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标题: 求助：蛋白质pdb改写data文件 [打印本页]

作者
Author: qixi 时间: 2022-10-15 21:17
标题: 求助：蛋白质pdb改写data文件
本帖最后由 qixi 于 2022-10-15 21:17 编辑

如题，本人有蛋白质的pdb文件，想使用lammps做模拟，可是改写的data文件（oplsaa）一直出错，有没有大佬可以帮忙改写或者指导一下我的错误
错误大多是运行时出现bond/angle atoms missing

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-15 22:46
蛋白质用GROMACS模拟远远好于lammps，速度快得多得多，还有专门创建蛋白质拓扑文件的pdb2gmx，还自带了诸多蛋白质相关的分析工具，还有现成的很新的蛋白质力场的专门的力场包。不知道你有什么特殊目的非得用lammps

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2022-10-16 12:27
如果你的力场参数没问题的话，可以减少步长避免报错

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