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标题: CP2K计算配位数如何区分不同配体的氧原子 [打印本页]
作者
Author: chands    时间: 2022-10-16 11:45
标题: CP2K计算配位数如何区分不同配体的氧原子
本帖最后由 chands 于 2022-10-16 11:54 编辑

各位老师，

体系是H2O-乙醇混合溶液，设置两个collective variable计算中心离子与H2O以及乙醇的配位数。这两种配位理论上都是氧配位，但是我想把H2O的氧和乙醇的氧区分开来，基
  1. &COLVAR
  2.       &COORDINATION
  3.             KINDS_FROM Na
  4.             KINDS_TO O #这里是H2O的氧               
  5.             R0  4
  6.             NN  6
  7.             ND  12
  8.       &END COORDINATION
  9.     &END COLVAR
  10.    &COLVAR
  11.       &COORDINATION
  12.             KINDS_FROM Na
  13.             KINDS_TO O #这里是乙醇的氧               
  14.             R0  4
  15.             NN  6
  16.             ND  12
  17.       &END COORDINATION
  18.     &END COLVAR
复制代码
试过几种方法，如果KINDS_TO哪一行用原子序号表示
  1. &COLVAR
  2.       &COORDINATION
  3.             KINDS_FROM Na
  4.             ATOMS_TO x x x  #这里是H2O的氧的序号
  5.             R0 4
  6.             NN 6
  7.             ND 12
  8.       &END COORDINATION
  9. &END COLVAR
  10. &COLVAR
  11.       &COORDINATION
  12.             KINDS_FROM Na
  13.             ATOMS_TO x x x x  #这里是乙醇氧的序号
  14.             R0 4
  15.             NN 6
  16.             ND 12
  17.       &END COORDINATION
  18. &END COLVAR
复制代码
程序能正确运行。但是我有N多乙醇分子N多N多H2O分子，这样写起来很麻烦。如果我在坐标里用X代表H2O的氧原子，乙醇的氧还是用O表示
  1. &COORD
  2.       X ...  #H2O的氧原子
  3.       O ...  #乙醇的氧原子
  4. &END COORD
  5. &KIND X
  6.       ELEMENT O
  7. &END KIND
  8. &COLVAR
  9.       &COORDINATION
  10.             KINDS_FROM Na
  11.             KINDS_TO O  #这里本意是只数乙醇的氧，不数H2O的氧。
  12.             R0 4
  13.             NN 6
  14.             ND 12
  15.       &END COORDINATION
  16. &END COLVAR
复制代码

结果发现KINDS_TO O眉毛胡子一把抓，核桃栗子一起数，把H2O和乙醇的氧都数了。如果把KINDS_TO O改成KINDS_TO X则报错。

请问是否有简单的写法能区分两个配体的氧原子，不用把这么多原子序号都写上？











作者
Author: planet5460    时间: 2023-2-22 10:41
可以在基组那里定义，把水的O定义成O_H2O，乙醇的O不变。
作者
Author: chands    时间: 2023-2-22 11:24
planet5460 发表于 2023-2-22 10:41
可以在基组那里定义，把水的O定义成O_H2O，乙醇的O不变。

谢谢，我试试。



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