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标题: 求助用Gromacs进行蛋白-配体复合物的动力学模拟在加离子后用grompp时报错 [打印本页]

作者
Author: LvYang 时间: 2022-10-15 23:27
标题: 求助用Gromacs进行蛋白-配体复合物的动力学模拟在加离子后用grompp时报错
能量最小化时，gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr指令报错。
能量最小化前的添加抗衡离子步骤中，我用6个CL替换掉了6个溶剂分子，使体系达到电荷平衡，并得到更新后的top文件；
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
接着进行体系能量最小化的步骤中，我在输入生成tpr文件的指令时（gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr），显示报错：
Setting the LD random seed to 745492415
Generated 167799 of the 167910 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 1
Generated 117519 of the 167910 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A'
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'UNL'
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'

ERROR 1 [file topol.top, line 24633]:
No such moleculetype CL

说是top文件里并没有CL分子类型，我在top文件中[ molecules ]前添加#include ions.itp，依旧报错，问题没有解决。
我查询上一步平衡体系离子生成的文件中，并没有ions.itp或CL.itp文件，请问我该如何解决这个问题呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 1) [attach]56813[/attach]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-16 00:00
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “利用Gromacs进行蛋白-配体复合物的分子动力学模拟” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: LvYang 时间: 2022-10-16 12:25

sobereva 发表于 2022-10-16 00:00
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，sob老师，我下次发帖一定注意标题格式！

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-16 12:29

LvYang 发表于 2022-10-16 12:25
好的，sob老师，我下次发帖一定注意标题格式！

去力场文件目录下找ions.itp在哪
或者直接用pdb2gmx产生一个top文件，参考里面是怎么引入ions参数的

作者
Author: LvYang 时间: 2022-10-16 13:16

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-16 12:29
去力场文件目录下找ions.itp在哪
或者直接用pdb2gmx产生一个top文件，参考里面是怎么引入ions参数的

感谢您的解惑，我在top文件中找到了引入ions参数的指令

但是依旧不能解决该问题，引入ions.itp文件后，进行gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr指令，依旧会有上述同样的报错。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-16 13:54

LvYang 发表于 2022-10-16 13:16
感谢您的解惑，我在top文件中找到了引入ions参数的指令

但是依旧不能解决该问题，引入ions.itp文件后 ...

你这样写的话，力场文件charmm36.ff需要放在top文件同目录下，力场文件的目录中需要包含所有需要的itp文件

作者
Author: LvYang 时间: 2022-10-17 20:19

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-16 13:54
你这样写的话，力场文件charmm36.ff需要放在top文件同目录下，力场文件的目录中需要包含所有需要的itp文 ...

力场文件charmm36.ff和top文件是处在同一文件目录下的，但是报错的原因我无法理解，平衡离子的过程中我确实添加了六个CL，为什么在能量最小化时指令却报错说top文件没有CL分子类型呢？
还是说我需要自己手动创建一个6CL的itp文件放在力场文件charmm36.ff下，如果是，这种文件该怎样创建呢？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-17 23:27

LvYang 发表于 2022-10-17 20:19
力场文件charmm36.ff和top文件是处在同一文件目录下的，但是报错的原因我无法理解，平衡离子的过程中我确 ...

在力场文件中的ions.itp里面找定义CL的部分
如果没有就重新下载力场文件，如果有应该不会报错

作者
Author: LvYang 时间: 2022-10-18 00:28

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-17 23:27
在力场文件中的ions.itp里面找定义CL的部分
如果没有就重新下载力场文件，如果有应该不会报错

感谢老师！问题已解决

ions.itp文件中的117行氯原子一开始的写法是CLA，但是gromacs中输入指令识别的原子格式是CL，删除A，报错解除。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-18 09:55

LvYang 发表于 2022-10-18 00:28
感谢老师！问题已解决

ions.itp文件中的117行氯原子一开始的写法是CLA，但是gromacs中输入指令识别的 ...

这种情况一般应该改top文件而不是itp文件，不过对氯离子来说影响应该不大

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