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标题: 使用MM/PB(GB)SA方法计算有配位键参与的配体和受体的结合自由能时应该如何处理？ [打印本页]

作者
Author: t11b41 时间: 2022-10-17 16:43
标题: 使用MM/PB(GB)SA方法计算有配位键参与的配体和受体的结合自由能时应该如何处理？
首先，经过尝试AmberTools可以正常的计算出带有金属且使用bond命令处理后的体系的结合能。但是不清楚这个能量是否准确，MM/PB(GB)SA方法是否能准确的计算金属与小分子配体之间形成的配位键能量？是否可以采取从体系中删除金属离子，计算配体和受体之间的结合自由能，在单独加上配位键键能的这种策略？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-17 17:38
明显不准确。这需要用量子化学方法来算。常规方法是用簇模型计算结合自由能，参考
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

作者
Author: t11b41 时间: 2022-10-18 09:20

sobereva 发表于 2022-10-17 17:38
明显不准确。这需要用量子化学方法来算。常规方法是用簇模型计算结合自由能，参考
要善用簇模型，不要盲目 ...

谢谢Sob老师！

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