34
Q:
请问sob老师：我用B3LYP/6-31G*计算了一个络合反应的deltaH、deltaG，发现都为正值；但事实上这个反应是自发进行的，请问这是怎么回事？
A:
无非就两种可能
1 计算级别太低
2 计算模型不合适
Q:
1. 级别低是不是指基组过于廉价？如果改成6-311++G**是不是就会好很多
2. 第二个问题没看懂
A:
具体怎么弄都看体系
弥散函数别乱用
Q:
文献中有类似的体系，优化用6-31g*，计算能量用6-311G(d,p)
A:
基组用TZVP就足够了，什么泛函取决于体系，M062X对多数情况热力学数据计算往往不错
模型不合适指考虑不周，把问题想得太简单了
Q:
请问采用tzvp或6-311G**这种基组，计算频率是否需要占用很多资源和时间呢？、
A:
频率用6-31G*就够了。
单点计算再用更好的基组
Q:
我是想计算能量，如deltaH、deltaG
我计算单点能(sp)，发现里面没有deltaH deltaG数据啊
A:
显然没有
Q:
上网查需要freq关键词，所以我想问一下b3lyp/6-311G** freq这种水平的计算用普通机器是否可行
哎，二三十个把，关键是有重原子，需要赝势
A:
没问题
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2015.07.07 07:09:06
Q:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mren.201200024/abstract 小伙伴，谁能帮忙下载文献
http://onlinelibrary.wiley.com.sci-hub.club/doi/10.1002/mren.201200024/abstract
A:
求文献之前先用sci-hub自行尝试下载！
Q:
如果sci-hub也失败了[Emoticon]
该怎么办
A:
失败了再求
Q:
[图片]
怎么都不喜欢先试试，然后再问问题呢……
A:
懒！
Q:
大概是他们不清楚吧。
A:
已经反复提醒过无数遍了，不下十遍
Q:
这个sci-hub何不放群公告里
A:
群公告哪有地方放
群共享里群规章制度写得极为明确
Q:
默默点赞，伸手党剁掉你们的爪子…
群里的老人都多提醒提醒就好，sob莫恼。
A:
至少一个月前就反复提示要用sci-hub自行解决了，效果甚微
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2015.07.07 07:23:39
Q:
前一段时间的国际量化会议Sob老师参加了么@Sobereva
A:
否
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2015.07.07 16:38:25
Q:
请教sob老师，#p opt freq ub3lyp/6-31+G(d) nosymm
0 3，出现[图片]，-1 2出现[图片]，需要在虚频结构上用您说的方法还是换构型？
大小虚频处理应该不一样吧？
A:
-1 2用此方法处理：
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
0 3时虚频很大，要注意看振动模式考察可能的原因，比如是否对称性产生了限制之类。
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2015.07.07 17:14:14
Q:
请问老师，multiwfn在计算ICSS 时.out文件已经载入成功，出现[图片]这个界面，我选择任何一个选项进行计算时，程序都会闪退，这是怎么回事呢？谢谢老师指导~
A:
你确定你当前的格点设定和产生NICSxxxx文件的时候用的格点设定完全一致么？如果不对应，肯定会载入失败
Q:
[图片]老师，我的格点设定的是1000，和产生.gjf文件是一样的，一直没有改过
A:
我是说延展距离
Q:
都是按照产生.gjf文件时的步骤和数字输入的，只有n换成了y
A:
文件发给我
Q:
.out文件吗
A:
还有结构文件
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2015.07.07 17:18:10
Q:
请问一下大家有没有人在美国用过这种密码锁开门啊
[图片]
两个数字在同一个按键上怎么区分呢，有知道的告知一下谢谢
按左右没有成功诶
哎，我钻窗户进来了，谢谢大家
A:
非学术问题请到公社大杂烩群讨论。
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2015.07.07 17:49:20
Q:
请教一下，如何用origin制作矩阵数据图，谢谢[Emoticon]
A:
如果要把矩阵绘制成填色图、等值线图之类，建议用sigmaplot，效果好很多，也明显更方便。
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2015.07.07 18:02:06
Q:
Sob老师好，请问CCSD(T)做优化和频率计算时，出现l913错误，该如何解决谢谢。错误如图[图片]
谢谢我试一下
A:
这种问题就是CCSD迭代不收敛，看震荡趋势，如果没有收敛的迹象就增大循环次数，如果没有收敛的迹象就换基组。
PS：CCSD(T)做频率计算太浪费时间也没什么意义。
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2015.07.07 18:46:18
Q:
[图片] 遇到这种报错是什么原因
A:
不好说，换换基组、调整调整%mem、换换版本之类试试，属于bug
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2015.07.07 20:25:16
Q:
请问，在用multiwfn做电荷分解时，输入2，定义两个2和片段时出现闪退，请问是什么原因呢？
A:
输入文件有问题
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2015.07.07 21:10:20
Q:
G09，加和不加polar关键词，其极化率结果一样。那么还需要加polar吗？谢谢！
A:
算（超）极化率就应该用polar关键词。虽然一些其它任务，诸如freq，也会正确、照常输出极化率。
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2015.07.07 21:15:24
Q:
您好！高斯计算死于L502，提示原因是自旋污染，请问该怎么解决？
A:
你理解得不对，不会因为自旋污染而导致SCF不收敛的，二者没直接关系
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2015.07.08 00:14:22
Q:
老师，请问氢原子是不是可以不加弥散函数？
谢谢 @天涯思情
A:
不加
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2015.07.08 00:25:43
Q:
请问这个本征值的正负有什么意义？[图片]
A:
是分子轨道的能量，显然有正有负。
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2015.07.08 00:30:26
Q:
请问各位专家，wb97xd/6-311++g(d,p)级别下计算振动光谱时，频率校正因子是多少？谢谢！
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
如果查不到，你就看看不带弥散函数时有没有相应的校正因子。如果还没有，就换个方法或基组。
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2015.07.08 02:18:59
Q:
老师你好，我想获得有机物分子的关于分子表面积的参数来进行构效关系，像范德华表面积，亲水性表面积，疏水性表面积，极性表面积等参数，检索了很多文献，但相关的国外软件都是有版权什么的，了解到Multiwfn能计算些表面积参数，但好像亲疏水性表面积不能计算，如何获得这些参数呢？有没有推荐的相关免费软件？[Emoticon]谢谢了
A:
极性表面积这个就能算
http://www.molsoft.com/mprop
这个也可以算http://www.vcclab.org/lab/pclient/
Multiwfn可以输出分子表面静电势为不同数值范围的表面积，也可以由此来定义极性和非极性，即静电势绝对值较小的当成非极性。
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2015.07.08 03:23:51
Q:
求助：键能和键的解离能可以从gaussian的输出文件得到吗？
那怎么知道呢？
我要计算Ti2+键能和键的解离能
应该做什么计算？
求解答[Emoticon]
A:
[图片]
Q:
如果算Ti2+的解离能是否要优化Ti2+ Ti Ti+????
这样就不是均裂了啊
A:
不回答用四个问号的
Q:
老师我错了
如果算Ti2+的解离能是否要优化Ti2+ Ti Ti+
A:
就优化Ti2+就完了，原子不可能优化
Q:
那解离能应该怎么算啊？
A:
优化Ti2+，将其能量减去Ti和Ti+的能量
Q:
E（Ti+）+E（Ti）-E（Ti2+）这样的？
哦我输反了
可是不优化Ti怎么知道能量呢
完了是否还要进行BSSE校正？
A:
否
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2015.07.08 03:23:51
Q:
我靠，sob，感觉你这个基础量化班的讲义好全啊
每个知识点都有算例？
A:
对
1000页呢
Q:
[Emoticon]，好，你是人民的大救星
老师有补充吗？
ppt做1000页，我也是醉了
真是牛，我一般做ppt做个100页就搞不清了
A:
4月份培训的时候大概是900页，后来不断更新补充，刚才算了一下，大概是1150页
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2015.07.08 03:51:19
Q:
sob老师，你那边时候有material studio的破解版本，网上一直没有找到，有的下载链接有问题，有的下载了破解不了
A:
没有什么所谓的破解版本，程序都一样，有lic就能用
Q:
我知道，有的有程序，可是没有lic，我刚才下载了MS6.0，可是没有lic，所以不能用
A:
群共享里就有7.0的lic
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2015.07.08 04:05:18
Q:
老师：您好！您这里说在使用6-31G[图片]
老师：您好！您这里[图片]
说使用6-31G*时对于CO要在输入路径中使用5d7f关键词，如果我使用的是6-311++G**呢？还需要写5d7f吗
A:
不用写，此时是默认的
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2015.07.08 04:42:56
Q:
请教大家一个问题。现在在学习用高斯计算紫外。用了B3LYP/6-31G和B3LYP/DGDZVP分别计算了甲苯的UV。可我查了下甲苯实际的UV，和计算的相差这么大呢。
老师，能帮我解答一下刚才紫外计算的困惑么
A:
几个可能：
1 级别不合理，选择见
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
2 算的态数不够
3 没考虑溶剂效应
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2015.07.08 05:02:01
Q:
老师您好，还是之前的问题，您之前说对CO用6-31g*,对Co用Lanl2DZ时在定义CO时要加入5d7f关键词。我对CO用的基组是6-311++G** 对金属Co用的是sdd.还需要对CO定义其它吗？
A:
不用
Q:
老师：麻烦您看一下，出现的错误如下[图片]。请问是什么原因？是原子没对上吗？
A:
是
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2015.07.08 05:02:10
Q:
老师，polar=DCSHG输出的alpha是什么形式的呢？
alpha(-omiga;omiga)?
A:
算alpha用不着DCSHG
DCSHG只影响beta
Q:
看老师的文章里有这么一段话，也就是说也是输出alpha(-omiga;omiga)这个吧
A:
对
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2015.07.08 05:16:54
Q:
老师对之前说的片段进行计算是时，电荷和自旋多重度发生变化吗？
整个化合物是一个中性分子，分解成片段分别进行计算的时候电荷需要发生变化吗？
A:
可以变也可以不变，选最适当的情况
比如NaCl既可以以Na和Cl作为片段，也可以以Na+和Cl-作为片段。显然后者更合适些
Q:
那对于一我们不明确价态的化合物，在拆分为片段的时候，应该怎样看呢？这个化合物之前用高斯进行过优化且也有NBO的计算，请问可以从这些文件中看吗？如果可以，那在哪看呢？
A:
凭化学直觉
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2015.07.08 05:37:59
Q:
http://www.future-science.com/doi/abs/10.4155/fmc.13.207
求篇文献～
你是找..... 骂
0 0为啥。。。
进群要看群规啊
A:
只允许求sci-hub搞不定的文献
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2015.07.08 06:09:11
Q:
B3LYP(VWN5)-D3与B3LYP-D3的区别在那
A:
大多数程序，包括高斯，其B3LYP的相关泛函的LDA部分用的是VWN3。但有少数程序，如Turbomole，用的是VWN5，结果会有一定差别。VWN3比VWN5好一些。
此文专门有对比讨论Chemical Physics Letters 268 (1997) 345-351
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2015.07.08 06:25:16
Q:
sob老师，我记得您说过无论是HF还是DFT算单点能是都是读取输出的HF值。现在我用的是B2PLYP/def2TZVP计算得到的结果，输出HF=-93.2005,MP2=-93.3140.这里怎么会有MP2,应该以哪个能量作为体系的单点能，两者又有什么差别
A:
双杂化要读MP2的值
Q:
两者的差值E2是电子相关能吗？
A:
对于双杂化泛函不能这么说
Q:
那就认为是校正量？
A:
对
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2015.07.08 08:13:31
Q:
sob的量化讲义不参加课程有获取的办法吗
A:
ない
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2015.07.08 17:09:27
Q:
请问下计算到这[图片]就没有输出了
是啥问题
请问下我的这个问题谁能指导下，我的是用g09B01在liux上计算的
A:
看看是否还在算着，还在算就等着
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2015.07.08 17:12:24
Q:
谁有关于高斯垂直电力能，垂直电子亲和能的相关资料啊，给发一份
A:
IP = E(N-1) - E(N)
EA = E(N) - E(N+1)
N为电子数，结构用中性下优化的结构
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2015.07.08 17:44:34
Q:
各位老师，请问有没有懂CASPT2的？我刚接触这个词，哪位有相关基础知识的，可否提供些相关资料，谢谢！
A:
就是基于CASSCF波函数再做二阶微扰。一些介绍见Radiation Induced Molecular Phenomena in Nucleic Acids一书125–156.
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2015.07.08 17:46:21
Q:
请问各位老师，关于优化结构时对称型的设置问题，[图片] 像这样的分子，在优化之初应不应该设置对称性呢？
A:
应该有。先画出来三维结构看看。
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2015.07.08 18:28:42
Q:
弱相互作用中的静电部分和极化能部分，这两种能量是否一致？
A:
不一样
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2015.07.08 18:31:40
Q:
麻烦问下谁手算过水分子的偶极矩么？偶极长应该是多少来着？不知道怎么算都算不到1.85D……
A:
你用的方法、基组不合理。
B3LYP/aug-cc-pVTZ：1.8471
MP2/aug-cc-pVTZ：1.8591
B3LYP/sadlej-pVTZ：1.8618
B3LYP/def2-TZVPD：1.8508
都和实验值1.8546很接近
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2015.07.08 18:33:36
Q:
老师你好，我想问问用Mul得到轨道图后如何进行分析呢？有没有相关的资料讲解的@Sobereva
A:
看看结构化学书，或者图解量子化学，或者Orbitals in Chemistry(Satoshi Inagaki)之类的书
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2015.07.08 19:45:16
Q:
gaussian的BOMD没有蛙跳算法，热浴耦合什么的吧
我查不到那些关键词
A:
没有热浴。具体是那种走步算法我不清楚，是蛙跳、verlet还是什么其它的这不是关键，
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2015.07.08 19:48:38
Q:
请问下大家：Hartree energy 值 -723和-685，是-723能量低吗？谢谢大家了
您好，我想问下-723能量低，这个分子比另一个分子（-685）低了5%，这个两个分子的能量大小差异大吗？从量子化学来看。谢谢您啦
A:
没法这么比。相差这么多肯定原子数或者元素都不一样，没有可比性。
Q:
sob老师，我想请教您一个问题：我是药物化学专业，最近在做一个实验：将分子A的酚羟基甲基化，反应会更加容易进行，通过化学方法不好验证，想通过高斯计算来比较分子A和甲基化分子A中间体能量大小来验证。之前请教您了，两个分子量不同的化合物没有可比性。
请问您对此有什么建议？或者通过一个常数将这个分子换算成一致的。感激不尽哪！
A:
直接比较绝对能量没意义。你应该比较诸如反应势垒的高低之类的量
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2015.07.08 22:51:33
Q:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用，如果我要研究小分子和氨基酸的相互作用，是不是必须将小分子和氨基酸放在一起，计算wfn，然后图形化分析？
采用multiwfn单独分析小分子的分子内弱相互作用应该也可以把
A:
是的
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2015.07.08 23:01:32
Q:
请问高斯优化得出的分子结构是0K时的分子结构吗？
只有优化命令的话，是0k
哦谢谢那啥情况下不是0K呢
分子在不同温度下构型会改变吗？改变了还是一个东西吗？只是能量不同，我是这么理解的，大牛们我说的不知道对不对
我觉得计算时候显示出来的是0k的结构，只有加了温度才能振动
A:
　ミン几何优化没有温度的概念，得到的是势能面模型的能量极小点，是个理论结果，独立于温度。说0K的都是完全误解，即便0K时原子也在振动，只能定义振动平均结构。
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2015.07.09 00:13:34
Q:
请教一下：酸性氨基酸和碱性氨基酸残基的侧链形成盐桥，这个盐桥形成的条件是什么？比如，两个原子间的距离小于某个cutoff？
A:
可以用距离判断
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2015.07.09 00:27:33
Q:
[图片]
[图片]
[Emoticon]
[图片]
[Emoticon]这是什么情况
大家被你萌到了[Emoticon]
A:
请勿在主群发一堆无学术价值的图
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2015.07.09 00:32:58
Q:
请问, multiwfn是不是不可以分析周期性结构?
A:
计算时不直接支持周期性，但可以延展成团簇来处理。也支持高斯的PBC功能产生的fch文件，可以用multiwfn自带的功能进行平移复制后再分析，见手册4.6.3节的例子
[图片]
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2015.07.09 00:33:14
Q:
请问大家，键的旋转需要算过渡态吗？
A:
看具体什么键。往往有过渡态，比如乙烷的甲基旋转。
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2015.07.09 00:53:23
Q:
请问各位大神，淘宝上的主机敢买能用吗？比如这个i7-4790k，好便宜，主频4G啦。淘宝商品:顺丰包邮i7 4790K/技嘉Z97 8G四核台式组装电脑主机DIY整机兼容机 http://b.mashort.cn/S.fbKlH?sm=39a30a (复制整段信息，打开手机淘宝可直接访问)
A:
支持踢的举手
Q:
报告大神，真心不是广告
A:
怎么看都像宣传广告
Q:
我看了sob和小卒文章的
就是小白，所以求教啊
因为看各位大神意见，主要追求主频高
A:
很一般。硬盘光是个120G SSD肯定不够用。
Q:
那再加机械硬盘可以吗
A:
可以
价格本身倒是没太大水分，和自己攒也差不太多
Q:
sob大神能给个现在的建议配置不？麻烦了
A:
单路计算化学攒机配置推荐
http://sobereva.com/243
Q:
看过文章了，4790k的CPU可不可以啊。
A:
可以
Q:
我就是不知道z97主板行不？不要变成大马拉小车
A:
Z97没问题
----------------------------------------------------
2015.07.09 00:58:46
Q:
sob老师，键的旋转仅是为改变分子的取向，这时候是否没有过渡态呢？
A:
不看结构不好说。如果拿不准，可以做一下二面角扫描，用半经验扫，速度很快。
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2015.07.09 01:07:18
Q:
[图片]上面为-C2H5，C2H5与下面催化剂之间的C-M键的旋转，而C2H5整体不改变。sob老师，这样的旋转应该不需要搜索过渡态吧？@Sobereva
A:
也可能有势垒，有势垒就有对应的过渡态。不过势垒即便有应该也非常浅
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2015.07.09 01:17:21
Q:
请问这个原子厚度测试合理吗？
MgO的（001）面
A:
字号设小点
Q:
[图片]
纵轴单位是J/m2
表面能
A:
Sobereva(190258442) 17:19:00
字号设小点
Q:
[Emoticon]
A:
注意看群共享里的群规章制度
Q:
[图片]
哦
最小了
A:
不要反复发图
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2015.07.09 01:36:51
Q:
你好，一直不输出了
[图片]
这个文档也是[图片][Emoticon]
A:
还在算着就继续等
耗时的任务总要写上#P便与监控输出
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2015.07.09 01:41:52
Q:
请问一下……ADMP的文件怎么Restart呢，光是ADMP=Restart guess=read geom=check好像不行的样子？
A:
只写ADMP=restart就够了
Q:
[图片]
……额，报错了，这是？
A:
刚才没说清楚，应该写# 方法/基组 ADMP=restart
如果对你当前的体系不行，先找个小体系随便试试
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2015.07.09 02:49:42
Q:
[图片] HOMO ->LUMO：ICT HOMO-1 ->LUMO：ICT&ππ* HOMO-2 ->LUMO：ππ* HOMO-2 ->LUMO+2：ICT HOMO ->LUMO+1：ICT HOMO-3 ->LUMO：ICT HOMO-2 ->LUMO+1：ππ* HOMO-2 ->LUMO+3：ππ* HOMO-2 ->LUMO：ππ* HOMO-1 ->LUMO+1：ICT HOMO-2 ->LUMO+1：ππ* HOMO-1 ->LUMO+2：ICT&ππ*
请教老师我分析的对不
额各位老师那我该怎么看呢
A:
怎么判断都写在这帖子里了
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2015.07.09 03:23:50
Q:
求教大家，有做溶剂模型计算的吗？因为刚接触，有点儿不太明白。想请教一下。
应该如何选取适合的模型进行计算呢
比如CPCM，SCIPCM,还有SMD模型有什么不一样，看了说明书也不太懂，求教大家。
A:
就用SMD就行了，别的别用
Q:
PCM呢，这个是默认的吧。
A:
SMD属于PCM类中的一种
Q:
就是说把PCM关键词换成SMD就可以吗？
A:
scrf=SMD
Q:
[图片]
这个是我原来的输入文件，后面的read什么的都不变吧，它可以直接做优化和频率吗？谢谢Sob老师。
A:
PCM改成SMD就行了。
scf=tight是多余的
Q:
好的老师，那还用做频率分析吗？我看有人说可以先优化完再单独做频率，是直接跟优化一起做还是单独做好呢。老师
还有就是直接写PCM跟写SMD区别在哪里？不是很明白，是说PCM范围比较广吗？
A:
PCM本身只定义了静电部分。SMD同时考虑了静电和非静电部分，静电部分是IEFPCM，非静电部分略复杂，原理看SMD的原文。计算溶解自由能SMD比高斯里支持的其它隐式溶剂模型都准。
是否连一起做随便
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2015.07.09 03:30:03
Q:
请教下，文章中发表的（gaussia计算的)分子轨道一般用什么软件作图[图片]
A:
gview或Multiwfn或Multiwfn+VMD
Q:
哦哦，哪一种更专业些，以区分吗
@Sobereva
A:
Multiwfn最方便、最快。结合VMD效果更是绝赞。见
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
gview效果还成，但是体系大了产生轨道的速度极慢。
另外Multiwfn、VMD都是免费的，不用担心gview版权问题
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2015.07.09 03:57:05
Q:
请问，用Multiwfn做Orbital composition analysis ，能不能结合轨道跃迁一块分析，分析的时候是用mulliken还是选别的？问题表达的不是很清楚，谢谢@Sobereva
A:
应当先明确想怎么分析，然后才是怎么操作。
Q:
谢谢老师，我是想做HOMO与LUMO轨道组成分析
A:
那就做呗
Q:
是用mulliken还是别的呢，我计算的时候好像默认用的就是mulliken
A:
如果你只讨论原子的贡献用Hirshfeld或becke
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2015.07.09 04:10:10
Q:
g09扫描二面角的时候
如果从0扫描到180
需要把初始结构的角度设置为0度吗
A:
需要。
但如果是柔性扫描，也可以直接在扫描设定中指定初始值。
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2015.07.09 04:29:22
Q:
请教一下各位老师，在做Gromacs Tutorial的Umbrella Sampling教程的时候，在拉伸模拟的时候一直出现这个错误，该如何解决？[图片]
A:
mdp里没定义它
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2015.07.09 05:10:36
Q:
benzenedimer.wfn谁给我一个
A:
群共享
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2015.07.09 05:33:29
Q:
前几天我还遇到同一个输入文件用不同版本的G09算出不同的SCF能量呢
不晓得……具体情况具体判断，我只是吐个槽而已
A:
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
同一个版本相同的输入文件尚且无法确保结果不同，不同版本有差异更正常了
所以横向对比的时候必须版本一致
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2015.07.09 06:37:07
Q:
[图片]
奇怪了，同样的输入文件，在某一台小的服务器上可以续跑，在这一台上就不行
……噢，可以跑的是G09.A，不可以跑的是G09.D
……难道说和版本又有关系？
A:
关系大得很
Q:
……那么我应该怎么写呢
现在搞不清楚语法应该是什么样的了
A:
按手册写不灵就说明是bug，找客服
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2015.07.09 06:52:42
Q:
如果我做柔性扫描，扫到过渡态和产物，那么可不可以说着条路径是这个反应物到产物的一个最低反应路径？
[图片]
A:
当然不能，IRC才是。
你扫出来的只是你设定的某变量的扫描路径上的能量最低路径
我说的不是这点
Q:
在扫描之初，我是不知道会得到这个产物，而扫描这个变量得到的产物可能会有三种，那是否可以说这个路径和过渡态是能量最小的。
还有一个问题，就是我用B3LYP、BMK找一个过渡态都没找到，但是用MP2找却找到了，由于这个过渡态的IRC主要是一个键的伸缩振动，于是我又用B3LYP、BMK做了这个变量的刚性扫描，发现是没有能量升高又下降的趋势，但是接着我又用CCSD(T)做了这样的刚性扫描却找到能量升高后又降低的趋势，这样做是否可以证明这个过渡态是确实存在的
A:
不足以严格说明。
用M062X找过渡态试试。
Q:
如果用M062X找到了，是不是说明B3LYP BMK不适合计算我所用的体系
A:
姑且算是。
如果能用双杂化泛函或者CCSD找过渡态确认一下更好。
Q:
双杂化泛函好像计算量比较大
A:
和MP2一样
Q:
DSD-BYLP这种就是双杂化泛函吧
A:
DSD-BLYP是
Q:
嗯，手一抖打错了，明白了
所谓的双杂化具体是什么意思，为何一般的杂化泛函找不到这样的过渡态
A:
另外可以验证的做法就是用CCSD(T)计算MP2产生的IRC上每个点的能量，这样也比直接扫描要合理
HF成分越高的泛函越容易有过渡态，势垒很小的过渡态用HF成份低的泛函可能就没了
Q:
[图片]为何呢？
A:
因为HF高估势垒，GGA低估势垒
Q:
有道理，但是操作起来可能有点麻烦
A:
毫不麻烦
Q:
高斯从chk中读取IRC的路径点吗？
A:
高斯里直接就提供IRCMax关键词
Q:
chk不储存irc路径点波函数信息吧
A:
不储存
Q:
我记得群主做过一个波函数随irc演化的动画。就是读出结构单独计算
A:
利用这个工具，也可以直接得到IRC每个点的单点任务输入文件，批量执行批量提取就完事了
产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
还是用我这个工具吧
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2015.07.09 17:01:46
Q:
请问老师VMD能画出来这样带坐标的图吗[图片]
A:
坐标显然是ps上去的
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2015.07.09 17:02:34
Q:
请教大家一个问题文献上算玻尔兹曼常数乘以室温算出来为200波数这是怎么算出来的呢我算出来不一样呢
A:
对文献理解不对。若是用理想气体常数那么乘，结果是207 *1000cm^-1
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2015.07.09 17:06:46
Q:
请问下我的是g09B01计算版本，每次ssh登陆提交任务后，只要一关闭ssh，计算就停止了
这个跟G09D01有区别么？
感觉提任务的命令都不一样
用hohop提任务么
A:
用nohup g09 < test.gjf > test.out &。然后登出时候用exit。或者用setsid，这样登出时可以不用exit
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2015.07.09 19:05:46
Q:
请问dft理论下作出的mo图是波函数的值还是density
A:
既然你指的MO当然是轨道波函数。
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2015.07.09 20:44:33
Q:
大家有关于高斯基组使用的一些参考资料吗？比如说算一个分子，对于其中的一个原子应该什么时候添加极化函数，什么时候添加弥散函数，找个Sob老师的帖子，没有找到我想找的
A:
任何时候都需要极化函数，后HF需要更多的极化函数。弥散函数此帖有讨论
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
群共享里基组入门资料小合集建议看看
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2015.07.09 23:12:46
Q:
用VMD可以看总电荷密度吗？
A:
Star 如果你是指电子密度，用Multiwfn产生电子密度的cube文件，放到VMD里绘制等值面图或者截面图。volmap只是根据原子类型十分近似地产生密度格点数据。
Q:
在计算激发态的电子自旋密度的时候，若在高斯输入文件里面带有Density=Current关键词，使用Multiwfn作电子自选密度图时，没有图像显示，这该如何处理？谢谢！
A:
对于参考态是闭壳层的情况，你若用TD、CIS、CAS，是得不到激发态自旋密度的。如果你考查的是T1，就直接用UDFT来算就行了，能得到自旋密度。
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2015.07.09 23:35:09
Q:
请教各位，在Gaussian中用Field加外电场时，手册中写道
“The Field keyword requests that a finite field be added to a calculation. In Gaussian 09, the field can either involve electric multipoles (through hexadecapoles) or a Fermi contact term. ”
请问electric multipoles和Fermi contact term的含义是什么，它们之间有什么区别？
A:
如果你不打算涉及这些，就不用管它们，一般该怎么加均匀电场就怎么加。
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2015.07.09 23:47:41
Q:
有gaussian拟合单独的键的伸缩和二面角弯曲力常数的相关资料吗？谢谢！
A:
做势能面扫描然后拟合就行了，可以参考比如http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
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2015.07.10 00:53:00
Q:
请问8月份的培训主要软件是Multiwfn，换有没有其他的软件？
A:
中文。
8月份的波函数分析培训一半讲理论，一半讲Multiwfn。量化基础培训班只涉及一丁点Multiwfn
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2015.07.10 01:00:02
Q:
谢谢Sob
手册里有这句
"Thus, Field=X+10 applies an electric dipole field in the X direction of 0.001 au, while Field=XXYZ-20 applies the indicated hexadecapole field with magnitude 0.0020 au and direction opposite to the default (which is determined by the standard orientation). "
请问Field=X+10就是在X方向上加均匀电场的意思吗？那Field=XXYZ-20这是一个什么样的电场？
A:
是
XXYZ属于十六极场，你不用管
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2015.07.10 01:02:42
Q:
若是用理想气体常数那么乘，结果是207 *1000cm^-1—我算出来怎么是207啊老师
A:
理想气体常数R=8.3144648 J/mol/K=1.9858995 cal/mol/K= 0.003166811 hartree/K
1Hartree=2625.500kJ/mol=627.5095kcal/mol=27.2113838eV=4.3597482E-18J=219474.6363cm^-1
0.003166811*298.15*219474.6363=207224.59 cm^-1=
Q:
我觉得你应该转化成KJ/MOL，因为你转化文献里面的，精度可能就和别人原文的不一样。
不用吧。就把你需要对比的数据转换就行了。
A:
可以转换。
单位统一是有益的，便于比较。
物化学报很疯狂，要求所有单位都得用SI单位。
Q:
[Emoticon]
A:
写埃居然都不行
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2015.07.10 02:03:55
Q:
老师，想请教下casscf做irc的问题：怎样才能得到irc过程中每一点的轨道信息呢，或者说能不能irc的每一点都产生一个check文件呢
A:
产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
----------------------------------------------------
2015.07.10 02:14:19
Q:
sob老师，用fchk文件在Multiwfn按照步骤做UV图，11-3后就闪退，而log文件没事，这是为什么呢
A:
从来没说过能用fchk文件做UV图
----------------------------------------------------
2015.07.10 02:16:56
Q:
老师 win下的gauss09 做第二步计算怎么读上一步优化的文件啊把chk 和 out文件放在同一个文件夹里？
A:
%chk和上一次计算一致。写geom=check可读取上一次最终的结构
Q:
[图片] 这样写行不我上一步命令里面没有写%chk=什么，要去Scratch文件夹中找chk名么
A:
没写%chk则算完后chk已经自动删除了
----------------------------------------------------
2015.07.10 03:11:06
Q:
CAM-B3LYP 写法是 CAM-B3LYP吗？
A:
RTFM
----------------------------------------------------
2015.07.10 04:33:07
Q:
力场文件如此简单，真能描述大分子中各原子的行为？
尤其是，跑分子动力学，如果力场不好，误差越积越多，最后结果惨不忍睹。
这样的计算，有意义吗？
A:
有意义
误差并不会累积
对于合理的力场，模拟过程中的误差只是噪音的程度，并不会影响体系特征、行为的正确描述。
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2015.07.10 04:37:55
Q:
请问如果用高斯计算的分子，总是计算显示震荡，循环了好多圈都还没有结果。就算最后输出的结果也类似于算一半的log文件。
不知道该怎么办？新手一枚，请前辈解答一下
ps:我已经有尝试用scf=qc去算了还是那样子。
[图片]
就算到这里终止，它输出了。
请问怎么改呢
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.07.10 04:52:28
Q:
我一直有个疑问四个原子能描述两个面么
不是三点确定一个面？
这上面哪有角度啊
二面
[图片] 这个角度有180？
不是，
1-2-3-4
形成的面
A:
[图片]
Q:
哦献丑了 [图片] 这样点能反应上面和下面苯环面的夹角么
A:
不能
Q:
或者这个
[图片]
A:
[图片]
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2015.07.10 05:32:02
Q:
各位大神，能否问一下，算自由基紫外光谱，用什么方法好？找了一天文献，也没看到有类似报道的文献
体系不大，40到50原子左右，最多就三个共轭环（苯，呋喃，噻吩，吡啶），服务器还可以。计算资源不是什么问题。只是说我需要文献来支撑某种方法是可靠的。free radical dft free radical ultraviolet absorption(dft) free radical excited states free radical uv-vis，，都作为关键词搜索过，还是找不到相关文献。所以头疼...
A:
这种大小的只能用TDDFT
得看你算多大的，精度要求多高，机子如何
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2015.07.10 05:43:03
Q:
老师，我跑完irc 正常终止后的得到反应物，将反应物优化还是不收敛，是过度态不对吗？
A:
否
Q:
请问，我IRC用QS2也不收敛怎么办啊？
换LQA么？
[Emoticon]谢谢群主，QS2没有收敛的好策略了吧
A:
那是GS2
Q:
恩，GS2
A:
步长小点更容易收敛，但很小时还没法收敛就别用了。
一般默认的HPC方法不灵的时候我都先用LQA
----------------------------------------------------
2015.07.10 05:45:15
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
对
----------------------------------------------------
2015.07.10 05:57:13
Q:
请教一个问题文献里说charger transfer from alumina to Pd
是什么意思啊
是指电子由氧化铝转移动啊Pd吗
还是电子从Pd转移的氧化铝
？
看糊涂了
A:
这事在《量子化学中的一些常见不良写法和用词》（http://sobereva.com/298）里专门提到过。你得从文章其它部分试图搞明白，或者问作者。
8 慎用“电荷”这个词
描述问题时一定要慎用“电荷”这个词，因为指代不明。电子、原子核都带有电荷，而且，电子的电荷值还是负值，这很容易造成歧义。比如，对某个化学过程，说A片段的电荷减少了，B的电荷增加了，那么这到底是A的电子转移到了B，还是B的电子转移到了A？这要是理解错了就太要命了。两种理解哪个从语义上都对，假定作者这里把“电荷”等价于“电子”，那就是A的电子向B转移；如果是按照电荷的数值来说的，由于电子的电荷值为负，A的电荷减少了就应理解为B的电子向A转移了。
所以我很讨厌用电荷这个词。应该明确地说电子的增减、电子是怎么转移的，就不会有歧义了。
----------------------------------------------------
2015.07.10 06:04:12
Q:
nohup: ignoring input and redirecting stderr to stdout这个是什么错误啊老师
A:
不是错误
Q:
nohup: ignoring input and redirecting stderr to stdout这个该怎么解决啊老师
A:
错误不在这里，而是你输入的命令行不对
----------------------------------------------------
2015.07.10 06:09:55
Q:
老师：您好！请问怎样用Multiwfn算质心
A:
100
21
all
输出的Center of mass (X/Y/Z)就是
也可以计算一部分原子的质心
----------------------------------------------------
2015.07.10 06:12:07
Q:
老师帮忙推荐几本计算化学理论基础书
A:
看此贴2L
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1372
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2015.07.10 06:12:49
Q:
,我刚刚注册了论坛，能否验证一下啊，想下载几篇之前你在里面写的稿子。[图片]，谢谢
A:
审核完了
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2015.07.10 06:14:00
Q:
我刚刚看到有人说算NICS的时候要加：”gfinput“，请问这是？
A:
不用加，网上一些人净瞎说
Q:
哦！我差点又被误导了，那请问这个“gfinput”是啥？在计算什么或者处理什么问题的时候要用呢？
A:
输出基组的定义
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2015.07.10 18:03:52
Q:
请教一个问题，总的来说，同一种赝势，芯电荷高的赝势（比如Ag.11）比芯电荷低的赝势（Ag.1）好吗? 因为前者包含的“真实”的电子波函数更多. 老师
A:
分大核和小核赝势，小核通常比大核好。尤其是波函数分析，一定要用小核赝势
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