计算化学公社

标题: 辅助基线性相关，我应该怎么改输入？ [打印本页]

作者
Author: timandywang 时间: 2022-10-15 01:24
标题: 辅助基线性相关，我应该怎么改输入？
输入和输出我贴在附件里了。计算体系是Cu, P, S, C, H。共560原子，1600多个电子。用的是大核ECP基组，Cu是CRENBS赝势基组，H, C, P, S用的SBKJC-VDZ赝势基组，从basissetexchange上拷的基组。输入文件我是这么产生的，先高斯用#p b3lyp/genECP em=gd3 nosymm int=nobasistransform guess(only,save)关键词产生初猜chk文件，再formchk产生fchk文件，再用MOKIT里的fch2mkl模块产生的ORCA输入文件。然后再修改输入文件，用的ORCA关键词是:
! PBE0 D3ZERO NORI noautostart miniprint nopop
%maxcore 5000
%pal nprocs 40 end
%tddft
nroots 3
end

因为之前我之前开着RIJCOSX并使用AUTOAUX，产生了辅助基线性相关，所以最新的计算里我关了辅助基组，也直接NORI了，还是有附件.log文件里的报错：
WARNING! Potentially linear dependencies in the auxiliary basis
===>> At the moment, SHARK is not equipped to deal with this

我现在有点懵逼啊，这是哪个地方出的问题，我应该怎么改，是这个ECP基组没法用吗？用这套基组纯粹就是为了大体系加快速度，因为他基函数少。
望大佬们不吝赐教，本菜鸟不胜感激！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-15 02:07
用RIJCOSX的时候，应该写NoRIJCOSX才能关掉RIJCOSX。
不过这个体系这么大，还是想方设法用上RIJCOSX才好。可以用def2/J作为辅助基组。虽然它不是你的赝势基组标配的，但是def2/J对于你这个基组肯定是可以用的，原因是：def2/J可以配合def2-TZVP用，也就是def2/J可以准确地展开def2-TZVP基组算出来的基态密度，而你的赝势基组，不管是内层的基函数、外层的基函数还是极化函数，都比def2-TZVP少，因此def2/J肯定也可以准确地展开你的基组算出来的基态密度。
此外，写orca输入文件大可不必这么麻烦，BSE上可以选择导出成orca格式，然后复制粘贴进orca输入文件里就可以了。具体看orca说明书

作者
Author: timandywang 时间: 2022-10-15 04:48

wzkchem5 发表于 2022-10-15 02:07
用RIJCOSX的时候，应该写NoRIJCOSX才能关掉RIJCOSX。
不过这个体系这么大，还是想方设法用上RIJCOSX才好。 ...

我现在开着RIJCOSX，辅助基组用了def2/J，还是同样的报错，我非常不理解是咋回事

作者
Author: niobium 时间: 2022-10-15 09:04
可以把SHARK关掉，用libint

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-10-15 15:45
我了解的后续跟进：使用fch2gbw小程序从fch文件产生ORCA gbw文件，使用fch2mkl小程序从fch文件产生inp文件，inp文件内关键词改为
! PBE0 D3ZERO RIJCOSX TightSCF
%basis
AuxJ "def2/J"
end
有inp有gbw，ORCA会自动从gbw里读取初始轨道，然后就可以很快到SCF计算了，目前SCF跑了7圈，能量下降情况稳定。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-15 17:19
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-10-15 10:25 编辑

zjxitcc 发表于 2022-10-15 08:45
我了解的后续跟进：使用fch2gbw小程序从fch文件产生ORCA gbw文件，使用fch2mkl小程序从fch文件产生inp文件 ...

明白了，原因是PModel初猜会强制使用辅助基，而这个辅助基和用户指定的AuxJ基不一样，且用户不能修改（不是程序限制，而是算法限制）。
这种情况下可以试试用PAtom初猜

作者
Author: timandywang 时间: 2022-10-17 11:07

wzkchem5 发表于 2022-10-15 17:19
明白了，原因是PModel初猜会强制使用辅助基，而这个辅助基和用户指定的AuxJ基不一样，且用户不能修改（不 ...

更新一下情况，我按照5楼的方法产生gbw做初猜，然后单点可以顺利跑起来了。
之后我尝试做优化，第一个单点还有第一个结构对应的前三个激发态都能正常跑。跑到SCF gradient的时候挂了。内存应该是很足的，不知道为何中止了，以下是报错信息：
-------------------
TD-DFT/TDA GRADIENT
-------------------

Reference wavefunction          ... RHF
State of interest                ... 1
Basis dimension                   ... 2968
DFT-XC contribution needed       ... YES
RI-approximation                ... ON
CIS-vectors being read from       ... test.cis

=> Number of Vectors found: 3
=> Orbital Window: 0...835 -> 836...2967

Reading the CIS file                   ... done
Norm of the CI vector                   ... 1.000000000
Making the CIS (pseudo)densities       ... done
Making operators G(D) and Q(T)          ...
ORCA finished by error termination in SCF gradient
Calling Command: mpirun -np 30  /mmfs1/home/twang91/scracth/orca503x8664omp411/orca_scfgrad_mpi test.scfgrad.inp test
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-17 15:14

timandywang 发表于 2022-10-17 04:07
更新一下情况，我按照5楼的方法产生gbw做初猜，然后单点可以顺利跑起来了。
之后我尝试做优化，第一个单 ...

是怎么判断内存很足的？

作者
Author: timandywang 时间: 2022-10-21 00:42

wzkchem5 发表于 2022-10-17 15:14
是怎么判断内存很足的？

用了一个胖节点，差不多一个核可以给到15GB内存，应该内存没爆吧...我猜测，这个如果是内存问题我想办法再加加内存

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