计算化学公社

标题: ORCA中.inp和.xyz文件的计算转换 [打印本页]

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Author: 高糕糕 时间: 2022-10-17 20:12
标题: ORCA中.inp和.xyz文件的计算转换
我在gromacs 的培训课程中用到了ORCA和Multiwfn计算原子电荷，在使用脚本的过程中需要ORCA的输入文件。我根据sob老师的步骤去做，但是我不会用ORCA将.inp计算出.xyz，如果我不进行下一步的计算，程序就会报错。我去找过手册和论坛，但是没有找到确切的回答，所以请教大家，能帮我解答一下。

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Author: sobereva 时间: 2022-10-17 20:30
ORCA怎么运行输入文件此文写明了
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）
怎么运行输入文件绝对不可能手册里没写

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Author: 高糕糕 时间: 2022-10-17 22:27
老师，我在将.inp文件转为.out文件，进而得到.xyz文件的时候，出现这个错误，是我的路径写的不对吗，我在里面加过root也不行。想请您解答一下

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Author: sobereva 时间: 2022-10-17 23:42

高糕糕发表于 2022-10-17 22:27
老师，我在将.inp文件转为.out文件，进而得到.xyz文件的时候，出现这个错误，是我的路径写的不对吗，我在里 ...

一个字一个字好好看2L提到的文章，输入文件哪是这么运行的，又不是bash脚本之类

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Author: pikachuupup 时间: 2022-10-18 21:34
运行输入文件的命令不对，可以去看看手册，再者提醒一下记得要在输入文件所在的文件夹目录下计算

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Author: 高糕糕 时间: 2022-10-19 15:46
感谢sob老师和pikachuupup的回答，我把问题终于解决了。现在把我的解决办法说一下，希望给遇到相同问题的人一点启发，PS：希望不会有比我更蠢的人了。

我是用Multiwfn和ORCA算原子电荷。安装ORCA：①要装gcc和gfortran编译器，可以用yum list installed | grep xxx检查是否已安装，gfortran可能需要gcc-gfortran(因为我在装的过程yum install gfortran这个不行，不知道是不是我哪里有问题了；其次我装好gcc后，再检查时就直接有gfortran，没有再运行yum install gfortran)。②安装ORCA，我的上述问题全部出在这了。一定要等ORCA全部解压完，我第一次安装没有解压完（太慢了以至于我以为可以了，后来在Windows下看才发现没解压完），并且按照老师的步骤想删掉系统自带的orca，结果删错了，导致我的运行过程处处报错。③随后运行过程出现了网络问题：No network interfaces were found for out-of-band communications（同http://bbs.keinsci.com/thread-24539-1-1.html），我按7L的方法改了，不行，随后想起虚拟机不能联网的情况，把Google改为了Bing，再次运行终于出现.chg文件。
注：①懒人脚本就是给我这种不懂的人用的，结果我没有认真阅读<详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法>(http://sobereva.com/612)，错过了2.4关于RESP懒人脚本的解释，还妄想自己去搞ORCA各个输入输出文件，综合上述种种问题，导致我在报错的不归路上越走越远，还好终于回来了。
②我的原本目的就是算RESP电荷，对ORCA本身兴趣不大，所以这个帖子题目可能有点问题，如果sob老师能改一下就好了，因为我不会也不知道能不能改。
希望这些能给大家一点经验吧，搞了好几天，终于OK了。

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