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标题: 蛋白模拟时遇到atom O used in an interaction of type angle is not found 怎么解决 [打印本页]

作者
Author: SheYilin 时间: 2022-10-16 21:32
标题: 蛋白模拟时遇到atom O used in an interaction of type angle is not found 怎么解决
本帖最后由 SheYilin 于 2022-10-16 23:21 编辑

gromacs将pdb文件转换为top和gro文件的时候，选择的是Gromos54a7力场（力场aminoacids.rtp中HYP angles数据附后），出现Warning: Residue 29 named HYP of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the atom O used in an interaction of type angle in that entry is not found in the input file. 我查看了pdb文件中的29号残基，没有发现问题（pdb文件里29号残基数据附后）。请问大家怎么解决呢？谢谢大家
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作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-16 23:06
把当aminoacids.rtp和pdb文件上传，别人才好判断

作者
Author: SheYilin 时间: 2022-10-16 23:19

sobereva 发表于 2022-10-16 23:06
把当aminoacids.rtp和pdb文件上传，别人才好判断

好的谢谢提醒

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-16 23:30
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-16 23:35 编辑

我下载你的文件运行没有问题，请检查你使用的力场和pdb文件对不对

作者
Author: SheYilin 时间: 2022-10-16 23:36

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-16 23:30
我下载你的文件运行没有问题，请检查你使用的力场和pdb文件对不对

我运行的时候是可以成功得到top文件和gro文件，但是会有warning，请问老师运行的时候没有出现warning么，谢谢啦

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-16 23:55

SheYilin 发表于 2022-10-16 23:36
我运行的时候是可以成功得到top文件和gro文件，但是会有warning，请问老师运行的时候没有出现warning么， ...

这个是正常的
http://bbs.keinsci.com/thread-18210-1-1.html

作者
Author: SheYilin 时间: 2022-10-17 07:55

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-16 23:55
这个是正常的
http://bbs.keinsci.com/thread-18210-1-1.html

好的谢谢，我收到的warning是atom O used in an interaction of type angle is not found，就不知道怎么解决了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3D&noupdate=yes

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-17 10:54

SheYilin 发表于 2022-10-17 07:55
好的谢谢，我收到的warning是atom O used in an interaction of type angle is not found，就不知道怎么 ...

抱歉，贴错链接了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;highlight=gromos

作者
Author: SheYilin 时间: 2022-10-17 11:14

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-17 10:54
抱歉，贴错链接了
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=25775&highlight=gromos

明白啦，非常感谢

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